Szwajcarski Instytut Bioinformatyki - Swiss Institute of Bioinformatics
 | |
| Skrót | SIB |
|---|---|
| Tworzenie | 30 marca 1998 |
| Rodzaj | akademicka fundacja non-profit |
| Siedziba | SIB Swiss Institute of Bioinformatics Quartier Sorge Batiment Amfipole 1015 Lozanna Szwajcaria |
Region |
Szwajcaria |
Wspólny Dyrektor Wykonawczy |
Christine Durinx i Ron Appel |
| Stronie internetowej | rodzeństwo |
SIB Szwajcarski Instytut Bioinformatyki jest akademicki not-for-profit, fundacja , która dokona stowarzyszenia bioinformatyki działalność w całej Szwajcarii .
Instytut powstał 30 marca 1998 r., a jego misją jest dostarczanie podstawowych zasobów bioinformatycznych krajowej i międzynarodowej społeczności badawczej nauk przyrodniczych w dziedzinach takich jak genomika , proteomika i biologia systemów, a także prowadzenie i koordynacja dziedziny bioinformatyki w Szwajcarii. W szczególności promuje badania, rozwija banki danych i technologie komputerowe oraz prowadzi działalność dydaktyczną i usługową.
Historia
Instytut został pierwotnie utworzony w celu zapewnienia ram stabilnego długoterminowego finansowania zarówno bazy danych Swiss-Prot, jak i szwajcarskiego węzła EMBnet . W szczególności Swiss-Prot przeszło poważny kryzys finansowy w 1996 r., który skłonił liderów pięciu grup badawczych działających w dziedzinie bioinformatyki w Genewie i Lozannie , Ron Appel , Amos Bairoch , Philipp Bucher, Victor Jongeneel i Manuel Peitsch, do stworzenia SIB. Po utworzeniu instytut mógłby następnie ubiegać się o finansowanie na mocy szwajcarskiego prawa, które pozwala rządowi sfinansować do 50% wydatków na kluczowe infrastruktury badawcze i dydaktyczne.
Pierwszym dyrektorem instytutu był Victor Jongeneel, a następnie Ernest Feytmans od 2001 roku do września 2007 roku. Od 1 października 2007 roku do lipca 2018 roku instytutem kierował Ron Appel , jeden z jego członków założycieli. Od lipca 2018 r. SIB jest kierowany przez Christine Durinx i Rona Appela, jako Dyrektorów Wspólnych.
Organizacja
Szwajcarski Instytut Bioinformatyki SIB jest federacją grup badawczych z afiliowanymi bioinformatykami w 21 instytucjach partnerskich SIB, w tym na uniwersytetach w Bazylei , Bernie , Fryburgu , Genewie , Lozannie , Lugano i Zurychu , Federalnych Instytutach Technologii w Lozannie i Zurychu . Instytut Badań Biomedycznych im. Friedricha Mieschera, Instytut Badań Onkologicznych w Bellinzonie oraz Geneva School of Business Administration (HEG). Obecne grupy badawcze w SIB znajdują się w Bazylei , Bernie , Fryburgu , Genewie , Lozannie , Lugano , Zurychu , Yverdon , Wädenswil , Bellinzonie i Davos .
Dokona stowarzyszenia SIB ponad 70 badań, grupy usług i infrastruktury, gromadząc ponad 700 naukowców w dziedzinach tak różnych jak proteomiki , transkryptomika , genomiki , biologii systemowej , bioinformatyki strukturalnej , ewolucyjnych bioinformatyki , modelowania, obrazowanie, biofizyki , genetyki populacyjnej i bioinformatyki klinicznych. SIB organizuje coroczne międzynarodowe spotkanie naukowe, [BC]2 Basel Computational Biology Conference .
Zasoby bioinformatyczne
Instytut oferuje szeroką gamę zasobów dla społeczności naukowej zajmującej się naukami przyrodniczymi, z których większość jest otwarta i dostępna za pośrednictwem Expasy , portalu zasobów bioinformatycznych SIB. Zawierają:
Bazy danych
SIB opracowuje i utrzymuje bazy danych o międzynarodowej renomie , w tym UniProtKB/Swiss-Prot (wyselekcjonowana baza danych sekwencji białek zapewniająca wysoki poziom adnotacji), neXtProt (platforma wiedzy o białkach zorientowanych na człowieka), SWISS-MODEL Repository (trójwymiarowe modele struktury białek) , STRING (sieci interakcji białek dla biologii systemów), SwissRegulon (sieci regulacji transkrypcji całego genomu), baza danych promotorów eukariotycznych ( EPD ), SWISS-2DPAGE (baza żeli 2D), repozytorium WORLD-2DPAGE (repozytorium żelowe 2D), PROSITE (białko rodziny i domeny), MyHits (sekwencje i motywy białek), Bgee (baza danych do wyszukiwania i porównywania wzorców ekspresji genów między gatunkami zwierząt), OpenFlu (baza danych dla ludzkich i zwierzęcych wirusów grypy), ViralZone (portal do wirusowych wpisów UniProtKB), GlycoSuiteDB ( baza glikanów), SugarBindDB (Pathogen Sugar-Binding Database), OrthoDB (hierarchiczny katalog ortologów eukariotycznych), miROrtho (katalog zwierzęcych genów mikroRNA), ImmunoDB (geny i rodziny genów związane z odpornością owadów) oraz Cellosaurus (źródło wiedzy na temat linii komórkowych).
Narzędzia programowe
SIB opracowuje i dostarcza oprogramowanie dla światowej społeczności badawczej nauk przyrodniczych, takie jak SWISS-MODEL (modelowanie homologii struktury białek), SwissDrugDesign (wspomagane komputerowo projektowanie leków), Melanie ( platforma do analizy żelowej 2D ), MSight ( obrazowanie i analiza LC-MS oprogramowania ), OMA (Orthology Matrix), V-pipe (potok genomiki wirusowej), DeepView/Swiss-PdbViewer (wizualizacja białek, modelowanie i analiza) oraz narzędzia Newick (wysokoprzepustowe przetwarzanie drzew filogenetycznych).
Podstawowe obiekty
SIB zarządza kilkoma podstawowymi obiektami bioinformatycznymi, które zapewniają wsparcie informatyczne i statystyczne, a także usługi i porady naukowcom zajmującym się naukami przyrodniczymi, umożliwiając im w ten sposób prowadzenie projektów badawczych i analizę uzyskanych danych. Stworzono podstawowe obiekty do badań genomicznych, transkryptomicznych i proteomicznych. SIB utrzymuje również centrum obliczeniowe Vital-IT High Performance Computing Center, które zapewnia zasoby obliczeniowe, wsparcie rozwoju i doradztwo dla szwajcarskiej społeczności nauk przyrodniczych, zarówno w środowisku akademickim, jak i przemysłowym. Infrastruktura Vital-IT jest dystrybuowana do trzech lokalizacji: Uniwersytetu w Lozannie , EPFL i Uniwersytetu Genewskiego . Zasoby obliczeniowe i ekspertyza bioinformatyczna są również dostępne w obszarze Bazylei dzięki sciCORE , Bazylejskiemu Centrum Biologii Obliczeniowej.
Edukacja i trening
Jednym z priorytetów SIB jest promocja i koordynacja edukacji w zakresie bioinformatyki. Członkowie SIB są bezpośrednio lub pośrednio zaangażowani w szereg kursów bioinformatycznych na wszystkich poziomach edukacji – od szkół średnich po studia licencjackie i magisterskie – a także w specjalistyczne szkolenia dla naukowców zajmujących się naukami przyrodniczymi. SIB promuje również PhD Training Network w bioinformatyce, która jest otwarta dla absolwentów szwajcarskich szkół wyższych. Cele tej sieci są dwojakie:
- Aby zaoferować absolwentom bioinformatyki zestaw najnowocześniejszych kursów, które zapewniają zarówno teoretyczną, jak i praktyczną wiedzę niezbędną do pracy nad udanym projektem badawczym doktora w dziedzinie bioinformatyki.
- Wspieranie rozwoju sieci doktorantów i promowanie wymiany pomysłów, a także mobilności studentów między uczestniczącymi instytucjami.
Popularna nauka
SIB jest również zaangażowana w udostępnianie bioinformatyki laikowi. Zrozumienie rosnącego znaczenia, jakie ta stosunkowo nowa nauka ma w dzisiejszym społeczeństwie, staje się fundamentalne. Rzeczywiście, w niedalekiej przyszłości pacjenci będą odwoływać się do wyników bezpośrednio generowanych przez metody bioinformatyczne. Od 2000 roku, w celu podniesienia świadomości społecznej, SIB brała udział w licznych targach naukowych, stworzyła dwa magazyny internetowe, wystawę plenerową, aw 2012 roku wystawę wirtualną.