Łącznie do etapu kwalifikacyjnego weszło 26 narodów. FIFA odrzuciła zgłoszenia Mauritiusa i Mozambiku z powodu ich niespłaconych długów, pozostawiając 24 kraje do rywalizacji o miejsca w kwalifikacjach. Lesotho , Rwanda i Togo wycofały się po remisie do pierwszej rundy, które odbyło się 12 grudnia 1987 roku, ale przed rozegraniem meczu. Libia wygrała remis w pierwszej rundzie i awansowała do drugiej rundy, ale wycofała się w połowie tego etapu, co oznacza, że wszystkie ich wyniki w grupie zostały anulowane.
Pierwsza runda : Algieria , Kamerun , Wybrzeże Kości Słoniowej , Egipt , Kenia , Maroko , Nigeria i Zair , osiem najlepiej sklasyfikowanych drużyn według FIFA , zostało pożegnanych i bezpośrednio awansowało do drugiej rundy . Pozostałe szesnaście drużyn zostało połączonych w pary, aby rozgrywać mecze pucharowe u siebie i na wyjeździe. Zwycięzcy awansują do drugiej rundy.
Druga runda : Do ośmiu zwycięzców z pierwszej rundy dołączyło osiem rozstawionych drużyn i podzielono na cztery grupy po cztery drużyny każda. Drużyny grały przeciwko sobie na zasadzie u siebie i na wyjeździe. Zwycięzcy grup awansują do Rundy Finałowej.
Runda finałowa : Cztery pozostałe drużyny zostały połączone w pary, aby rozgrywać mecze pucharowe u siebie i na wyjeździe. Zwycięzcy zakwalifikują się.
Początkowo wymagane było osiem nokautowych (dwunożnych) remisów, w których brało udział szesnaście krajów afrykańskich o najniższym rankingu. Wycofanie się trzech drużyn oznaczało, że w rzeczywistości zakwestionowano tylko pięć remisów. Osiem odnoszących sukcesy drużyn awansowało do formatu grupowego drugiej rundy.
Do ośmiu eliminacji z pierwszej rundy dołączyło osiem najwyżej sklasyfikowanych drużyn CAF. Drużyny zostały podzielone na cztery grupy po cztery, które grały w systemie round-robin u siebie i na wyjeździe, przy czym czterech zwycięzców grup awansowało do rundy finałowej.
Czterech zwycięzców grup z drugiej rundy zostało rozlosowanych na dwa remisy. Zwycięzca każdego dwumeczu zakwalifikował się do Mistrzostw Świata FIFA 1990 .