Rybonukleaza III - Ribonuclease III
| Domena rybonukleazy III | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Struktura rybonukleazy III oddziałująca z dwuniciowym RNA.
| |||||||||||
| Identyfikatory | |||||||||||
| Symbol | RNaza_III | ||||||||||
| Pfam | PF00636 | ||||||||||
| InterPro | IPR000999 | ||||||||||
| PROSITE | PDOC00448 | ||||||||||
| SCOP2 | 1jfz / zakres / SUPFAM | ||||||||||
| |||||||||||
Rybonukleaza III (RNaza III lub RNaza C) (BRENDA 3.1.26.3 ) jest rodzajem rybonukleazy, która rozpoznaje dsRNA i tnie go w określonych docelowych miejscach, aby przekształcić je w dojrzałe RNA. Enzymy te stanowią grupę endorybonukleaz , które charakteryzują się domeną rybonukleazową, która jest oznaczona domeną RNazy III. Związki są wszechobecne w komórkach i odgrywa ważną rolę w szlakach takie jak RNA syntezy prekursora, wyciszanie RNA oraz PNP mechanizmu autoregulującą.
Rodzaje RNazy III
Nadrodzina RNazy III jest podzielona na cztery znane klasy: 1, 2, 3 i 4. Każda klasa jest zdefiniowana przez swoją strukturę domenową.
Klasa 1 RNazy III
- Enzymy klasy 1 RNazy III mają strukturę homodimeryczną , której funkcją jest rozszczepienie dsRNA na wiele podjednostek. Jest endonukleazą zależną od Mg 2+ iw dużej mierze występuje w bakteriach i bakteriofagach . Klasa 1 RNazy III została znaleziona w grzybach Glomeromycotan , co podejrzewano o wynik horyzontalnego transferu genów z sinic . Wśród RNaz III w tej klasie znajdują się rnc z E. coli . Zazwyczaj enzymy klasy I posiadają pojedynczą domenę RNazy III (RIIID), po której następuje domena wiążąca dsRNA (dsRBD). Przetwarzają prekursory do rybosomalnego RNA (rRNA), małego jądrowego RNA (snRNA) i małego jąderkowego RNA (snoRNA). Podstawowa funkcja cięcia dsRNA klasy 1 RNazy III jest zachowana w większości organizmów, w których jest obecna. Jednak w wielu gatunkach funkcja ta uległa zmianie i przyjęła inne lub dodatkowe role biologiczne.
- Rnc (UniProtKB P0A7Y0 ) - E.Coli - ta RNaza III bierze udział w przetwarzaniu transkryptów wirusowych i niektórych mRNA poprzez cięcie wielu obszarów na dsRNA. Na to rozszczepienie może mieć wpływ obecność białka rybosomalnego .
- Wariancje RNazy III klasy 1, zwane Mini-III , są enzymami homodimerycznymi i składają się wyłącznie z domen RNazy III.
Klasa 2 RNazy III
- Klasa II jest zdefiniowana przez obecność domeny N-końcowej (NTD), RIIID i dsRBD. Klasa II występuje u niektórych gatunków grzybów. Przetwarzają prekursory rRNA, snRNA i snoRNA.
- Nukleazy drożdżowe z domeną RNazy III klasy 2 :
- RNT1 (UniProtKB Q02555 ) - S. cerevisiae - ta RNaza III jest zaangażowana w transkrypcję i przetwarzanie rDNA, tworzenie końca 3' U2 snRNA poprzez rozszczepienie pętli końcowej, odpowiedź na stres ściany komórkowej i degradację oraz regulację punktu kontrolnego morfogenezy geny.
Klasa 3 RNazy III
- RNazy III klasy obejmują rodzinę enzymów Drosha, o których wiadomo, że działają w dojrzewaniu prekursorów do mikroRNA (miRNA) .
Klasa 4 RNazy III
- RNazy klasy 4 III obejmują rodzinę enzymów Dicer, o których wiadomo, że działają w interferencji RNA (RNAi). RNazy klasy 4 III są składnikami S-RNazy. Jest składnikiem systemu samoniezgodności u Rosaceae, Solanaceae i Plantaginaceae. Są rekrutowani, aby radzić sobie z różnymi scenariuszami stresu środowiskowego.
- Enzymy Dicer przetwarzają substraty dsRNA na małe fragmenty RNA o indywidualnej wielkości w zakresie od 21 do 27 nukleotydów. Dicer ma N-końcową domenę helikazy/ATPazy, po której następuje inna domena o nieznanej funkcji. Zawiera również centralnie umieszczoną domenę PAZ i konfigurację C-końcową, która obejmuje jedną domenę katalityczną dsRBD i dwie domeny katalityczne RNazy III. Interakcje Dicer występują z innymi białkami, w tym TRBP, PACT i Ago2. RNA wytwarzane przez Dicer działają jako przewodniki dla sekwencji szczególnego wyciszania pokrewnych genów przez RNAi i pokrewne szlaki.
Białka ludzkie zawierające domenę RNazy III
Zobacz też
Bibliografia
Linki zewnętrzne
- RNaza+III w amerykańskiej National Library of Medicine Medical Subject Headings (MeSH)
- WE 3.1.26.3