Negatywne - Negativicutes

Negativice
Klasyfikacja naukowa mi
Domena: Bakteria
Gromada: Firmicutes
Klasa: Negativicutes
Marchandin i in. 2010
Zamówienia i rodziny

W Negativicutes to klasa o bakterii w gromady Firmicutes , której członkowie mają ściany komórkowej specyficzny z lipopolisacharydem zewnętrznej membrany, która zabarwia gram-ujemnych , w przeciwieństwie do większości innych członków Firmicutes . Chociaż kilka sąsiednich Clostridia gatunków (firmicutes bakterie) plama również bakterii Gram-ujemnych, że białka są odpowiedzialne za specyficznej konstrukcji diderm z Negativicutes może rzeczywiście poprzecznie nabyte od Proteobacteria . Wymagane są dodatkowe badania, aby potwierdzić pochodzenie otoczki komórek dermy u Negativicutes.

Większość członków tej klasy to bezwzględne beztlenowce , które występują w środowiskach takich jak rzeki, jeziora i jelita kręgowców. Wahają się od form kulistych, takich jak Megasphaera i Veillonella , do zakrzywionych pręcików, charakterystycznych dla selenomonad . Selenomonas ma charakterystyczny kształt półksiężyca, z wiciami umieszczonymi po stronie wklęsłej, natomiast Sporomusa jest podobna, ale nieruchoma. Ich nazwy nawiązują do tej charakterystycznej morfologii: selene oznacza księżyc, a musa oznacza banan .

Taksonomia

Klasa składa się obecnie z 32 ważnie nazwanych rodzajów w trzech rzędach i czterech rodzinach. Każdy z rzędów Veillonellales i Acidaminococcales zawiera jedną rodzinę, odpowiednio Veillonellaceae i Acidaminococcaceae , podczas gdy rząd Selenomonadales zawiera dwie rodziny, Selenomonadaceae i Sporomusaceae.

Podpisy molekularne

Historycznie, Negativicutes składało się z jednego rzędu, Selenomonadales i dwóch rodzin, Veillonellaceae i Acidaminococcaceae w oparciu o podobieństwo sekwencji genów 16S rRNA. Jednak te ugrupowania nie obejmowały kilku członków w Negativicutes, które rozgałęziły się poza dwie rodziny. Obecny pogląd taksonomiczny obejmuje tych członków, którzy zostali ważnie przypisani do rodzin Selenomonadaceae i Sporomusaceae w ramach poprawionego rzędu Selenomonadales. Markery molekularne w postaci konserwatywnych indeli sygnatur (CSI) i białek (CSP) uzasadniają obecne podziały taksonomiczne. Te markery molekularne znajdują się na każdym poziomie taksonomicznym, a ich rozmieszczenie jest zgodne z obserwowanymi rozgałęzieniami filogenetycznymi.

Wiele prac sugeruje, że Negativicutes należy przeklasyfikować jako rząd w obrębie klasy Clostridia , w oparciu o bliskie rozgałęzienia filogenetyczne oraz obserwację, że tworzące zarodniki członkowie Negativicutes mają podobne geny zarodnikujące jak Clostridia, i że oba barwią gram- negatywny. Jednak heterogeniczność członków w Negativicutes, jak również rozkład sygnatur molekularnych, wspiera pogląd, że Negativicutes są w rzeczywistości niezależną klasą w Firmicutes, z Clostridia jako ich najbliższymi filogenetycznymi sąsiadami. Ponadto stwierdzono, że kilka CSI i CSP jest w unikalny sposób wspólnych dla wszystkich Negativicute, podczas gdy żaden CSI nie był wspólny dla Negativicute i Clostridia .

Filogeneza

Obecnie przyjęta taksonomia opiera się na Liście nazw prokariotycznych z Standing in Nomenclature (LPSN) i National Center for Biotechnology Information (NCBI)

 
Acidaminococcaceae
 

Succinispira mobilis Janssen i O'Farrell 1999

 
 
 

Acidaminococcus Rogosa 1969 emend. Jumas-Bilak i in. 2007

 
 
 

Phascolarctobacterium faecium Del Dot et al. 1994 (typ sp.)

 
 

Phascolarctobacterium succinatutens Watanabe et al. 2012

 
 

Succiniclasticum ruminis van Gylswyk 1995

 
 
 
 
Veillonellaceae
 

? Anaerospora hongkongensis ♠ Woo et al. 2005

 
 

? Desulfosporomusa polytropa ♠ Sass i in. 2004

 
 

? Psychrosinus fermentans pik Sattley i in. 2008

 
 

? Quinella ovalis ♪ Krumholz et al. 1993 (Owal Quina)

 
 

? Sporotalea colonica ♠ Ezaki et al. 2008

 
 

Sporomusa Möller i in. 1985

 
 
 
 
 

Sporolituus thermophilus Ogg i Patel 2009

 
 

Thermosinus carboxydivorans Sokolova et al. 2004

 
 
 
 

Veillonella Prévot 1933 emend. Mays i in. 1982

 
 
 

Megasphaera [w tym. Anaeroglobus geminatus ]

 
 
 

Negativicoccus succinicivorans Marchandin et al. 2010

 
 

Dialister [w tym. Allisonella histamiminiformans ]

 
 
 
 
 
 
 

Anaeromusa acidaminophila Baena i in. 1999

 
 

Anaeroarcus burkinensis (Ouattara i in. 1992) Strömpl i in. 1999

 
 
 
 
 

Acetonema longum Kane i Breznak 1992

 
 

Pelosinus Shelobolina i in. 2007

 
 
 
 

Propionispora Biebl i in. 2001

 
 
 

Dendrosporobacter quercicolus (Stankewich i in. 1971) Strömpl i in. 2000

 
 
 

Anaerosinus glycerini (Schauder i Schink 1996) Strömpl et al. 1999

 
 
 
 

Propionispira arboris Schink et al. 1983

 
 

Zymophilus Schleifer i in. 1990

 
 
 
 
 

Megamonas Shah i Collins 1983

 
 

Pectinatus Lee i in. 1978 poprawka. Juvonen i Suihko 2006

 
 
 
 

Anaerovibrio lipolyticus Hungate 1966

 
 

Selenomony [m.in. Schwartzia succinivorans , Centipeda periodontii & Mitsuokella ]

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Uwagi:
♠ Szczepy znalezione w National Center for Biotechnology Information (NCBI), ale niewymienione w Liście nazw prokariotycznych ze statusem w nomenklaturze (LPSN)
♪ Prokariota, w których nie są izolowane lub dostępne żadne czyste ( aksenowe ) kultury, tj. nie są hodowane lub nie można utrzymać w kulturze dłużej niż kilka seryjnych pasaży

Bibliografia