HomoloGene - HomoloGene

HomoloGene , narzędzie Narodowego Centrum Informacji Biotechnologicznej Stanów Zjednoczonych (NCBI), to system automatycznego wykrywania homologów (podobieństwa przypisywanego pochodzeniu od wspólnego przodka) wśród opatrzonych adnotacjami genów kilku całkowicie zsekwencjonowanych genomów eukariotycznych.

Przetwarzanie HomoloGene obejmuje analizę białek organizmów wejściowych. Sekwencje są porównywane za pomocą blastp, a następnie dopasowywane i umieszczane w grupach, przy użyciu drzewa taksonomicznego zbudowanego na podstawie podobieństwa sekwencji, w którym najpierw dopasowywane są bliżej spokrewnione organizmy, a następnie kolejne organizmy są dodawane do drzewa. Dopasowania białek są mapowane z powrotem do odpowiadających im sekwencji DNA, a następnie można obliczyć metryki odległości jako odległości molekularne Jukes i Cantor (1969) , stosunek Ka / Ks .

Sekwencje są dopasowywane przy użyciu algorytmu heurystycznego maksymalizującego wynik globalnie, a nie lokalnie, w dopasowaniu dwustronnym (patrz pełny wykres dwudzielny ). Następnie oblicza znaczenie statystyczne każdego dopasowania. Odcięcia są tworzone dla pozycji, a wartości Ks są ustawiane, aby zapobiec grupowaniu fałszywych „ortologów” . „Paralogi” identyfikuje się, znajdując sekwencje, które są bliżej gatunku niż inne gatunki.