Projekt sekwencjonowania genomu grypy - Influenza Genome Sequencing Project

Grypa (grypa)
Wirus H1N1

Grypa sekwencjonowania genomu Projektu (IGSP), zainicjowany na początku 2004 roku, ma na celu zbadanie ewolucji grypy poprzez dostarczenie danych publicznych zestaw kompletnych sekwencjami genomu grypy ze zbiorów izolatów reprezentujących różne dystrybucje gatunku.

Projekt jest finansowany przez National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), oddział National Institutes of Health (NIH), i działa z NIAID Microbial Sequencing Center w The Institute for Genomic Research (TIGR), w 2006 stał się The Venter Institute). Informacje o sekwencjach generowane przez projekt były stale umieszczane w domenie publicznej za pośrednictwem GenBank .

Pochodzenie

Pod koniec 2003 roku David Lipman , Lone Simonsen , Steven Salzberg i konsorcjum innych naukowców napisali propozycję rozpoczęcia sekwencjonowania dużej liczby wirusów grypy w Instytucie Badań Genomowych (TIGR). Przed realizacją tego projektu publicznie dostępnych było tylko kilka genomów grypy. Ich propozycja została zatwierdzona przez National Institutes of Health (NIH), a później stała się IGSP. Rozwój nowej technologii prowadzony przez Elodie Ghedin rozpoczął się w TIGR pod koniec tego samego roku, a pierwsza publikacja opisująca> 100 genomów grypy ukazała się w 2005 roku w czasopiśmie Nature

Cele badawcze

W ramach projektu wszystkie dane o sekwencjach są publicznie dostępne za pośrednictwem GenBank , międzynarodowej bazy danych z możliwością przeszukiwania, finansowanej przez NIH. Badania te pomagają międzynarodowym badaczom uzyskać informacje potrzebne do opracowania nowych szczepionek , terapii i diagnostyki, a także pogłębić wiedzę na temat ogólnej ewolucji molekularnej grypy i innych czynników genetycznych, które determinują ich zjadliwość. Taka wiedza mogłaby nie tylko pomóc złagodzić skutki corocznych epidemii grypy , ale mogłaby również zwiększyć wiedzę naukową na temat pojawiania się wirusów grypy pandemicznej .

Wyniki

Projekt zakończył swoje pierwsze genomy w marcu 2005 r. I od tego czasu gwałtownie przyspieszył. Do połowy 2008 r. Całkowicie zsekwencjonowano ponad 3000 izolatów z wirusów grypy, które są endemiczne w populacjach ludzkich („ludzka grypa”), ptasiej („ptasia grypa”) i świń („świńska grypa”), w tym wiele szczepów H3N2 (ludzka ), H1N1 (ludzki) i H5N1 (ptasi).

Powiązania

Projekt jest finansowany przez National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), który jest częścią NIH, która jest agencją Departamentu Zdrowia i Opieki Społecznej Stanów Zjednoczonych .

IGSP rozszerzyła się i obejmuje rosnącą listę współpracowników, którzy wnieśli zarówno wiedzę fachową, jak i cenne zbiory izolatów wirusa grypy. Głównymi wczesnymi współpracownikami byli Peter Palese z Mount Sinai School of Medicine w Nowym Jorku, Jill Taylor z Wadsworth Center w New York State Department of Health , Lance Jennings z Canterbury Health Laboratories (Nowa Zelandia), Jeff Taubenberger z Armed Forces Institute of Pathology (który później przeniósł się do NIH), Richarda Slemonsa z Ohio State University i Roba Webstera ze Szpitala Dziecięcego St. Jude w Memphis, Tennessee.

W 2006 roku do projektu dołączył Ilaria Capua z Istituto Zooprofilattico Sperimentale delle Venezie (we Włoszech), który wniósł cenną kolekcję izolatów ptasiej grypy (w tym wiele szczepów H5N1 ). Niektóre z tych ptasich izolatów zostały opisane w publikacji w Emerging Infectious Diseases w 2007 r. Nancy Cox z Centers for Disease Control and Prevention (CDC) i Robert Couch z Baylor College of Medicine również dołączyli do projektu w 2006 r., Przyczyniając się do ponad 150 wirusa grypy B. izolaty.

Projekt rozpoczął prospektywne badania sezonu grypowego 2007 we współpracy z Florence Bourgeois i Kenneth Mandl z Children's Hospital w Bostonie i Harvard School of Public Health oraz Laurel Edelman z Surveillance Data Inc.


Bibliografia

Linki zewnętrzne