PubMed - PubMed

Z Wikipedii, wolnej encyklopedii

PubMed
Logo PubMed blue.svg
Kontakt
Centrum Badań Narodowa Biblioteka Medyczna Stanów Zjednoczonych (NLM)
Data wydania Styczeń 1996 ; 25 lat temu  ( 1996-01 )
Dostęp
Stronie internetowej PubMed .ncbi .nlm .nih .gov

PubMed to bezpłatna wyszukiwarka korzystająca przede wszystkim z bazy danych MEDLINE zawierającej odniesienia i streszczenia z zakresu nauk przyrodniczych i biomedycznych. National Library of Medicine Stany Zjednoczone (NLM) w National Institutes of Health utrzymywać bazę danych jako część Entrez systemu wyszukiwania informacji .

W latach 1971–1997 dostęp online do bazy danych MEDLINE odbywał się głównie za pośrednictwem instytucji instytucjonalnych, takich jak biblioteki uniwersyteckie . PubMed, wydany po raz pierwszy w styczniu 1996 r., Zapoczątkował erę prywatnych, bezpłatnych, domowych i biurowych wyszukiwań MEDLINE. System PubMed był oferowany publicznie bezpłatnie od czerwca 1997 roku.

Zawartość

Oprócz MEDLINE PubMed zapewnia dostęp do:

  • starsze wzmianki z drukowanej wersji Index Medicus , z 1951 roku i wcześniej
  • odniesienia do niektórych czasopism, zanim zostały zindeksowane w Index Medicus i MEDLINE, na przykład Science , BMJ i Annals of Surgery
  • bardzo niedawne wpisy do rekordów dotyczących artykułu, zanim zostanie zindeksowany przez Medical Subject Headings (MeSH) i dodany do MEDLINE
  • zbiór książek dostępnych pełnotekstowych i innych podzbiorów rekordów NLM
  • Cytaty z PMC
  • Regał NCBI

Wiele rekordów PubMed zawiera odsyłacze do pełnotekstowych artykułów, z których niektóre są dostępne bezpłatnie, często w PubMed Central i lokalnych serwerach lustrzanych, takich jak Europe PubMed Central .

Informacje o czasopismach indeksowanych w MEDLINE i dostępnych w PubMed można znaleźć w katalogu NLM.

Od 27 stycznia 2020 roku PubMed ma ponad 30 milionów cytowań i streszczeń od 1966 roku, wybiórczo do roku 1865 i bardzo wybiórczo do 1809 roku. W tym samym dniu 20 milionów rekordów PubMed jest wymienionych wraz z ich streszczeniami, oraz 21,5 miliona rekordów zawiera linki do wersji pełnotekstowych (z czego 7,5 miliona artykułów jest dostępnych, pełny tekst za darmo). W ciągu ostatnich 10 lat (do 31 grudnia 2019 r.) Każdego roku dodawano średnio prawie 1 milion nowych rekordów. Około 12% rekordów w PubMed odpowiada wpisom związanym z rakiem, które wzrosły z 6% w latach pięćdziesiątych do 16% w 2016 roku. Inny znaczący odsetek wpisów dotyczy „chemii” (8,69%), „terapii” (8,39 %) i „infekcja” (5%).

W 2016 roku NLM zmienił system indeksowania, tak aby wydawcy mogli bezpośrednio poprawiać literówki i błędy w indeksowanych artykułach PubMed.

Zgłoszono, że PubMed zawiera niektóre artykuły opublikowane w czasopismach drapieżnych. Zasady MEDLINE i PubMed dotyczące wyboru czasopism do włączenia do bazy danych są nieco inne. Niedociągnięcia w kryteriach i procedurach indeksowania czasopism w PubMed Central mogą pozwolić publikacjom z czasopism drapieżnych na przeciekanie do PubMed.

Charakterystyka

Projekt strony internetowej

Nowy interfejs PubMed został uruchomiony w październiku 2009 i zachęcał do korzystania z szybkich, podobnych do Google formuł wyszukiwania; zostały również opisane jako wyszukiwania „telegramów”. Domyślnie wyniki są sortowane według najnowszych, ale można to zmienić na najlepsze dopasowanie, datę publikacji, pierwszego autora, ostatniego autora, czasopismo lub tytuł.

Projekt strony internetowej i domena PubMed zostały zaktualizowane w styczniu 2020 r. I 15 maja 2020 r. Stały się domyślne, z zaktualizowanymi i nowymi funkcjami. Wielu badaczy, którzy często korzystają z witryny, zareagowało krytycznie.

PubMed dla urządzeń przenośnych / telefonów komórkowych

Dostęp do PubMed / MEDLINE można uzyskać za pośrednictwem urządzeń przenośnych, korzystając na przykład z opcji „PICO” (w przypadku ukierunkowanych pytań klinicznych) stworzonej przez NLM. Dostępna jest również opcja „PubMed Mobile”, zapewniająca dostęp do przyjaznej dla urządzeń mobilnych, uproszczonej wersji PubMed.

Szukaj

Wyszukiwanie standardowe

Proste wyszukiwanie w PubMed można przeprowadzić, wprowadzając kluczowe aspekty tematu do okna wyszukiwania PubMed.

PubMed tłumaczy tę początkową formułę wyszukiwania i automatycznie dodaje nazwy pól, odpowiednie terminy MeSH (Medical Subject Headings), synonimy, operatory boolowskie i odpowiednio `` zagnieżdża '' otrzymane terminy, znacznie ulepszając formułę wyszukiwania, w szczególności poprzez rutynowe łączenie (przy użyciu funkcji OR operator) słowa tekstowe i terminy MeSH.

Przykłady podane w samouczku PubMed pokazują, jak działa ten automatyczny proces:

Przyczyny Spacerowanie podczas snu jest tłumaczone jako („etiologia” [Podtytuł] LUB „etiologia” [Wszystkie pola] LUB „przyczyny” [Wszystkie pola] LUB „przyczynowość” [Terminy MeSH] LUB „przyczynowość” [Wszystkie pola]) AND („somnambulizm „[MeSH Terms] OR„ somnambulism ”[All Fields] LUB („ Sleep ”[All Fields] AND„ Walking ”[All Fields]) OR„ Sleep walking ”[All Fields])

Również,

miękki atak aspiryny jest tłumaczony jako („zawał mięśnia sercowego” [terminy MeSH] LUB („mięsień sercowy” [wszystkie pola] ORAZ „zawał” [wszystkie pola]) LUB „zawał mięśnia sercowego” [wszystkie pola] LUB („serce” [wszystkie Pola] AND „atak” [wszystkie pola]) LUB „zawał serca” [wszystkie pola]) AND („aspiryna” [terminy MeSH] LUB „aspiryna” [wszystkie pola]) ORAZ („zapobieganie i kontrola” [podtytuł] LUB („zapobieganie” [Wszystkie pola] ORAZ „kontrola” [Wszystkie pola]) LUB „zapobieganie i kontrola” [Wszystkie pola] LUB „zapobieganie” [Wszystkie pola])

Kompleksowe wyszukiwanie

W celu optymalnego wyszukiwania w PubMed, konieczne jest zrozumienie jego podstawowego składnika, MEDLINE, a zwłaszcza słownictwa kontrolowanego przez MeSH (Medical Subject Headings) używanego do indeksowania artykułów MEDLINE. Mogą również wymagać skomplikowanych strategii wyszukiwania, użycia nazw pól (tagów), właściwego wykorzystania limitów i innych funkcji; bibliotekarze referencyjni i specjaliści ds. wyszukiwania oferują usługi wyszukiwania.

Przeszukiwanie okna wyszukiwania PubMed jest zalecane tylko w przypadku wyszukiwania jednoznacznych tematów lub nowych interwencji, które nie mają jeszcze utworzonego nagłówka MeSH, a także wyszukiwania marek handlowych leków i nazw własnych. Jest to również przydatne, gdy nie ma odpowiedniego nagłówka lub deskryptor przedstawia częściowy aspekt. Wyszukiwanie przy użyciu tezaurusa MeSH jest dokładniejsze i daje mniej wyników nieistotnych. Ponadto eliminuje wadę wyszukiwania dowolnego tekstu, w którym należy uwzględnić pisownię, różnice w liczbie pojedynczej / mnogiej lub skróconej. Z drugiej strony nie zostaną znalezione artykuły, które zostały niedawno włączone do bazy danych, do których nie przypisano jeszcze deskryptorów. Dlatego, aby zagwarantować wyczerpujące wyszukiwanie, należy stosować kombinację nagłówków w kontrolowanym języku i terminów w wolnym tekście.

Parametry artykułów w czasopiśmie

Podczas indeksowania artykułu w czasopiśmie wiele parametrów artykułu jest wyodrębnianych i zapisywanych jako ustrukturyzowane informacje. Takie parametry to: typ artykułu (terminy MeSH, np. „Badanie kliniczne”), identyfikatory dodatkowe, (terminy MeSH), język, kraj czasopisma lub historia publikacji (data publikacji elektronicznej, data publikacji w czasopiśmie drukowanym).

Rodzaj publikacji: zapytania kliniczne / przeglądy systematyczne

Parametr Typ publikacji umożliwia wyszukiwanie po rodzaju publikacji , w tym raportów z różnego rodzaju badań klinicznych.

Drugi identyfikator

Od lipca 2005 r. Proces indeksowania artykułów MEDLINE wyodrębnia identyfikatory z abstraktu artykułu i umieszcza je w polu o nazwie Secondary Identifier (SI). Dodatkowym polem identyfikatora jest przechowywanie numerów dostępu do różnych baz danych dotyczących sekwencji molekularnych, ekspresji genów lub związków chemicznych oraz identyfikatorów badań klinicznych. W przypadku badań klinicznych PubMed wyodrębnia identyfikatory badań dla dwóch największych rejestrów badań: ClinicalTrials.gov (identyfikator NCT) i International Standard Randomized Controlled Trial Number Register (identyfikator IRCTN).

Zobacz też

Można zaznaczyć odniesienie uznane za szczególnie istotne i zidentyfikować „powiązane artykuły”. W razie potrzeby można wybrać kilka badań i wygenerować powiązane artykuły do ​​wszystkich z nich (w PubMed lub dowolnej innej bazie danych NCBI Entrez) za pomocą opcji „Znajdź powiązane dane”. Powiązane artykuły są następnie wymienione w kolejności „pokrewieństwa”. Aby utworzyć listy powiązanych artykułów, PubMed porównuje słowa z tytułu i streszczenia każdego cytatu, a także przypisane nagłówki MeSH, używając potężnego algorytmu ważonego słowami. Oceniono, że funkcja „artykułów pokrewnych” jest tak precyzyjna, że ​​autorzy artykułu zasugerowali, że można jej użyć zamiast pełnego wyszukiwania.

Mapowanie do MeSH

PubMed automatycznie łączy się z terminami i podtytułami MeSH. Przykłady: „nieświeży oddech” łączy się z (i uwzględnia w wyszukiwaniu) „cuchnący oddech”, „atak serca” z „zawałem mięśnia sercowego”, „rak piersi” z „nowotworami piersi”. W stosownych przypadkach te terminy MeSH są automatycznie „rozszerzone”, to znaczy zawierają terminy bardziej szczegółowe. Terminy takie jak „pielęgniarstwo” są automatycznie łączone z terminami „pielęgniarstwo [MeSH]” lub „pielęgniarstwo [podtytuł]”. Ta funkcja nosi nazwę automatycznego mapowania terminów i jest domyślnie wprowadzana w wyszukiwaniu dowolnego tekstu, ale nie przy wyszukiwaniu dokładnej frazy (tj. Umieszczaniu zapytania wyszukiwania w cudzysłowach). Ta funkcja sprawia, że ​​wyszukiwania PubMed są bardziej czułe i unika fałszywie ujemnych (pominiętych) trafień, kompensując różnorodność terminologii medycznej.

PubMed nie stosuje automatycznego mapowania terminu w następujących okolicznościach: pisząc cytowaną frazę (np. „Przeszczep allogeniczny nerki”), po obcięciu na gwiazdce (np. Przeszczep allogeniczny nerki *) oraz podczas przeglądania etykiet terenowych (np. Rak [ti]).

Mój NCBI

Opcjonalna usługa PubMed „My NCBI” (z bezpłatną rejestracją) zapewnia narzędzia do

  • zapisywanie wyszukiwań
  • filtrowanie wyników wyszukiwania
  • konfigurowanie automatycznych aktualizacji wysyłanych e-mailem
  • zapisywanie zestawów odniesień pobranych w ramach wyszukiwania PubMed
  • konfigurowanie formatów wyświetlania lub podświetlanie wyszukiwanych haseł

i szeroką gamę innych opcji. Dostęp do obszaru „My NCBI” można uzyskać z dowolnego komputera z dostępem do sieci. Wcześniejsza wersja „My NCBI” nosiła nazwę „PubMed Cubby”.

LinkOut

LinkOut to narzędzie NLM do łączenia i udostępniania pełnotekstowych zbiorów lokalnych czasopism. Około 3200 ośrodków (głównie instytucje akademickie) uczestniczy w tym ośrodku NLM (stan na marzec 2010 r.), Od Uniwersytetu Aalborg w Danii po ZymoGenetics w Seattle. Użytkownicy tych instytucji widzą logo swojej instytucji w wynikach wyszukiwania PubMed (jeśli czasopismo znajduje się w tej instytucji) i mają dostęp do pełnego tekstu. Link out jest konsolidowany z Outside Tool od głównej aktualizacji platformy, która pojawi się latem 2019 r.

PubMed Commons

W 2016 roku PubMed umożliwia autorom artykułów komentowanie artykułów indeksowanych przez PubMed. Ta funkcja była początkowo testowana w trybie pilotażowym (od 2013 r.) I została utrwalona w 2016 r. W lutym 2018 r. Usługa PubMed Commons została wycofana ze względu na fakt, że „użycie pozostało minimalne”.

zapytajMEDLINE

askMEDLINE, narzędzie do wyszukiwania w języku naturalnym w języku naturalnym dla MEDLINE / PubMed, opracowane przez NLM, odpowiednie również dla komputerów kieszonkowych.

Identyfikator PubMed

PMID (PubMed identyfikator lub PubMed unikalny identyfikator) jest unikalną wartością całkowitą , zaczynając 1 przypisana do każdego rekordu PubMed. PMID nie jest taki sam jak PMCID ( P ub M ed C entral ID entifier), który jest identyfikatorem dla wszystkich pracach opublikowanych w swobodnym dostępem do PubMed Środkowej .

Przypisanie PMID lub PMCID do publikacji nie mówi czytelnikowi nic o rodzaju ani jakości treści. PMIDs są przypisane do listów do redakcji , poglądów redakcji, op-ed kolumn, a każdy inny element, że Wybiera Editor włączenia w czasopiśmie, jak również papiery wzajemnie weryfikowane. Istnienie numeru identyfikacyjnego nie jest również dowodem na to, że dokumenty nie zostały wycofane z powodu oszustwa, niekompetencji lub niewłaściwego postępowania. Zawiadomieniu o ewentualnych poprawkach do prac oryginalnych można nadać numer PMID.

Każda liczba wprowadzona w oknie wyszukiwania PubMed jest domyślnie traktowana tak, jakby była PMID. Dlatego każde odwołanie w PubMed można zlokalizować za pomocą PMID.

Alternatywne interfejsy

MEDLINE jest jedną z baz danych, które są dostępne za pośrednictwem PubMed. Kilka firm zapewnia dostęp do MEDLINE za pośrednictwem swoich platform.

National Library of Medicine dzierżawi informacje MEDLINE wielu prywatnym dostawcom, takim jak Embase , Ovid , Dialog , EBSCO , Knowledge Finder i wielu innym dostawcom komercyjnym, niekomercyjnym i akademickim. Do października 2008 r. Wydano ponad 500 licencji, z czego ponad 200 dla dostawców spoza Stanów Zjednoczonych. Ponieważ licencje na korzystanie z danych MEDLINE są dostępne bezpłatnie, NLM zapewnia bezpłatne poligon do testowania szerokiej gamy alternatywnych interfejsów i dodatków innych firm do PubMed, jednej z niewielu dużych, profesjonalnie przygotowanych baz danych, które oferują tę opcję.

Lu identyfikuje próbkę 28 aktualnych i bezpłatnych wersji PubMed opartych na sieci Web, niewymagających instalacji ani rejestracji, które są podzielone na cztery kategorie:

  1. Ranking wyników wyszukiwania, na przykład: eTBLAST ; MedlineRanker; MiSearch;
  2. Grupowanie wyników według tematów, autorów, czasopism itp., Na przykład: Anne O'Tate ; ClusterMed;
  3. Udoskonalenie semantyki i wizualizacji, na przykład: EBIMed; MedEvi.
  4. Ulepszony interfejs wyszukiwania i doświadczenie pobierania, na przykład askMEDLINE BabelMeSH; i PubCrawler.

Ponieważ większość tych i innych alternatyw opiera się zasadniczo na danych PubMed / MEDLINE dzierżawionych na licencji od NLM / PubMed, zaproponowano termin „instrumenty pochodne PubMed”. Bez potrzeby przechowywania około 90 GB oryginalnych zbiorów danych PubMed, każdy może pisać aplikacje PubMed przy użyciu interfejsu programu aplikacji eutils, jak opisano w „Szczegółowe informacje o narzędziach elektronicznych: parametry, składnia i więcej” autorstwa dr Erica Sayersa. Różne generatory formatu cytowań, przyjmujące numery PMID jako dane wejściowe, są przykładami aplikacji internetowych korzystających z interfejsu programu eutils-application. Przykładowe strony internetowe obejmują Citation Generator - Mick Schroeder , Pubmed Citation Generator - Ultrasound of the Week , PMID2cite i Cite this for me .

Eksploracja danych PubMed

Metody alternatywne do kopalni w danych warunkach użytkowania PubMed programowania, takich jak Matlab , Pythonie lub R . W takich przypadkach zapytania PubMed są zapisywane jako wiersze kodu i przekazywane do PubMed, a odpowiedź jest następnie przetwarzana bezpośrednio w środowisku programistycznym. Kod można zautomatyzować, aby systematycznie wyszukiwać zapytania z różnymi słowami kluczowymi, takimi jak choroba, rok, narządy itp. Niedawna publikacja (2017) wykazała, że ​​odsetek wpisów związanych z rakiem w PubMed wzrósł z 6% w latach 50. do 16% w 2016 r. .

Dane dostępne przez PubMed mogą być kopiowane lokalnie za pomocą nieoficjalnego narzędzia, takiego jak MEDOC.

Miliony rekordów PubMed zwiększenia różnych otwartych danych zbiorów danych o otwartym dostępie , jak Unpaywall . Narzędzia do analizy danych, takie jak Unpaywall Journals, są używane przez biblioteki do pomocy przy anulowaniu dużych transakcji : biblioteki mogą uniknąć subskrypcji materiałów już obsługiwanych przez natychmiastowy otwarty dostęp za pośrednictwem otwartych archiwów, takich jak PubMed Central.

Zobacz też

Bibliografia

Linki zewnętrzne