Synergistyki - Synergistetes

W Synergistetes to docenione Phylum beztlenowych bakterii wykazują Gram-ujemne barwienie i mają kształt pręta / vibrioid komórek. Chociaż Synergistetes mają dermową otoczkę komórkową, geny różnych białek zaangażowanych w biosyntezę lipopolisacharydów nie zostały jeszcze wykryte w Synergistetes, co wskazuje, że mogą mieć nietypową zewnętrzną otoczkę komórkową. Synergistety zamieszkują większość środowisk beztlenowych, w tym przewody pokarmowe zwierząt, glebę, szyby naftowe i oczyszczalnie ścieków , a także są obecne w miejscach występowania chorób ludzkich, takich jak torbiele, ropnie i obszary chorób przyzębia . Ze względu na obecność w miejscach związanych z chorobą sugeruje się, że Synergistetes są patogenami oportunistycznymi, ale można je również znaleźć u zdrowych osobników w mikrobiomie pępowiny i normalnej florze pochwy . Gatunki z tej grupy są również zaangażowane w choroby przyzębia , infekcje żołądkowo-jelitowe i infekcje tkanek miękkich. Inne gatunki z tego typu zostały zidentyfikowane jako znaczące czynniki degradacji osadów do produkcji biogazu w beztlenowych komorach fermentacyjnych i są potencjalnymi kandydatami do wykorzystania w produkcji energii odnawialnej poprzez wytwarzanie gazowego wodoru. Wszystkie znane gatunki i rodzaje Synergistetes należą obecnie do jednej klasy (Synergistia), rzędu (Synergistiales) i rodziny (Synergistaceae).

Genomika porównawcza i sygnatury molekularne

Niedawne analizy porównawcze zsekwencjonowanych genomów Synergistetes doprowadziły do ​​identyfikacji dużej liczby konserwatywnych indeksów sygnatur (CSI) w sekwencjach białek, które są specyficzne dla wszystkich zsekwencjonowanych gatunków Synergistetes lub niektórych ich podkladów obserwowanych w drzewach filogenetycznych . Spośród zidentyfikowanych CSI 32 w szeroko rozpowszechnionych białkach, takich jak RpoB, RpoC, UvrD, GyrA, PolA, PolC, MraW, NadD, PyrE, RpsA, RpsH, FtsA, RadA itp., w tym duża wstawka >300 aminokwasów w białku RpoC są obecne w różnych gatunkach Synergistetes, ale z wyjątkiem izolowanych bakterii, te CSI nie występują w homologach białkowych wszystkich innych organizmów. Te CSI dostarczają nowych markerów molekularnych do odróżniania gatunków Synergistetes od wszystkich innych bakterii. Siedmioro innych CSI w ważnych białek, w tym 13-aminokwasowy rpoB okazały się być wyjątkowo obecny w Jonquetella , Pyramidobacter i Dethiosulfovibrio gatunków wskazujących końca i konkretny związek między tymi bakteriami, które jest również wysoce obsługiwany przez drzewa filogenetycznego. Piętnaście dodanie CSI, że obecne były tylko Jonquetella i Pyramidobacter wskazują na ścisły związek między tymi dwoma gatunkami. Wreszcie bliski związek między gatunkami Aminomonas i Thermanaerovibrio jest również potwierdzony przez 9 zidentyfikowanych CSI. Zidentyfikowane markery molekularne dostarczają wiarygodnych środków do podziału gatunków z gromady Synergistetes na pośrednie szeregi taksonomiczne, takie jak rodziny i rzędy.

Filogeneza

Filogeneza oparta na pracach All-Species Living Tree Project .

Taksonomia

Obecnie przyjęta taksonomia opiera się na Liście nazw prokariotycznych z Standing in Nomenclature (LSPN) oraz National Center for Biotechnology Information (NCBI).

• Subphylum Synergistetes Jumas-Bilak et al. 2009 [Synergistaeota Oren i in. 2015 [Aminanaerobia Hugenholtz ]
  • Klasa Synergistia Jumas-Bilak i in. 2009
    • Zamów Synergistales Jumas-Bilak et al. 2009
      • Rodzina Synergistaceae Jumas-Bilak i in. 2009 [Rodzina Clostridiales XV]
        • Rodzaj Acetomicrobium Soutschek et al. 1985
          • Gatunek Acetomicrobium flavidum Soutschek et al. 1985
        • Rodzaj Aminiphilus Diaz et al. 2007
          • Gatunek Aminiphilus circumscriptus Díaz et al. 2007
        • Rodzaj Aminivibrio Honda et al. 2013
          • Gatunek Aminivibrio pyruvatiphilus Honda et al. 2013
        • Rodzaj Aminobacterium Baena i in. 1999
          • Gatunek A. colombiense Baena i in. 1999 (typ sp.)
          • Gatunek A. mobile Baena et al. 2000
          • Gatunek A. thunnarium Hamdi et al. 2015
        • Rodzaj Aminomonas Baena i in. 1999
          • Gatunek Aminomonas paucivorans Baena et al. 1999
        • Rodzaj Anaerobaculum Rees i in. 1997 poprawka. Maune & Tanner 2012
          • Gatunek A. hydrogeniformans Maune i Tanner 2012
          • Gatunek A. mobile Menes i Muxí 2002
          • Gatunek A. thermoterrenum Rees et al. 1997 (typ sp.)
        • Rodzaj Candidatus Tammella Hongoh i in. 2007
          • Gatunek Candidatus Tammella caduceiae Hongoh et al. 2007
        • Rodzaj Cloacibacillus Ganesan i in. 2008 poprawka. Looft i in. 2013
          • Gatunek Cloacibacillus evryensis Ganesan et al. 2008
          • Gatunek Cloacibacillus porcorum Looft et al. 2013
        • Rodzaj Dethiosulfovibrio Magot et al. 1997
          • Gatunek D. salsuginis Díaz-Cárdenas et al. 2010
          • Gatunek D. peptidovorans Magot et al. 1997 (typ sp.)
          • Gatunek D. acidaminovorans Surkov et al. 2001
          • Gatunek D. marinus Surkov et al. 2001
          • Gatunek D. russensis Surkov et al. 2001
        • Rodzaj Fretibacterium Vartoukian i in. 2013
          • Gatunek Fretibacterium fastidiosum Vartoukian et al. 2013
        • Rodzaj Jonquetella Jumas -Bilak i in. 2007
          • Gatunek Jonquetella anthropi Jumas -Bilak et al. 2007
        • Rodzaj Lactivibrio Qiu i in. 2014
          • Gatunek Lactivibrio alcoholicus Qiu et al. 2014
        • Rodzaj Pyramidobacter Downes i in. 2009
          • Gatunek Pyramidobacter piscolens Downes i in. 2009
        • Rodzaj Synergistes Allison et al. 1993
          • Gatunek Synergistes jonesii Allison et al. 1993
        • Rodzaj Thermanaerovibrio Baena i in. 1999 poprawka. Palaniappan i in. 2013
          • Gatunek T. acidaminovorans (Guangsheng et al. 1997) Baena et al. 1999 [ Selenomonas acidaminovorans Guangsheng et al. 1997 ](typ sp.)
          • Gatunek T. velox Zavarzina et al. 2000
        • Rodzaj Thermovirga Dahle i Birkeland 2006
          • Gatunek Thermovirga lienii Dahle i Birkeland 2006

Uwagi:
♠ Szczep znaleziony w National Center for Biotechnology Information (NCBI), ale nie wymieniony w Liście nazw prokariotycznych ze statusem w nomenklaturze (LPSN)

Bibliografia