Werrukomikrobia - Verrucomicrobia

Werrukomikrobia
Transmisyjna mikroskopia elektronowa epiksenosomów II stopnia.
Klasyfikacja naukowa
Domena:	Bakteria
Gromada:	Verrucomicrobia Hedlund 2012
Klasy
" Candidatus Epixenosoma " ♠ „ Lentimon ” „ Metylokwas ” ♠ „ Metylokwas dimikrobu ” ♠ „ Methylacidiphilales ” ♠ „ Spartobakterie ” Opitutae Verrucomicrobiae
Synonimy
Verrucomicrobaeota Oren i in. 2015

Verrucomicrobia to typ bakterii Gram-ujemnych, który zawiera tylko kilka opisanych gatunków. Zidentyfikowane gatunki zostały wyizolowane ze środowisk słodkowodnych , morskich i glebowych oraz z ludzkich odchodów . Wiele gatunków, jeszcze nie zostały zidentyfikowane nieuprawnych w związku z komórek eukariotycznych, w tym extrusive wybuchowych ectosymbionts na pierwotniaki i endosymbiont z nicieni przebywających w ich gamet .

W środowisku występuje dużo brodawek brodawkowatych, choć stosunkowo nieaktywnych. Uważa się, że ten typ ma dwie siostrzane typy : Chlamydiae i Lentisphaerae w grupie PVC . Typ Verrucomicrobia można odróżnić od sąsiednich typów w grupie PVC dzięki obecności kilku konserwatywnych wskaźników sygnatur (CSI). Te CSI reprezentują unikalne, synapomorficzne cechy, które sugerują wspólne pochodzenie w Verrucomicrobia i niezależny rodowód wśród innych bakterii. Odkryto również CSI , które są wspólne dla Verrucomicrobia i Chlamydiae wyłącznie ze wszystkich innych bakterii. Te CSI dostarczają dowodów na to, że Chlamydiae są najbliżej spokrewnione z Verrucomicrobia i że są ze sobą bliżej spokrewnione niż z Planctomycetales .

Verrucomicrobia może należeć do kladu Planctobacteria do większego kladu Gracilicutes .

W 2008 roku cały genom z Methylacidiphilum infernorum (2,3 Mbp ) został opublikowany. Na pojedynczym kolistym chromosomie znaleziono 2473 przewidywanych białek, z których 731 nie miało wykrywalnych homologów. Analizy te ujawniły również wiele możliwych homologii z Proteobacteria .

Filogeneza

Filogeneza oparta na pracach All-Species Living Tree Project .

Taksonomia

Obecnie przyjęta taksonomia opiera się na Liście nazw prokariotycznych z Standing in Nomenclature (LSPN) oraz National Center for Biotechnology Information (NCBI).

• Phylum Verrucomicrobia Hedlund 2012 [Verrucomicrobaeota Oren et al. 2015 ]
  • Rodzaj „ Candidatus Epixenosoma ” ♠ Bauer et al. 2005
    • Gatunek „ Candidatus Epixenosoma ejectans ” ♠ Bauer et al. 2005
  • Rodzaj ? Lentimonas ♠ Choo & Cho 2006
    • Gatunek „ Lentimonas marisflavi ” ♠ Choo & Cho 2006
  • Rodzaj? „ Methyloacida ” – Islam i in. 2008
  • Rodzaj „ Methylacidimicrobium ” – van Teeseling et al. 2014
    • Gatunek „ M. cyclopophantes ” van Teeseling et al. 2014
    • Gatunek „ M. fagopyrum ” van Teeseling et al. 2014
    • Gatunek " M. tartarophylax " van Teeseling et al. 2014
  • Zamów „ Methylacidiphilales ” ♠ Op den Camp 2009
    • Rodzina „ Methylacidiphilaceae ” ♠ Op den Camp 2009
      • Rodzaj „ Methylacidiphilum ” Hou i in. 2008 poprawka. Op den Camp i in. 2009
        • Gatunek „ M. fumariolicum ” (Pol et al. 2007) Op den Camp et al. 2009
        • Gatunek „ M. infernorum ” (Dunfield et al. 2007) Hou et al. 2008
        • Gatunek „ M. kamchatkense ” Islam et al. 2008
  • Klasa „ Spartobakterie ” Sangwan et al. 2004
    • Rodzaj „ Candidatus Xiphinematobacter ” ♠ Vandekerckhove et al. 2000
      • Gatunek " Ca. X. americani " ♠ Vandekerckhove et al. 2000
      • Gatunek „ Ca. X. brevicolli ” ♠ Vandekerckhove et al. 2000
      • Gatunek „ Ca. X. rivesi ” ♠ Vandekerckhove et al. 2000
    • Zamów „ Chthoniobacterales ” Sangwan et al. 2004
      • Rodzina „ Chthoniobacteraceae ” Sangwan et al. 2004
        • Rodzaj „ Chthoniobacter ” Sangwan et al. 2004
          • Gatunek „ Chthoniobacter flavus ” Sangwan et al. 2004
  • Klasa Opitutae Choo i in. 2007
    • Zamów Opitutales Choo et al. 2007
      • Rodzina Opitutaceae Choo et al. 2007
        • Rodzaj „ Diplosphaera ” ♠ Wertz et al. 2012 poza Białosuknią 1909
          • Gatunek „ Diplosphaera colitermitum ” Wertz et al. 2012
        • Rodzaj Alterococcus Shieh i Jean 1999
          • Gatunek Alterococcus agarolyticus Shieh i Jean 1999
        • Rodzaj Opitutus Chin i in. 2001
          • Gatunek Opitutus terrae Chin et al. 2001
        • Rodzaj Cephaloticoccus Lin i in. 2016
          • Gatunek C. capnophilus Lin i in. 2016
          • Gatunek C. primus Lin i in. 2016
    • Zamów Puniceicoccales Choo et al. 2007
      • Rodzina Puniceicoccaceae Choo et al. 2007
        • Rodzaj Cerasicoccus Yoon et al. 2007
          • Gatunek C. arenae Yoon et al. 2007 (typ sp.)
          • Gatunek „ C. frondis ” Yoon et al. 2010
          • Gatunek „ C. maritimus ” Yoon et al. 2010
        • Rodzaj Coraliomargarita Yoon i in. 2007
          • Gatunek Coraliomargarita akajimensis Yoon et al. 2007
        • Rodzaj Pelagicoccus Yoon et al. 2007
          • Gatunek P. albus Yoon et al. 2007
          • Gatunek P. croceus Yoon et al. 2007
          • Gatunek P. litoralis Yoon et al. 2007
          • Gatunek P. mobilis Yoon et al. 2007 (typ sp.)
        • Rodzaj Puniceicoccus Choo et al. 2007
          • Gatunek Puniceicoccus vermicola Choo et al. 2007
  • Klasa Verrucomicrobiae Hedlund et al. 1998 poprawka. Yoon i in. 2008
    • Zamów Verrucomicrobiales Ward-Rainey et al. 1996 poprawka. Yoon i in. 2008
      • Rodzina Verrucomicrobia podrejon 3 [Pedosphaeraceae]
        • Rodzaj " Pedosphaera " ♠ Ozyurt 2008
          • Gatunek " Pedosphaera parvula " ♠ Ozyurt 2008
        • Rodzaj Limisphaera ngatamarikiensis Anders et al. 2015
          • Gatunek Limisphaera ngatamarikiensis Anders et al. 2015
      • Rodzina Akkermansiaceae Hedlund i Derrien 2012
        • Rodzaj Akkermansia Derrien i in. 2004
          • Gatunek Akkermansia muciniphila Derrien et al. 2004
      • Rodzina Rubritaleaceae Hedlund 2012
        • Rodzaj Rubritalea Scheuermayer i in. 2006
          • Gatunek R. halochordaticola Yoon et al. 2011
          • Gatunek R. marina Scheuermayer et al. 2006 (typ sp.)
          • Gatunek R. sabuli Yoon et al. 2008
          • Gatunek R. spongiae Yoon et al. 2007
          • Gatunek R. squalenifaciens Kasai et al. 2007
          • Gatunek R. tangerina Yoon et al. 2007
      • Rodzina Verrucomicrobiaceae Ward-Rainey et al. 1996 poprawka. Takeda i in. 2008
        • Rodzaj ? Fucophilus ♠ Sakai et al. 2001b
          • Gatunek Fucophilus fucoidanolyticus ♠ Sakai et al. 2001b
        • Rodzaj Brevifollis Otsuka i in. 2013
          • Gatunek Brevifollis gellanilyticus Otsuka et al. 2013
        • Rodzaj Haloferula Yoon i in. 2008 poprawka. Bibi i in. 2011
          • Gatunek H. chungangensis Kang et al. 2013
          • Gatunek H. harenae Yoon et al. 2008
          • Gatunek H. helveola Yoon et al. 2008
          • Gatunek H. luteola Bibi et al. 2011
          • Gatunek H. phyci Yoon et al. 2008
          • Gatunek H. rosea Yoon et al. 2008 (typ sp.)
          • Gatunek H. sargassicola Yoon et al. 2008
        • Rodzaj Persicirhabdus Yoon i in. 2008
          • Gatunek Persicirhabdus sediminis Yoon et al. 2008
        • Rodzaj Luteolibacter Yoon i in. 2008
          • Gatunek L. algi Yoon et al. 2008
          • Gatunek L. cuticulihirudinis Glaeser et al. 2012
          • Gatunek L. luojiensis Jiang et al. 2012
          • Gatunek L. pohnpeiensis Yoon et al. 2008 (typ sp.)
          • Gatunek L. yonseiensis Park et al. 2013
        • Rodzaj Roseibacillus Yoon i in. 2008
          • Gatunek R. persicicus Yoon et al. 2008
          • Gatunek R. ishigakijimensis Yoon et al. 2008 (typ sp.)
          • Gatunek R. ponti Yoon et al. 2008
        • Rodzaj Roseimicrobium Otsuka i in. 2013
          • Gatunek Roseimicrobium gellanilyticum Otsuka et al. 2013
        • Rodzaj Prosthecobacter (z Staley et al. 1976) Staley et al. 1980 poprawka. Takeda i in. 2008
          • Gatunek P. algi Lee et al. 2014
          • Gatunek P. dejongeii Hedlund et al. 1998
          • Gatunek P. debontii Hedlund et al. 1998
          • Gatunek P. fluviatilis Takeda i in. 2008
          • Gatunek P. fusiformis (z Staley et al. 1976) Staley et al. 1980 (typ sp.)
          • Gatunek P. vanneervenii Hedlund et al. 1998
        • Rodzaj Terrimicrobium Qiu i in. 2014
          • Gatunek Terrimicrobium sacchariphilum Qiu et al. 2014
        • Rodzaj Verrucomicrobium Schlesner 1988
          • Gatunek Verrucomicrobium spinosum Schlesner 1988

Uwagi:
♠ Szczep znaleziony w Narodowym Centrum Informacji Biotechnologicznej (NCBI), ale nie ma podstaw do Kodeksu Bakteriologicznego (1990 i późniejsze zmiany), jak wyszczególniono w Wykazie nazw prokariotycznych ze statusem w nomenklaturze (LPSN) z następujących powodów :

Bibliografia