Wywoływanie genów - GeneCalling

W dziedzinie genomiki , GeneCalling to otwarta platforma mRNA Technika profili transkrypcyjnych. Protokół GeneCalling mierzy poziomy cDNA , które są skorelowane z poziomami ekspresji genów określonych transkryptów . W tej technologii badane i porównywane są różnice między ekspresją genów w zdrowych tkankach a tkankach chorobowych lub wrażliwych na leki. Technika została zastosowana do badania tkanek ludzkich i tkanek roślinnych.

metoda

Proces GeneCalling

W protokole GeneCalling mRNA są najpierw izolowane z danej próbki i przetwarzane na fragmenty do analizy. Zwykle obejmuje to syntezę i podział dwuniciowych cDNA z poliA RNA . Odrębne zestawy enzymów restrykcyjnych można następnie stosować do trawienia zestawów podzielonych cDNA i powstałych fragmentów ligowanych do wyznakowanych adaptorów w celu amplifikacji metodą PCR . Produkty PCR są następnie oczyszczane i poddawane elektroforezie żelowej na zamontowanej platformie wykorzystującej stacjonarne wzbudzenie laserowe i wielokolorowy system obrazowania urządzenia ze sprzężonym ładunkiem . Znacznik fluorescencyjny na końcu 5' jednego ze starterów PCR umożliwia wizualizację fragmentów PCR, a cDNA poddaje się kilku izolowanym i identycznym trawieniom restrykcyjnym w celu wygenerowania połączonego profilu opartego na wysokości piku i wariancji. Połączone profile trawienia z preparatów cDNA są następnie porównywane w celu zlokalizowania fragmentów o zróżnicowanej ekspresji (takich jak między tkanką normalną a tkanką chorą lub wrażliwą na lek); profile te są porównywane za pomocą różnych internetowych baz danych, takich jak GeneScape.

Bibliografia

  1. ^ Kirst, ME (1 maja 2005). „Identyfikacja i charakterystyka białek degradacji związanych z retikulum endoplazmatycznym w różny sposób dotkniętych stresem retikulum endoplazmatycznego” . Fizjologia roślin . 138 (1): 218–231. doi : 10.1104/str.105.060087 . PMC  1104177 . PMID  15849299 .
  2. ^ Zielony, Cynthia D.; Simons, Jan Fredrik; Taillon, Bruce E.; Lewin, David A. (kwiecień 2001). „Systemy otwarte: panoramiczne widoki ekspresji genów”. Journal of Immunological Methods . 250 (1–2): 67–79. doi : 10.1016/S0022-1759(01)00306-4 . PMID  11251222 .
  3. ^ Analiza ekspresji genów przez profilowanie transkrypcji w połączeniu z zapytaniem do bazy danych genów. Nature Biotechnology 17 , 798-803: 1999
  4. ^ Profilowanie ekspresji genów szlaku flawonoidowego kukurydzy kontrolowanych przez czynniki transkrypcyjne indukowane estradiolu CRC i P. Komórka roślinna 12 , 65-79: 2000
  5. ^ Klein, S; de Fougerolles, AR; Blaikie, P; Chan, L; Pepe, A; zielony, CD; Koteliański, V; Giancotti, FG (sierpień 2002). „Integryna alfa 5 beta 1 aktywuje zależny od NF-kappa B program ekspresji genów ważny dla angiogenezy i zapalenia” . Biologia molekularna i komórkowa . 22 (16): 5912–22. doi : 10.1128/mcb.22.16.5912-5922.2002 . PMC  133962 . PMID  12138201 .
  6. ^ Shimkets, RA; i in. (1999). „Analiza ekspresji genów przez profilowanie transkrypcji w połączeniu z zapytaniem do bazy danych genów”. Nat. Biotechnologia . 17 (8): 798–803. doi : 10.1038/11743 . PMID  10429247 . S2CID  25463457 .
  7. ^ Grotewold, Erich (2003). Genomika Funkcjonalna Roślin . Springer Nauka i Media Biznesowe. P. 386. Numer ISBN 9781592594139. Źródło 17 października 2016 .