Civet SARS-CoV - Civet SARS-CoV
| Civet SARS-CoV | |
|---|---|
Klasyfikacja wirusów 
|
|
| (bez rankingu): | Wirus |
| Królestwo : | Rybowiria |
| Królestwo: | Orthornavirae |
| Gromada: | Pisuviricota |
| Klasa: | Pisoniviricetes |
| Zamówienie: | Nidovirale |
| Rodzina: | Coronaviridae |
| Rodzaj: | Betakoronawirus |
| Podrodzaj: | Sarbekowirus |
| Gatunek: | |
| Napięcie: |
Civet SARS-CoV
|
Civet SARS-CoV jest koronawirusem związanym z koronawirusem zespołu ciężkiej ostrej niewydolności oddechowej (SARSr-CoV) zakażonym cywetem palmowym , który zarażał ludzi i powodował zdarzenia SARS w latach 2002-2003. Koronawirus zespołu ciężkiej ostrej niewydolności oddechowej (SARS-CoV) jest wysoce podobny, z podobieństwem sekwencji genomu około 99,8%. Ponieważ kilku pacjentów zarażonych na wczesnym etapie epidemii miało kontakt z jenotem japońskim jenotem (zwanym również tanuki) na rynku, owocożerne Tanuki może być bezpośrednim źródłem ludzkiego koronawirusa SARS. Pod koniec 2003 roku w Guangzhou w Chinach zaraziły się kolejne cztery osoby . Analiza sekwencji wykazała, że podobieństwo z wirusem Tanuki osiągnęło 99,9%, a koronawirus SARS był również spowodowany przypadkami transmisji Tanuki.
W kilku przypadkach nie znaleziono dalszych badań nad cywetem palmowym, co wskazuje, że tanuki owocowe mogą nie być naturalnym gospodarzem koronawirusa SARS, a jedynie pośrednim żywicielem wirusa z naturalnego rezerwuaru ( nietoperza ) dla ludzi. Chociaż koronawirus tanuki tankyum SARS jest bardzo podobny do ludzkiego koronawirusa SARS, istnieje kilka punktów w domenie wiążącej receptor (RBD) białka obciążającego, a ORF8, który koduje białko pomocnicze, ma długą 29- nt sekwencję niż ludzki wirus. Kiedy wirus zostaje zainfekowany przez barierę gatunkową, obszary te ulegają zmianie, co może być związane z adaptacją nowego środowiska.
Odkrycie
.jpg)
Po wybuchu SARS naukowcy przetestowali dzikie zwierzęta sprzedawane w Shenzhen Guangdong w Chinach. Odkryli, że u cyweta zamaskowanego palmowego , jenota i borsuka chińskiego wykryto koronawirusa związanego z zespołem ostrej ostrej niewydolności oddechowej i uzyskali dwie kompletne sekwencje genomu koronawirusa związanego z zespołem ostrej niewydolności oddechowej , SZ3 i SZ16 z próbek nosowych cyweta zamaskowanego palmowego. Podobieństwo sekwencji koronawirusa SARS Tor2 wynosi 99,8%, a badanie surowicy personelu rynku, który często jest narażony na owocowe tanuki wykazało, że mają oni wyższy wskaźnik przeciwciał SARS niż w populacji ogólnej, co wskazuje, że tanuki może być bezpośrednim źródłem Koronawirus SARS. W maju 2003 r. zamaskowany cywet palmowy w Guangdong został zabity w celu opanowania epidemii i nie został ponownie sprzedany, dopóki zakaz nie został zniesiony pod koniec sierpnia.
W grudniu 2003 roku, sześć miesięcy po tym, jak Światowa Organizacja Zdrowia ogłosiła, że epidemia SARS jest pod kontrolą, w Kantonie wybuchła nowa epidemia , w której zarażono cztery osoby. Zamaskowany cywet palmowy sprzedawany na lokalnym rynku i w restauracjach również wykrył koronawirusa ciężkiego ostrego zespołu oddechowego (Civet007, Civet010, Cive). T014, Cive019, Cive020, sekwencja jest w 99,9% podobna do sekwencji koronawirusa zespołu ostrej ostrej niewydolności oddechowej dwóch pacjentów (kelnerzy stołówki i klienci), co wskazuje, że wirus zarażony tymi czterema osobami nie jest wirusem ludzkim z epidemii 2002-2003 , ale zamaskowany cywet palmowy. Zamaskowany cywet palmowy to przypadek ponownego zakażenia człowieka maskowanym cywetem palmowym. W związku z wznowieniem epidemii zamaskowany cywet palmowy na rynku w Kantonie został ponownie ubity w celu zapobiegania epidemii.
Pod koniec 2004 r. naukowcy zbadali cywet palmowy maskowany na farmach w Guangdong, Hunan i Henan i tylko kilka osób z przeciwciałami przeciwko koronawirusowi związanemu z ciężkim zespołem ostrego układu oddechowego znaleziono na farmie w Shanwei w stanie Guangdong. W następnym roku przebadano ponad 1000 zamaskowanych cywetów palmowych w 12 prowincjach Chin, a także zbadano dzikie cywety palmowe w Hongkongu. Nie znaleziono osoby zakażonej koronawirusem związanym z ciężkim ostrym zespołem oddechowym. Poprzednie badanie zostało przeprowadzone dla rolnika cywet w Henan na rynek Guangzhou. Test cyweta zamaskowanej palmy jest pozytywny na rynku, ale wszystkie osobniki na farmach Henan są negatywne, co wskazuje, że zamaskowany cywet palmowy powinien być zainfekowany na rynku. Ponadto typowe objawy kliniczne owocowych tanuki można zaobserwować w laboratorium po zakażeniu ludzkim koronawirusem związanym z ciężkim zespołem ostrej niewydolności oddechowej. Badania te pokazują, że cywet palmy maskowanej może być źródłem ludzkiego koronawirusa związanego z ciężkim zespołem ostrej niewydolności oddechowej, ale nie powinien być jego naturalnym rezerwuarem , a jedynie żywicielem pośrednim, który przyspiesza rozprzestrzenianie się wirusa z naturalnego rezerwuaru na ludzi, oraz to samo jest również To jest zarażone innymi zwierzętami, aby mieć wirusa.
Filogenetyka
Drzewo filogenetyczne oparte na sekwencjach całego genomu SARS-CoV-1 i powiązanych koronawirusów to:
| Koronawirus związany z SARS‑CoV‑1 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SARS-CoV-2 , 79% do SARS-CoV-1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genomu sekwencji Cybet SARS-CoV, jest bardzo podobny do ludzkiego koronawirusa SARS. Różnice obejmują sekwencję insercji 29 nukleozasad w ORF8, która koduje białka pomocnicze, oraz różnicę między kilkoma punktami domeny wiążącej (RBD) wiązania receptora białka wypustek i receptora ACE2 komórki gospodarza .