MutationTaster - MutationTaster

MutationTaster jest darmowy program oparty na sieci Web, aby ocenić warianty sekwencji DNA dla ich potencjał chorobotwórczych. Oprogramowanie przeprowadza baterię in silico testy do oceny wpływu wariantu produktu genu / białka. Testy wykonane na obu, poziom białka i DNA MutationTaster jest więc nie ograniczony do podstawienia pojedynczych aminokwasów , lecz może także obsługiwać synonimiczne lub intronach warianty.

tło

Wiele zaburzeń genetycznych może być spowodowana mutacją pojedynczego genu. Nowe techniki sekwencjonowania jednak wykazały, że jedna osoba może mieć maksymalnie 3,5 miliona zmian w całym genomie, które w większości nie mają szkodliwy wpływ dla zdrowia. Wyzwaniem narzędzi prognostycznych jest zatem, aby filtrować nieszkodliwe mutacje z tych chorobotwórczych. Ważne jest, aby pamiętać, że narzędzia te nie są przeznaczone do przewidzenia źródeł złożonych chorób, takich jak rak. Ta ostatnia na ogół nie mają jednogenową przyczynowości ale wywołuje wiele wad, łącznie genu, które rozwijają się choroby.

Podejście i testy

Mutacja degustatora jest napisany w języku Perl i może przetwarzać nowej generacji sekwencjonowania danych wszystkich głównych platform (Roche 454, Illumina Genome Analyzer i ABI stałych). Program najpierw odrzuca mutacje, które znane są nieszkodliwe polimorfizmów w porównaniu ze zintegrowanych baz danych. Pozostałe SNP ( polimorfizm pojedynczego nukleotydu ) są testowane na ich mutacji, które powodują:

• Silent synonimiczne lub intronach modyfikacje, które nie prowadzą do zmiany aminokwasu
• Mutacje, które mają wpływ pojedynczego aminokwasu
• Mutacje powodujące złożonych zmian w sekwencji aminokwasowej (takie jak indeli )

Wielokrotne testy są przeprowadzane w celu określenia charakteru danego SNP. Testy te obejmują (między innymi):

• Zmiana kwasu (S) -amino
• ochrona dotkniętego aminokwasu (ów)
• Potencjalna strata funkcjonalnych domen białkowych
• Długość białka
• Wpływ na składanie
• Ochrona na poziomie DNA (phastCons / phyloP)
• Potencjał uchylania elementy regulatorowe (takie jak miejsca wiązania czynnika transkrypcji)

Zintegrowane źródła danych (między innymi):

• Ensembl
• UniProt
• ClinVar
• EXAC
• 1000 genomów Projektu
• phyloP
• phastCons

Poszczególne wyniki są oceniane przez naiwnej Bayesa klasyfikatora , która decyduje, czy ich połączony efekt może być szkodliwe dla białka. Surowej 'dokładność MutationTaster wynosi około 90%, z włączeniem wiedzy o typowych (nieszkodliwych) polimorfizmów i znanych mutacji z chorobą, rzeczywista szybkość odpowiednich klasyfikacji jest znacznie wyższa. Wyjście Badanie wyjaśnia, czy zmiana jest znane lub przewidywane nieszkodliwe lub choroby powodujące mutację i zawiera szczegółowe informacje na temat mutacji.

Rozwój

Rozwój MutationTaster rozpoczęła się w roku 2007, oprogramowanie jest dostępne w Internecie od 2009 roku MutationTaster jest hostowany na Charité w Berlinie i jego obecnych deweloperów Olivia Ebner, Daniela Hombach Markus SCHüLKE, Jana Marię Schwarz, Dominik Seelow. Obecne wysiłki skupiają się na integracji mutacje, które nie zmieniają bezpośrednio genów kodujących białka, ale mają wpływ na regulacji genów i ekspresji.

Referencje

Linki zewnętrzne

• Oficjalna strona | [1]