ADP czynnikiem rybozylacja - ADP ribosylation factor

Ilość związanego z błoną, jak czynnik rybozylacji ADP, białko 2 ( ARL2 myszy, czerwony), złożone z fosfodiesterazy delta (żółty) ( 1ksg ) blue kropki wykazują granicę węglowodorowej dwuwarstwy lipidowej
identyfikatory
Symbol	ARF
Pfam	PF00025
Interpro	IPR006689
MĄDRY	ARF
PROSITE	PDOC01020
SCOP	1hur
nadrodziny	1hur
OPM nadrodziny	124
białko OPM	1ksg
CDD	cd00878
Membranome	1103
Dostępne struktury białkowe: Pfam Struktury PDB RCSB WPB ; PDBe ; PDBj PDBsum podsumowanie struktura

Dystrybucja ARF w żywym makrofagów , podkreślając aparatu Golgiego .

Czynniki rybozylację ADP ( ARFs ) są członkami rodziny ARF z białek wiążących GTP tych Ras nadrodziny . ARF rodziny białek są wszechobecne w eukariotycznych komórkach, a sześć wysoce konserwatywne członków rodziny zidentyfikowano w komórkach ssaków. Chociaż ARFs są rozpuszczalne, ogólnie kojarzy się z błonami z powodu N-końcowego mirystoilację . Działają one jako regulatory pęcherzykowej ruchu i aktyny przebudowy.

Małe rybozylacji ADP czynnik (Arf) białka wiążącego GTP są ważnymi regulatorami biogenezy ruchu pęcherzyków wewnątrzkomórkowych. Są to członkowie założyciele rosnącej rodziny, która obejmuje ARL (ARF-like), Arp (ARF-podobne białka) oraz zdalnie związane Sar (wydzielanie związane i Ras-related) białka. ARF cykl białka pomiędzy nieaktywnej związanej z GDP i GTP aktywnych form, które wiążą się selektywnie z efektorów. Klasycznym strukturalny przełącznik GDP / GTP charakteryzuje się przez zmiany konformacyjne w tak zwanym wyłącznikiem 1 a 2 przełącznika regiony, które wiążą się ściśle z gamma-fosforanu GTP ale słabo lub w ogóle do nukleotydu PKB. Badania strukturalne Arf1 i Arf6 wykazały, że chociaż te białka są wyposażone w przełącznik 1 i 2 zmiany konformacyjne odbiegają one od innych małych białek GTP wiązanie się tym, że stosować dodatkowe, unikalne przełącznik propagacji informacji strukturalnych, z jednej strony, że białko inny.

Człon / GTP cykli strukturalne PKB ludzkiej Arf1 i Arf6 posiadają unikalną zmiany konformacyjne, które dotyczy nici beta2beta3 łączących wyłącznika 1 i 2 Przełącznik (interswitch) oraz amfipatycznej spiralny N-końcu. W związanej z GDP Arf1 i Arf6 The interswitch jest cofnięty i tworzy kieszeń, do której na N-końcu wiąże spiralne, czym te ostatnie służą jako zasuwa cząsteczkowej utrzymywania nieaktywnego konformacji. W postaci GTP tych białek The interswitch ulega dwóch reszt rejestr przesuwny przełącznik, który ciągnie 1 i 2 do przełączania, przywracając aktywną konformację, która może wiązać GTP. W tej konformacji, na interswitch wystaje białka i wytłacza HASP N-końcową przez jej zamykanie kieszeni wiążącej.

białka regulatorowe

ARFs regularnie skojarzyć z dwóch rodzajów białka, zaangażowanych w wymianę katalizujące GTP / GDP, a te, które służą inne funkcje.

Białka wymiany GTP / GDP

ARF wiąże się z dwóch form nukleotydów guanozyny trifosforanu guanozyny (GTP) i guanozyny difosforanu (PKB). Kształt ARF cząsteczki zależy od formy, z którym jest związany, co pozwala, by służyć w charakterze regulacyjnego. ARF wymaga pomocy innych białek, aby przełączać się między wiązania z GTP i PKB. Białko aktywujące GTPazę (GAP) siła ARF do hydrolizy związanego GTP w GDP, oraz guaniny czynnikach wymiany nukleotydów siłę ARF przyjąć nową cząsteczkę GTP zamiast związanego PKB.

Inne białka

Inne białka interakcji z ARF, w zależności od tego, czy jest ona związana z GTP lub PKB. Aktywna forma ARF * GTP, wiąże się z białek płaszcza pęcherzyków i łączniki, w tym białka otoczki I ( COPI ) i różnych fosfolipidów. Postaci nieaktywnej znany jest tylko do wiązania z klasy białek przezbłonowych. Różne typy ARF specyficznie wiążą różne rodzaje białek efektorowych.

filogeneza

Są obecnie znane 6 ssaków ARF białka, które są podzielone na trzy klasy ARFs:

• Klasa 1: ARF1 , ARF2 , ARF3
• Klasa 2: ARF4 , ARF5
• Klasa 3: ARF6 . (Patrz również ARF6 )

Struktura

ARFs są małymi białkami, o długości około 20 kD w rozmiarze. Zawierają one dwa regiony przełączające, które zmieniają się względne położenie pomiędzy cyklami GDP / GTP wiązanie. ARFs często mirystoilowany ich N-końcowego regionu, który przyczynia się do ich związku membrany.

Przykłady

Geny kodujące ludzkie białko zawierające ten domeny należą:

• ARF1 ARF3 ARF4 ARF5 ARF6 ARFRP1
• ARL1 ARL2 ARL2L1 ARL3 ARL4A ARL4C ARL4D ARL5 ARL5A ARL5B
• ARL10 ARL11 ARL13A ARL13B ARL14 ARL15 ARL16 ARL17
• ARL6 ARL7 ARL8A ARL8B ARL9
• MGC57346
• SAR1A SAR1B SAR1P3 SARA1 TRIM23

Zobacz też

• brefeldynę

Referencje

Dalsza lektura

Linki zewnętrzne

• Eukariotycznych liniowa Motif zasób klasa motyw TRG_Cilium_Arf4_1