DAPI - DAPI
|
|
|
|
| Nazwy | |
|---|---|
|
Nazwa IUPAC
2- (4-amidynofenylo) -1 H -indolo-6-karboksyamidyna
|
|
| Inne nazwy
4 ', 6-diamidyno-2-fenyloindol
|
|
| Identyfikatory | |
|
Model 3D ( JSmol )
|
|
| ChEBI | |
| ChEMBL | |
| ChemSpider | |
|
PubChem CID
|
|
|
Pulpit nawigacyjny CompTox ( EPA )
|
|
|
|
|
|
| Nieruchomości | |
| C 16 H 15 N 5 | |
| Masa cząsteczkowa | 277,331 g · mol −1 |
|
O ile nie zaznaczono inaczej, dane podano dla materiałów w ich stanie standardowym (przy 25 ° C [77 ° F], 100 kPa). |
|
 zweryfikować ( co to jest ?)
  |
|
| Referencje Infobox | |
DAPI (wym 'Dappy' / dæpiː /) lub 4 ', 6-diamidyno-2-fenyloindol , jest fluorescencyjny plam , że wiąże się silnie do adeniny - tymina bogaty w obszary, w DNA . Jest szeroko stosowany w mikroskopii fluorescencyjnej . Ponieważ DAPI może przechodzić przez nienaruszoną błonę komórkową , może być stosowany do barwienia zarówno żywych, jak i utrwalonych komórek, chociaż w żywych komórkach przechodzi przez błonę mniej wydajnie, a zatem zapewnia marker żywotności błony.
Historia
DAPI został po raz pierwszy zsyntetyzowany w 1971 roku w laboratorium Otto Danna w ramach poszukiwań leków na trypanosomatozę . Chociaż jako lek okazał się nieskuteczny, dalsze badania wykazały, że wiąże się on silnie z DNA i staje się bardziej fluorescencyjny po związaniu. Doprowadziło to do jego zastosowania w identyfikacji mitochondrialnego DNA w ultrawirowaniu w 1975 r., Pierwszym odnotowanym zastosowaniu DAPI jako fluorescencyjnego barwienia DNA.
Silna fluorescencja po związaniu z DNA doprowadziła do szybkiego przyjęcia DAPI do barwienia fluorescencyjnego DNA do mikroskopii fluorescencyjnej . Jego zastosowanie do wykrywania DNA w komórkach roślin , metazoa i bakteriach oraz cząsteczkach wirusów zostało zademonstrowane pod koniec lat 70. XX wieku, a ilościowe barwienie DNA wewnątrz komórek zostało zademonstrowane w 1977 roku. W tym czasie zademonstrowano również użycie DAPI jako barwienia DNA w cytometrii przepływowej. .
Właściwości fluorescencyjne
Po związaniu z dwuniciowym DNA, DAPI ma maksimum absorpcji przy długości fali 358 nm ( ultrafiolet ), a maksimum emisji wynosi 461 nm (niebieski). Dlatego w mikroskopii fluorescencyjnej DAPI jest wzbudzany światłem ultrafioletowym i jest wykrywany przez filtr niebiesko-cyjanowy. Szczyt emisji jest dość szeroki. DAPI będzie również wiązać się z RNA , chociaż nie jest tak silnie fluorescencyjny. Jego emisja przesuwa się do około 500 nm po związaniu z RNA.
Niebieska emisja DAPI jest wygodna dla mikroskopów, którzy chcą użyć wielu barwników fluorescencyjnych w jednej próbce. Istnieje pewne nakładanie się fluorescencji między DAPI i cząsteczkami zielonej fluorescencji, takimi jak fluoresceina i białko zielonej fluorescencji (GFP), ale efekt tego jest niewielki. Zastosowanie niezmieszania widm może wyjaśnić ten efekt, jeśli wymagana jest niezwykle dokładna analiza obrazu.
Poza analityczną fluorescencyjną mikroskopią świetlną DAPI jest również popularny do znakowania kultur komórkowych w celu wykrycia DNA zanieczyszczającego mykoplazmę lub wirusa . Znakowane Mycoplasma cząstki wirusa lub w pożywce hodowlanej fluorescencji raz barwione przez DAPI czyniąc je łatwymi do wykrycia.
Modelowanie właściwości absorpcyjnych i fluorescencyjnych
Ta sonda fluorescencyjna DNA została skutecznie zamodelowana przy użyciu teorii funkcjonału gęstości zależnej od czasu , w połączeniu z wersją IEF polaryzowalnego modelu kontinuum . To modelowanie kwantowo-mechaniczne zracjonalizowało zachowanie absorpcji i fluorescencji wynikające z wiązania mniejszych rowków i interkalacji w kieszeni DNA, pod względem zmniejszonej elastyczności strukturalnej i polaryzacji.
Żywe komórki i toksyczność
DAPI może być używany do barwienia utrwalonych komórek. Stężenie DAPI potrzebne do barwienia żywych komórek jest na ogół bardzo wysokie; jest rzadko używany do żywych komórek. Jest oznaczony jako nietoksyczny w swojej karcie charakterystyki i chociaż nie wykazano, że ma działanie mutagenne na E. coli , w informacjach producenta jest oznaczony jako znany mutagen. Ponieważ jest to mały związek wiążący DNA, może mieć pewne działanie rakotwórcze i należy zachować ostrożność podczas obchodzenia się z nim i usuwania.
Alternatywy
Te plamy Hoechst są podobne do DAPI tym, że są one również niebiesko-fluorescencyjne plamy DNA, które są kompatybilne z obu aplikacji żywych i czas komórkowych, jak również widoczne przy użyciu tych samych ustawień filtra sprzęt jak dla DAPI.