Lista baz danych neuronauki - List of neuroscience databases
Dostępnych jest wiele internetowych baz danych neuronaukowych, które dostarczają informacji dotyczących ekspresji genów , neuronów , makroskopowej struktury mózgu oraz zaburzeń neurologicznych lub psychiatrycznych . Niektóre bazy danych zawierają dane opisowe i liczbowe, inne dotyczące funkcji mózgu, inne oferują dostęp do „surowych” danych obrazowania, takich jak pośmiertne sekcje mózgu lub obrazy 3D MRI i fMRI . Niektóre skupiają się na ludzkim mózgu, inne na nie-ludziach.
Wraz ze wzrostem liczby baz danych, które dążą do rozpowszechniania informacji o budowie, rozwoju i funkcji mózgu, rośnie potrzeba samodzielnego zestawiania tych zasobów. W rezultacie istnieją obecnie bazy danych neuronauki, z których niektóre sięgają ponad 3000 wpisów.
Bazy danych neuronauki
Nazwa | Opis | Organizm | Poziom (gen, neuron, makroskopowy) | Dane (MRI, fMRI, obrazy, opisowe, numeryczne) | Nieład | Zarejestruj się, aby wyświetlić dane? | Nr ref. | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Atlas mózgu Allena | Atlas, wybarwione skrawki mózgu wykazujące rozwój i ekspresję genów | Mysz, Człowiek | Makroskopowy, Gene | Obrazy | Zdrowy | Nie | ||
Inicjatywa Neuroobrazowania w Chorobie Alzheimera (ADNI) | Obrazy strukturalne MRI | Człowiek | Makroskopijny | Zbiory danych MRI | Zdrowe i choroba Alzheimera | tak | ||
Duży mózg | Rekonstrukcja 3D całego mózgu z wycinków histologicznych barwionych na ciele komórki przy izotropowej rozdzielczości 20 mikronów | Człowiek | Mikroskopijny | Obrazy | Zdrowy | Nie | ||
BIRN fMRI i dane MRI | fMRI, MRI skany i atlasy mózgów ludzi i myszy | Mysz, Człowiek | Wielopoziomowe: regiony mózgu, połączenia, neurony, wzorce ekspresji genów | Zbiory danych MRI, zbiory danych fMRI | Zdrowe, Starsze | Nie | ||
Baza danych neuroobrazowania zaburzeń afektywnych dwubiegunowych | Metaanaliza i baza danych badań MRI | Człowiek | Makroskopijny | Opisowe, liczbowe | Zaburzenie afektywne dwubiegunowe | Nie | ||
System zarządzania architekturą mózgu | Zasoby online zawierające informacje o obwodach neuronowych | Szczur, mysz, człowiek | Wielopoziomowe: regiony mózgu, połączenia, neurony, wzorce ekspresji genów | Opisowe, liczbowe | Zdrowy | Nie | ||
Chmura mózgu | Ekspresja genów w korze przedczołowej człowieka | Człowiek | Wzorce ekspresji genów | Opisowe, liczbowe | Zdrowy | Nie | ||
Mózg-KOD | Multimodalna platforma obejmująca różne zaburzenia dla zintegrowanych badań i danych z dziedziny neuronauki prowadzona przez Ontario Brain Institute . | Człowiek, zwierzę | Multimodalne zbiory danych (kliniczne, obrazowe, molekularne itp.) | Opisowe, numeryczne, obrazowe, molekularne, genetyka | Neurorozwojowy, mózgowy porażenie dziecięce, epilepsja, depresja, neurodegeneracja, wstrząs mózgu | tak | ||
Brain-Development.org | Obrazy strukturalne MRI i atlasy | Człowiek | Makroskopijny | Zbiory danych MRI | Płody, zdrowe i przedwcześnie urodzone noworodki | tak | ||
Braingraph.org | Wykresy mózgów obliczone na podstawie danych projektu Human Connectome Project | Człowiek | Makroskopowo, do 1015 węzłów | grafy skierowane i nieskierowane w formacie GraphML z anatomicznie adnotacjami | Zdrowy | Nie | ||
Informacje o mózgu | Atlas, schematyczny atlas Macaca fascicularis | Makak | Makroskopijny | Schematyczne obrazy | Zdrowy | tak | ||
Platforma interfejsu maszyny mózgowej | Różne rodzaje danych związanych z interfejsem maszyny mózgowej | Człowiek, Małpa | Makroskopowy, Neuron | Obrazy, numeryczne | Zdrowy | Nie | ||
BrainMap.org | baza współrzędnych fMRI | Człowiek | Makroskopijny | Opisowy | Zdrowy | tak | ||
MózgMapy | Atlas, poplamione sekcje mózgów w wysokiej rozdzielczości | Człowiek, naczelne i inne niż naczelne (w sumie 14 gatunków) | Neuron i makroskopowe | Obrazy | Zdrowy | Nie | ||
Portal danych Mózg/UMYSŁY | Atlas, skany MRI in-vivo i ex-vivo, zapisy ECoG | Marmozeta zwyczajna, człowiek | Makroskopijny | Obrazy | Zdrowy | Nie | ||
Baza danych Brede | baza współrzędnych fMRI i PET | Człowiek | Makroskopijny | Opisowy | Zdrowy | Nie | ||
Brainmuseum.org / MSU Bank Bioróżnorodności Mózgu | Atlas, wybarwione skrawki mózgu i obrazy MRI | Człowiek i 62 inne gatunki | Makroskopijny | Obrazy | Zdrowy | Nie | ||
Mózgomika/lokalizator | Skany fMRI i MRI, dane behawioralne | Człowiek | Makroskopijny | Obrazy, numeryczne | Zdrowy | Nie | ||
Atlas podkorowy Caltech | Skany MRI | Człowiek | Makroskopijny | MRI | Zdrowy | Nie | ||
Cambridge Centre for Aging and Neuroscience (Cam-CAN) | Dane MRI, fMRI, MEG dla ~700 zdrowych osób dorosłych w wieku 18-88 lat | Człowiek | Makroskopijny | Obrazy, opisowe, liczbowe | Zdrowy | Nie | ||
Archiwum Obrazowania Nowotworów | Obrazowanie MRI, CT i PET pacjentów onkologicznych wraz z potwierdzającymi danymi klinicznymi (w wielu przypadkach) | Człowiek | Makroskopijny | Obrazy, opisowe, liczbowe | Nowotwór | Nie | ||
Baza danych transkryptomów rozwoju móżdżku | Atlas, wybarwione wycinki z mózgów myszy ukazujące rozwój móżdżku i ekspresję genów | Mysz | Makroskopowy, Gene | Obrazy | Zdrowy | Nie | ||
Wspólne badania w neuronauce obliczeniowej CRCNS.org | Wiele rodzajów wyników neuronaukowych, które są istotne dla modelowania | Człowiek i kilka innych gatunków | Wieloskalowy | Pociągi z kolcami, LFP, MUA, MRI | Zdrowy | tak | ||
Baza danych do eksperymentów i modeli (DREAM) | Dotarcie do danych (behawioralne, uogólniające, adaptacyjne, uczące się, skokowe, fMRI, niepewność) | Człowiek i małpa | Makroskopijny | Kinematyka, Spike, fMRI | Zdrowy | tak | ||
Centrum danych fMRI | Zbiory danych fMRI z opublikowanych badań | Człowiek | Makroskopijny | zbiory danych fMRI | Zdrowy | tak | ||
Projekt GLIMPS (obrazowanie glukozy w zespołach parkinsonowskich) | Międzynarodowa baza danych chorób neurodegeneracyjnych skanów FDG-PET | Człowiek | Makroskopijny | Obrazy FDG-PET | choroba Parkinsona (PD), choroba Alzheimera (AD), zanik wieloukładowy (MSA), postępujące porażenie nadjądrowe (PSP) itp. | tak | ||
Portal hipokampowy | Obwody, typy neuronowe, elektrofizjologia | Dorosły człowiek | Neuron | Morfologia komórki, elektrofizjologia, budowa regionu, łączność | Zdrowy | tak | ||
Międzynarodowa Baza Elektrofizjologii Padaczki (IEEG.org) | EEG, metadane, obrazowanie, adnotacje na danych | Modele epilepsji u ludzi i zwierząt | EEG, pola lokalne, mikro-ECoG | Elektrofizjologia | Niezdrowe, kilka zdrowych | tak | ||
Międzynarodowa inicjatywa udostępniania danych neuroobrazowania (INDI) | Dane o łączności funkcjonalnej z wielu różnych grup | Bezkręgowce (w sumie 47 gatunków) | Makroskopijny | Łączność funkcjonalna | Zdrowe, niezdrowe | tak | ||
Platforma mózgu bezkręgowców | Zdjęcia rozwarstwień układu nerwowego bezkręgowców | Bezkręgowce (w sumie 47 gatunków) | Makroskopijny | Zdjęcia | Zdrowy | Nie | ||
Fantom ludzki in vivo | Dane MRI o ultrawysokiej rozdzielczości pojedynczego uczestnika, w tym angiografia 150 μm ToF, 250 μm T1 ważona MPRAGE, 330 μm QSM, 450 μm T2 ważona TSE, 800 μm DTI, ciągła godzina 1,8 mm rs-fMRI i dane strukturalne zebrane przez więcej niż dekada | Człowiek | Mezoskopowe | MRI strukturalne z różnymi kontrastami, MRI mikrostrukturalne i funkcjonalne MRI | Zdrowy | Nie | ||
Atlas JuBrain | Probabilistyczne cytoarchitektoniczne mapy 3D ludzkiego mózgu | Człowiek | Mezoskopowe | Strukturalny | Zdrowy | Nie | ||
Kymata Atlas | Atlas funkcjonalny ludzkiej kory mózgowej | Człowiek | Makroskopijny | Funkcjonalny | Zdrowy | Nie | ||
Baza danych neuroobrazowania głównych zaburzeń depresyjnych | Metaanaliza i baza danych badań MRI | Człowiek | Makroskopijny | Opisowe, liczbowe | Ciężkie zaburzenie depresyjne | Nie | ||
Atlas genów marmozety | Ekspresja genów w całym mózgu marmozety pospolitej | Marmozeta zwyczajna | Makroskopowy, Gene | Obrazy | Zdrowy | Nie | ||
Biblioteka mózgu myszy | Atlas, poplamione skrawki mózgów myszy | Mysz | Makroskopijny | Obrazy | Zdrowy | Nie | ||
NeuroDane | Zbiory danych wolumetrycznych, atlasy i badania konektomiczne | Wiele | Wieloskalowy | Obrazy (3D, 4D) | Różny | Nie | ||
Neuroelectro.org | Elektrofizjologia neuronów | Człowiek, inni | Neuron | Właściwości i dane elektrofizjologiczne | Zdrowy | Nie | ||
Neuromorpho.org | Modele 3D prawdziwych neuronów | Człowiek, szczur , mysz , małpa , inne | Neuron | Obrazy i dane 3D | Zdrowy | Nie | ||
Neuromorfometria.pl | Ręcznie oznaczone MRI Brain Scans | Człowiek | Makroskopijny | MRI T1 ważone, oznaczone objętości | Zdrowy | Nie | ||
NeuronDB | Baza danych właściwości i klasyfikacji neuronów | Człowiek | Neuron | Opisowy | Zdrowy | Nie | ||
Neuroimaging Tools and Resources Collaboratory (NITRC) | Nagradzana bezpłatna współpraca z ponad 1000 neuroinformatycznych narzędzi programowych, zestawami danych obrazowania i zasobami społeczności, w tym forami i wydarzeniami. | Człowiek, mysz, szczur, inne | Mikroskopowe, makroskopowe | Zbiory danych | Zdrowi i chorzy | Nie | ||
Seria badań obrazowania otwartego dostępu (OASIS) | Obrazy strukturalne MRI | Człowiek | Makroskopijny | Zbiory danych MRI | Zdrowe i choroba Alzheimera | tak | ||
Otwórz projekt połączenia | Baza danych różnych struktur obwodów i zestawów danych neuroobrazowania, w tym zestawów danych wolumetrycznych, atlasów i badań konektomicznych | Człowiek, mysz, nietoperz, danio pręgowany, owad, inne | Wielopoziomowe: regiony mózgu, połączenia, neurony, wzorce ekspresji genów | Obrazy i dane 3D | Zdrowy | Nie | ||
OpenNeuro | Duży i zróżnicowany zbiór surowych danych z różnych badań naukowych rozpowszechnianych na podstawie liberalnych licencji ( CC0 i CC-BY ). Wszystkie zbiory danych są sformatowane zgodnie z tym samym formatem ( Brain Imaging Data Structure ) i są dostępne za pośrednictwem Amazon S3 . | Człowiek | Makroskopijny | Funkcjonalne, strukturalne, dyfuzyjne MRI i zestawy danych magnetoencefalografii | Zdrowe i różne choroby | Nie | ||
Otwórz archiwum MEG (OMEGA) | Magnetoencefalografia , zestawy danych MRI strukturalne i dane demograficzne | Człowiek | Makroskopijny | Zbiory danych MEG, T1 MRI, dane demograficzne | Zdrowe, ADHD , Pourazowe uszkodzenie mózgu | tak | ||
Repozytorium BÓLU | Zestawy danych strukturalnych, dyfuzyjnych i funkcjonalnych MRI | Człowiek | Ludzki makroskopowy | Zbiory danych MRI i metadane | Zdrowe i bólowe warunki | tak | ||
Atlas mózgu świni | Pig Brain Atlas to trójwymiarowy uśredniony mózg i atlas nowonarodzonych prosiąt (Sus scrofa) oparty na MRI. | Świnia (Sus scrofa) | Makroskopijny | MRI strukturalne | Zdrowy | tak | ||
Baza danych typów komórek naczelnych | PrimateDatabase.com, publicznie dostępne archiwum wewnątrzkomórkowych nagrań patch clamp i bardzo szczegółowych trójwymiarowych cyfrowych rekonstrukcji morfologii neuronów. | Naczelne inne niż człowiek i człowiek | Neuron | Elektrofizjologia, morfologia i rekonstrukcje trójwymiarowe | Zdrowy | Nie | ||
SchizConnect | SchizConnect to otwarta, publiczna wirtualna baza danych do wyszukiwania i pobierania obrazów neuroobrazowania schizofrenii (MRI) i powiązanych danych. | Człowiek | Makroskopijny | Zestawy danych MRI strukturalnego, dyfuzyjnego i funkcjonalnego, oceny poznawcze i kliniczne | Schizofrenia (+ rodzeństwo), choroba afektywna dwubiegunowa, kontrola (+ rodzeństwo) | tak | ||
Świątynia EEG Baza danych | Ponad 30 000 klinicznych zapisów EEG i towarzyszących im raportów neurologa | Człowiek | Makroskopijny | EEG | Zdrowe i różne choroby | tak | ||
Zestaw danych rezonansu magnetycznego całego mózgu o ultrawysokiej rozdzielczości T1-ważonych | Dane MR T1 ważone uzyskane przy użyciu prospektywnej korekcji ruchu w ultrawysokiej rozdzielczości izotropowej 250 µm. | Człowiek | Mezoskopowe | Zestaw danych MRI strukturalnego, w tym dane surowe do przetworzonych skanera | Zdrowy | Nie | ||
UNC-Wisconsin Neurodevelopment Baza danych Rhesus MRI | Obrazy MRI strukturalne i dyfuzyjne w przestrzeni natywnej i Atlas Space | Makak | Makroskopijny | Zbiory danych MRI | Zdrowy | Nie | ||
Atlas całego mózgu | Atlas, strukturalne obrazy MRI i obrazy PET | Człowiek | Makroskopijny | Obrazy | Zdrowe i różne choroby | Nie | ||
NeuroVault | Bezprogowe mapy statystyczne z badań MRI i PET. | Człowiek | Makroskopijny | Obrazy | Zdrowe i różne choroby | Nie |
Bazy danych neuronaukowych baz danych
Nazwa | Opis | Organizm | Poziom (gen, neuron, makroskopowy) | Dane (MRI, fMRI, obrazy, opisowe, numeryczne) | Nieład | Zarejestruj się, aby wyświetlić dane? | Nr ref. |
---|---|---|---|---|---|---|---|
Ramy informacyjne neuronauki | Metabaza danych istotnych dla neuronauki obejmująca ponad 100 baz danych. | Człowiek, mysz, szczur, robak | Mikroskopowe, makroskopowe | Zbiory danych | Zdrowi i chorzy | Nie |
Agregatory artykułów o neuronauce
Kanał neuronauki w RightRelevance.