Podoviridae - Podoviridae
Podoviridae | |
---|---|
Typowa struktura podowirusa | |
Klasyfikacja wirusów | |
(nierankingowe): | Wirus |
Dziedzina : | Duplodnaviria |
Królestwo: | Heunggongvirae |
Gromada: | Uroviricota |
Klasa: | Caudoviricetes |
Zamówienie: | Caudovirales |
Rodzina: | Podoviridae |
Podrodziny i rodzaje | |
zobacz tekst |
Podoviridae to rodzina wirusów z rzędu Caudovirales . Bakterie są naturalnymi żywicielami. W tej rodzinie jest 130 gatunków, przypisanych do 3 podrodzin i 52 rodzajów. Ta rodzina charakteryzuje się bardzo krótkimi, niekurczącymi się ogonami.
Struktura
Wirusy u Podoviridae nie mają otoczki, mają geometrię ikosaedryczną i ogonową. Średnica wynosi około 60 nm i składa się z 72 kapsomerów. Białko głowy ma masę cząsteczkową ~ 38 kilodaltonów i jest obecne w 460 kopiach na wirion. Istnieje 9 białek strukturalnych. Ogon jest niekurczliwy i ma 6 krótkich włókien podkońcowych. Jest gruby, ma kształt pręta i zbudowany jest z ułożonych w stos dysków. Maksymalna długość to ~ 17 nm.
Genom dwuniciowego DNA jest liniowy, ma około 40-42 kb długości i koduje ~ 55 genów. Zawartość guanina + cytozyna wynosi ~ 50%. Ma sekwencje ostatecznie nadmiarowe i nie jest przytłumiony. Wagowo genom stanowi ~ 50% vironu. Genom koduje 9 białek strukturalnych, polimerazę DNA typu B adenylowanej transferazy B i polimerazę RNA. Kompleks polimerazy tworzą trzy białka wewnętrzne. Rozpoznawane są dwie klasy genów (wczesna i późna). Klasyfikacja ta opiera się na regulowanym czasowo czasie transkrypcji. Geny z pokrewnymi funkcjami są zgrupowane razem. Replikacja genomu jest dwukierunkowa.
Koło życia
Replikacja wirusa jest cytoplazmatyczna. Wejście do komórki gospodarza następuje poprzez adsorpcję do komórki gospodarza. Replikacja przebiega według modelu przemieszczenia nici DNA. Transkrypcja na matrycy DNA jest metodą transkrypcji. Wirus opuszcza komórkę gospodarza przez lizę i białka holina / endolizyna / spanin. Bakterie służą jako naturalny żywiciel. Drogi przesyłowe są dyfuzją bierną.
Taksonomia
Rodzaje z tej rodziny mają około 40% homologii między odpowiadającymi im białkami. Podrodziny mają ~ 20% homologii między odpowiednimi białkami.
Rozpoznawane są następujące podrodziny i ich rodzaje (- virinae oznacza podrodzinę, a - wirus oznacza rodzaj):
Następujące rodzaje nie są przypisane do podrodziny:
- Anjalivirus
- Astrithrvirus
- Badaztecvirus
- Bjornvirus
- Bruynoghevirus
- Burrowirus
- Wirus Chopina
- Cimandefvirus
- Delislevirus
- Dybvigvirus
- Enhodamvirus
- Fipvunavirus
- Firingavirus
- Gervaisevirus
- Giessenvirus
- Hollowayvirus
- Jasminevirus
- Kafunavirus
- Kelquatrovirus
- Kochitakasuvirus
- Kozyakovvirus
- Krylovvirus
- Kurawirus
- Lahexavirus
- Lastavirus
- Lederbergvirus
- Lessievirus
- Lightbulbvirus
- Myxoctovirus
- Pagevirus
- Parlovirus
- Perysiwirus
- Privateervirus
- Rauchvirus
- Ryyoungvirus
- Schmidvirus
- Sendosyvirus
- Skarprettervirus
- Sortsnevirus
- Uetakevirus
- Vicosavirus
- Wumpquatrovirus
- Wumptrevirus
- Xuquatrovirus
Wreszcie, gatunek Pseudomonas virus 119X nie jest przypisany do rodzaju ani podrodziny.