Herpeswirusy -Herpesvirales
Herpesvirale | |
---|---|
Uproszczony schemat struktury wirionów Herpesvirales w przekroju. (1) nukleoproteina, (2) DNA, (3) kapsyd, (4) osłonka, (5) otoczka, (6) glikoproteina. Kliknij, aby powiększyć. | |
Mikrografia elektronowa różnych wirusów z rodziny Herpesviridae, w tym ludzkiego alfaherpeswirusa 3 ( ospa wietrzna ), ludzkiego alfaherpeswirusa 1 i ludzkiego alfaherpeswirusa 2 | |
Klasyfikacja wirusów | |
(bez rankingu): | Wirus |
Królestwo : | Duplodnaviria |
Królestwo: | Heunggongvirae |
Gromada: | Peploviricota |
Klasa: | Herviviricetes |
Zamówienie: | Herpesvirale |
Rodziny | |
I zobacz tekst |
Herpesvirales jest kolejność dsDNA wirusów (Baltimore grupy i) ze zwierząt gospodarzy, znamienne przez wspólne morfologii składającej się z dwudziestościennego kapsydu zamknięty w zawierającej glikoproteiny otoczki lipidowej. Częste infekcje u ludzi wywołanych przez członków tej kolejności to opryszczka , opryszczka narządów płciowych , ospa wietrzna , półpasiec i gruczołowej gorączkę . Herpesvirales jest jedynym rzędem w klasie Herviviricetes , która jest jedyną klasą w typie Peploviricota .
Wirusologia
Morfologia
Wszyscy członkowie rzędu mają strukturę wirionu, która składa się z rdzenia DNA otoczonego ikozaedrycznym kapsydem złożonym z 12 pięciowartościowych i 150 sześciowartościowych kapsomerów (T = 16). Kapsyd ma średnicę ~110 nanometrów (nm) i jest osadzony w białkowej matrycy zwanej powłoką , która z kolei jest otoczona otoczką lipidową zawierającą glikoproteiny o średnicy około 200 nm. Genom DNA jest liniowy i dwuniciowy, o rozmiarach w zakresie 125-290 kbp. Genom zawiera końcowe i wewnętrzne powtórzone sekwencje, których liczba i rozmieszczenie różni się w zależności od różnych podkladów.
Zastępy niebieskie
Wszystkie gatunki w tej kolejności mają żywicieli zwierzęcych. W Malacoherpesviridae mięczaki zarazić (abalone i ostrygi), The Alloherpesviridae Infect bezowodniowce (żaby) i ryb, i Herpesviridae Infect amniotes (gady, ptaki i ssaki). W obrębie rodziny Herpesviridae rodzaje Iltovirus i Mardivirus oraz rodzaj Scutavirus podrodziny Alphaherpesvirinae infekują odpowiednio ptaki i gady. Wszystkie inne rodzaje Herpesviridae zarażają tylko ssaki.
Taksonomia
Od 2020 r. Zakon składa się z trzech rodzin, trzech podrodzin, 23 rodzajów i 130 gatunków. Poniżej przedstawiono taksonomię od rodziny do podrodziny i rodzaju.
Historia
Opryszczki po raz pierwszy wyizolowano z niebieskim gnu w 1960 roku przez naukowca weterynaryjny Walter Plowright . Rodzaj Herpesvirus został ustalony w 1971 roku w pierwszym raporcie Międzynarodowego Komitetu Taksonomii Wirusów (ICTV). Ten rodzaj składał się z 23 wirusów i 4 grup wirusów. W drugim raporcie ICTV z 1976 roku ten rodzaj został podniesiony do poziomu rodziny - Herpetoviridae . Z powodu możliwego pomylenia z wirusami pochodzącymi od gadów nazwa ta została zmieniona w trzecim raporcie w 1979 roku na Herpesviridae . W tym raporcie rodzinę Herpesviridae podzielono na 3 podrodziny ( Alphaherpesvirinae , Betaherpesvirinae i Gammaherpesvirinae ) i 5 nienazwanych rodzajów: wymieniono 21 wirusów. W 2009 roku rodzina Herpesviridae została podniesiona do rzędu Herpesvirales . Podwyższenie to było wymuszone odkryciem, że herpeswirusy ryb i mięczaków były tylko daleko spokrewnione z wirusami ptaków i ssaków . Utworzono dwie nowe rodziny - rodzinę Alloherpesviridae, która obejmuje wirusy ryb kostnych i żab, oraz rodzinę Malacoherpesviridae, która zawiera wirusy mięczaków.
Filogenetyka
Jedynym białkiem o szeroko rozpowszechnionej konserwacji wśród wszystkich członków rzędu, aczkolwiek tylko na poziomie aminokwasów, jest podjednostka ATPazy terminazy DNA; ten ostatni bierze udział w pakowaniu DNA podczas składania wirionów.
Filogenezy skonstruowane z konserwatywnych regionów podjednostki ATPazy terminazy DNA sugerują, że Alloherpesviridae jest podstawowym kladem rzędu, a Herpesviridae i Malacoherpesviridae są siostrzanymi kladami. Biorąc pod uwagę odległości filogenetyczne między kręgowcami a mięczakami, sugeruje to, że wirusy opryszczki były początkowo wirusami ryb i wyewoluowały wraz ze swoimi gospodarzami, aby zarażać inne kręgowce.
Nomenklatura gatunkowa
System nazewnictwa Herpesvirales powstał w 1973 roku i od tego czasu został znacznie dopracowany. Wszystkie wirusy opryszczki opisane od czasu przyjęcia tego systemu zostały nazwane zgodnie z nim. Zalecany system nazewnictwa określa, że każda nazwa gatunku składa się z trzech części: pierwszego słowa, drugiego słowa i na końcu liczby.
Pierwsze słowo powinno pochodzić od taksonu (rodziny lub podrodziny), do którego należy jego pierwotny, naturalny żywiciel. Nazwę podrodziny stosuje się w przypadku wirusów pochodzących od członków rodziny Bovidae lub z naczelnych (nazwa wirusa kończy się na –ine, np. bydlęca), a nazwa rodziny gospodarza w przypadku innych wirusów (zakończona na –id, np. koniowatych). Herpeswirusy ludzkie są traktowane jako wyjątek ( człowiek, a nie hominid ). Zgodnie z terminem pochodzącym od gospodarza, gatunki z rodziny Herpesviridae , które są podzielone na podrodziny Alphaherpesvirinae , Betaherpesvirinae i Gammaherpesvirinae , będą miały dodane odpowiednio słowo alphaherpesvirus , betaherpesvirus lub gammaherpesvirus . Gatunki z Herpesviridae , które nie zostały przypisane do podrodziny, oraz gatunki z Alloherpesviridae i Malacoherpesviridae będą miały wirusa opryszczki zgodnie z terminem pochodzącym od gospodarza. Na koniec dodawana jest liczba arabska ( 1 , 2 , 3 , itd.). Liczby są przypisywane w kolejności nazewnictwa i nie mają dorozumianego znaczenia odnośnie taksonomicznych lub biologicznych właściwości wirusa.
Przykładem takiej nazwy jest Canid alphaherpesvirus 1 . Na podstawie tej nazwy można stwierdzić, że pierwotnym naturalnym żywicielem wirusa jest psowaty (tj. członek rodziny psowatych ; psy itp.), że należy on do rodziny Herpesviridae i podrodziny Alphaherpesvirinae oraz że jest pierwszym herpeswirus nazwany dla którego psowate służą jako pierwotni naturalni gospodarze.
Szereg nazw wirusów (np. wirus Epsteina-Barra , znany również jako ludzki gammaherpeswirus 4 ) jest tak szeroko stosowanych, że naleganie na ich zastąpienie może być niepraktyczne. Doprowadziło to do podwójnej nomenklatury w literaturze dotyczącej niektórych herpeswirusów.