Informatyka genomu myszy - Mouse Genome Informatics
Mouse Genome Informatics ( MGI ) to bezpłatna internetowa baza danych i zasoby bioinformatyczne prowadzone przez The Jackson Laboratory , finansowane przez National Human Genome Research Institute (NHGRI), National Cancer Institute (NCI) oraz Eunice Kennedy Shriver National Institute of Zdrowie dziecka i rozwój człowieka (NICHD). MGI zapewnia dostęp do danych na temat genetyki, genomiki i biologii myszy laboratoryjnej, aby ułatwić badanie ludzkiego zdrowia i chorób. Baza danych integruje wiele projektów, z dwoma największymi wkładami pochodzącymi z bazy danych genomu myszy i bazy danych ekspresji genów myszy (GXD). Od 2018 r. MGI zawiera dane pochodzące z ponad 230 000 publikacji.
Zasób MGI został po raz pierwszy opublikowany w Internecie w 1994 roku i jest zbiorem danych, narzędzi i analiz stworzonych i dostosowanych do użytku w myszy laboratoryjnej , powszechnie używanym organizmie modelowym . Jest to „autorytatywne źródło oficjalnych nazw mysich genów, alleli i szczepów”, które są zgodne z wytycznymi ustanowionymi przez Międzynarodowy Komitet Standaryzowanej Nomenklatury Genetycznej dla Myszy. Historia i koncentracja obiektów badawczych i produkcyjnych Jackson Laboratory generuje ogromną wiedzę i głębię, które badacze mogą wydobywać, aby rozwijać swoje badania. Dedykowana społeczność badaczy myszy na całym świecie również poszerza i przyczynia się do pogłębiania wiedzy. Jest to niezbędne narzędzie dla każdego badacza używającego myszy jako organizmu modelowego w swoich badaniach oraz dla badaczy zainteresowanych genami, które wykazują homologię z genami myszy. Na stronie MGI dostępne są również różne zasoby wspierające badania myszy, w tym kolekcje zwierząt i bezpłatne oprogramowanie do zarządzania koloniami.
Baza danych genomu myszy
Zadowolony | |
---|---|
Opis | źródło genomiki i genetyki ssaków. |
Kontakt | |
Centrum Badań | Laboratorium Jacksona |
Cytat podstawowy | Judith Blake i in. (2011) |
Dostęp | |
Strona internetowa | http://www.informatics.jax.org |
Pobierz adres URL | ftp://ftp.informatyka.jax.org/ |
Do bazy danych Mouse Genome gromadzi i wikariusze kompleksowe fenotypowe i funkcjonalne adnotacje dla mysich genów i alleli . Jest to NHGRI -funded projekt, który przyczynia się do bazy Mouse Genome Informatics.
Baza danych ekspresji genów myszy
Zadowolony | |
---|---|
Opis | Baza danych ekspresji genów myszy |
Organizmy | Mus musculus |
Kontakt | |
Centrum Badań | Laboratorium Jacksona |
Cytat podstawowy | Palec i in. (2011) |
Data wydania | 1996 |
Dostęp | |
Strona internetowa | http://www.informatics.jax.org/expression.shtml |
Database Gene Expression jest zasobem społeczność myszy informacji ekspresji rozwojowy.
Zobacz też
- Flybase
- Baza danych genomu szczura
- Baza danych genomu Saccharomyces
- Wormbase
- Xenbase
- Sieć informacyjna Danio pręgowanego
Bibliografia
Zewnętrzne linki
- Bult, Carol J.; Blake, Judith A.; Smith, Cynthia L.; Kadin, James A.; Richardson, Joel E.; Grupa bazy danych genomu myszy (2019-01-08). "Baza danych genomu myszy (MGD) 2019" . Badania kwasów nukleinowych . 47 (D1): D801–D806. doi : 10.1093/nar/gky1056 . ISSN 1362-4962 . PMC 6323923 . PMID 30407599 .
- Strona główna Mouse Genome Informatics
- Smith, Konstancja M.; Hayamizu, Terry F.; Palec, Jacqueline H.; Bello, Susan M.; McCright, Ingeborg J.; Xu, Jingxia; Baldarelli, Richard M.; Beal, Jonathan S.; Campbell, Jeffrey; Corbani, Lori E.; Mróz, Pete J. (2019-01-08). "Mysia Gene Expression Database (GXD): aktualizacja 2019" . Badania kwasów nukleinowych . 47 (D1): D774-D779. doi : 10.1093/nar/gky922 . ISSN 1362-4962 . PMC 6324054 . PMID 30335138 .
- Publikacje informacyjne dotyczące genomu myszy
- Tutorial z warsztatu Open Door
- Baza danych wyrażeń genetycznych (GXD)