Ligaza - Ligase
W Biochemistry , A ligazy to enzym , który może katalizować do łączenia ( ligacji ) dwóch dużych cząsteczek przez utworzenie nowego wiązania chemicznego . Odbywa się to zazwyczaj poprzez hydrolizę małej bocznej grupy chemicznej na jednej z większych cząsteczek lub enzymu katalizującego łączenie razem dwóch związków, np. Enzymów, które katalizują łączenie CO, CS, CN itp. Na ogół ligaza katalizuje następująca reakcja:
- Ab + C → A – C + b
lub czasami
- Ab + cD → A – D + b + c + d + e + f
gdzie małe litery mogą oznaczać małe, zależne grupy. Ligaza może łączyć dwa komplementarne fragmenty kwasu nukleinowego i naprawiać jednoniciowe pęknięcia, które powstają w dwuniciowym DNA podczas replikacji.
Nomenklatura
Nazwy zwyczajowe ligaz często zawierają słowo „ligaza”, na przykład ligaza DNA , enzym powszechnie używany w laboratoriach biologii molekularnej do łączenia fragmentów DNA . Inne popularne nazwy ligaz obejmują słowo „syntetaza”, ponieważ są one używane do syntezy nowych cząsteczek.
Nomenklatura biochemiczna czasami odróżnia syntetazy od syntaz, a czasami traktuje słowa jako synonimy . W ramach jednej z definicji syntazy nie wykorzystujące energię trifosforanów nukleozydów (takich jak ATP, CTP, GTP, TTP, i UTP), podczas gdy dla syntetaz do zastosowania trifosforany nukleozydów. Mówi się również, że syntaza jest liazą (liaza jest enzymem katalizującym zrywanie różnych wiązań chemicznych innymi metodami niż hydroliza i utlenianie, często tworząc nowe wiązanie podwójne lub nową strukturę pierścienia) i nie wymaga żadnej energii podczas gdy syntetaza jest ligazą (ligaza to enzym, który wiąże dwie substancje chemiczne lub związki), a zatem wymaga energii. Jednak Wspólna Komisja ds. Nomenklatury Biochemicznej (JCBN) dyktuje, że „syntaza” może być stosowana z każdym enzymem katalizującym syntezę (niezależnie od tego, czy wykorzystuje trifosforany nukleozydów), podczas gdy termin „syntetaza” ma być używany synonimicznie.
Klasyfikacja
Ligazy są klasyfikowane jako EC 6 w klasyfikacji enzymów według numerów EC . Ligazy można dalej podzielić na sześć podklas:
- EC 6.1 obejmuje ligazy używane do tworzenia wiązań węgiel-tlen
- EC 6.2 obejmuje ligazy używane do tworzenia wiązań węgiel-siarka
- EC 6.3 obejmuje ligazy używane do tworzenia wiązań węgiel-azot (w tym syntetaza argininobursztynianu )
- EC 6.4 obejmuje ligazy używane do tworzenia wiązań węgiel-węgiel
- EC 6.5 obejmuje ligazy używane do tworzenia fosforowych wiązań estrowych
- EC 6.6 obejmuje ligazy używane do tworzenia wiązań metal-azot, tak jak w chelatazach
Ligazy związane z błoną
Niektóre ligazy wiążą się z błonami biologicznymi jako obwodowe białka błonowe lub są zakotwiczone w pojedynczej transbłonowej helisie , na przykład niektóre białka związane z ligazą ubikwitynową .
Etymologia i wymowa
Słowo ligazy zastosowania łączenie formy z lig- (od łacińskiego czasownik ligāre „wiążą się do” lub „powiązać”) + -ase (oznaczając enzym), otrzymując „wiązanie enzymu”.
Zobacz też
Bibliografia
- EC 6 Wprowadzenie z Wydziału Chemii Queen Mary, University of London
