Modelarz epidemiologiczny czasoprzestrzenny - Spatiotemporal Epidemiological Modeler

TRZON
STEM LOGO.jpg
Deweloper(zy) IBM , BfR , Eclipse Foundation
Pierwsze wydanie 2006
Wersja stabilna
V4.0.0
Magazyn
Napisane w Oprogramowanie Java
System operacyjny Dowolne ( oprogramowanie Java )
Dostępne w Angielski (z obsługą języka narodowego Java)
Rodzaj Oprogramowanie naukowe
Licencja EPL
Strona internetowa www .eclipse .org /rdzeń /

Spatiotemporal epidemiologiczne Modeler ( STEM ) jest wolne oprogramowanie dostępne za pośrednictwem Fundacji Eclipse . STEM, pierwotnie opracowany przez IBM Research , jest strukturą i narzędziem programistycznym, które ma pomóc naukowcom tworzyć i wykorzystywać przestrzenne i czasowe modele chorób zakaźnych . STEM wykorzystuje architekturę oprogramowania komponentowego opartą na standardzie OSGi . Platforma Eclipse Equinox jest referencyjną implementacją tego standardu. Dzięki zastosowaniu architektury oprogramowania komponentu wszystkie komponenty lub elementy wymagane do modelu choroby, w tym kod i dane, są dostępne jako bloki konstrukcyjne oprogramowania, które można niezależnie wymieniać, rozszerzać, ponownie wykorzystywać lub zastępować. Te bloki konstrukcyjne lub wtyczki są nazywane „wtyczkami” lub „rozszerzeniami” eclipse. Wtyczki STEM zawierają dane mianownika dla interesujących obszarów administracyjnych. Regiony są indeksowane według standardowych kodów ( ISO3166 ).

STEM zawiera obecnie dużą liczbę wtyczek dla 244 krajów i obszarów zależnych zdefiniowanych przez Standard Kodowania Geograficznego utrzymywany przez Międzynarodową Organizację Normalizacyjną . Wtyczki te zawierają dane globalne w tym danych geograficznych , dane dotyczące populacji , dane demograficzne oraz podstawowych modeli choroby . Modele choroby rozpowszechniane za pomocą STEM obejmują modele przedziałów epidemiologicznych . Inne wtyczki opisania relacji między regionami w tym najbliższego sąsiada lub relacji sąsiedztwa, a także informacje na temat transportu , takich jak połączenia przez drogach oraz modelu transportu lotniczego .

Relacje między regionami można następnie uwzględnić w modelach rozprzestrzeniania się choroby z miejsca na miejsce. Aby to osiągnąć, STEM przedstawia świat jako „wykres” . Te węzły w wykresie odpowiadają do miejsc i regionów, a krawędzie w grafie opisać związki lub połączenia między regionami. Zarówno węzły, jak i krawędzie mogą być oznaczone lub „ozdobione” różnymi danymi i modelami mianownika. Ta graficzna reprezentacja jest zaimplementowana przy użyciu Eclipse Modeling Framework (EMF). Ponieważ model ten może być zbudowany przy użyciu oddzielnych subgraphs , STEM umożliwia modelu składu . Predefiniowane podgrafy definiujące różne kraje można zestawiać za pomocą interfejsu przeciągnij i upuść. Nowe wektory chorób można po prostu dodać do istniejących modeli, rozszerzając model o nowy zestaw krawędzi. Architektura wspiera również współpracę, ponieważ użytkownicy mogą nie tylko tworzyć nowe modele i komponować nowe scenariusze, ale także wymieniać te modele i scenariusze jako komponenty wielokrotnego użytku, a tym samym korzystać ze swojej pracy. Jako projekt open source , użytkownicy są zachęcani do tworzenia własnych wtyczek (zarówno danych, jak i modeli) oraz, w razie potrzeby, do wnoszenia swojej pracy z powrotem do projektu.

Zewnętrzne linki