Gen porządkowy - Housekeeping gene
W biologii molekularnej , geny metabolizmu typowo genów konstytutywnych , które są wymagane w celu utrzymania podstawowej funkcji komórkowej i są eksprymowane we wszystkich komórkach organizmu, i w normalnych warunkach patofizjologicznych. Chociaż niektóre geny porządkowe ulegają ekspresji ze stosunkowo stałą szybkością w większości niepatologicznych sytuacji, ekspresja innych genów porządkowych może się różnić w zależności od warunków doświadczalnych.
Pochodzenie terminu „gen porządkowy” pozostaje niejasne. Literatura z 1976 używała tego terminu do opisania konkretnie tRNA i rRNA . Dla celów eksperymentalnych ekspresję jednego lub wielu genów porządkowych stosuje się jako punkt odniesienia do analizy poziomów ekspresji innych genów. Kluczowym kryterium zastosowania genu housekeeping w ten sposób jest to, że wybrany gen housekeeping ulega jednorodnej ekspresji z niską wariancją zarówno w warunkach kontrolnych, jak i eksperymentalnych. Walidację genów porządkowych należy przeprowadzić przed ich użyciem w eksperymentach z ekspresją genów, takich jak RT-PCR . Niedawno opracowano internetową bazę danych ludzkich i mysich genów porządkowych oraz genów/transkryptów referencyjnych, nazwaną Housekeeping and Reference Transcript Atlas (Atlas HRT), aby zaoferować zaktualizowaną listę genów porządkowych i wiarygodnych kandydatów genów referencyjnych/transkryptów dla danych RT-qPCR normalizacja. Dostęp do tej bazy danych można uzyskać pod adresem http://www.housekeeping.unicamp.br .
Regulacja genów porządkowych
Geny porządkowe stanowią większość aktywnych genów w genomie, a ich ekspresja ma oczywiście kluczowe znaczenie dla przetrwania. Poziomy ekspresji genów porządkowych są precyzyjnie dostrojone, aby spełnić wymagania metaboliczne w różnych tkankach. Badania biochemiczne nad inicjacją transkrypcji promotorów genów porządkowych były trudne, częściowo ze względu na mniej scharakteryzowane motywy promotora i proces inicjacji transkrypcji.
Promotory ludzkich genów porządkowych są generalnie pozbawione TATA- box, mają wysoką zawartość GC i wysoką częstość występowania wysp CpG . U Drosophila, gdzie nie ma wysp CpG specyficznych dla promotora , promotory genów porządkowych zawierają elementy DNA, takie jak DRE, E-box lub DPE. Miejsca startu transkrypcji genów porządkowych mogą obejmować region około 100 pz, podczas gdy miejsca startu transkrypcji genów regulowanych przez rozwój są zwykle skupione w wąskim regionie. Niewiele wiadomo o tym, jak ustala się rozproszoną inicjację transkrypcji genu metabolizmu podstawowego. Istnieją czynniki transkrypcyjne, które są specyficznie wzbogacone i regulują promotory genów porządkowych. Ponadto promotory utrzymania porządku są regulowane przez wzmacniacze utrzymania porządku, ale nie wzmacniacze regulowane przez rozwój.
Wspólne geny porządkowe u ludzi
Poniżej znajduje się częściowa lista „genów porządkowych”. Pełniejszą i uaktualnioną listę można znaleźć w bazie danych HRT Atlas skompilowanej przez Bidossessi W. Hounkpe et al. Baza danych została skonstruowana poprzez przeszukanie ponad 12000 zestawów danych RNA-seq człowieka i myszy.
Ekspresja genu
Czynniki transkrypcyjne
- ATF1 NM_005171
- ATF2 NM_001880
- ATF4 Aktywujący czynnik transkrypcyjny 4 NM_001675
- ATF6 NM_007348
- ATF7 NM_001206682
- ATF7IP NM_018179
- BTF3 NM_001207 Homo sapiens podstawowy czynnik transkrypcyjny 3
- E2F4 Homo sapiens E2F czynnik transkrypcyjny 4, wiązanie p107/p130 (E2F4), mRNA
- ERH (gen) Wzmacniacz szczątkowego homologu muszki owocowej (który z kolei jest pierwszym enzymatycznym etapem syntezy pirymidyny. Regulowany przez MITF)
- HMGB1 High Mobility Group Box wiąże DNA
- ILF2 Homo sapiens wzmacniacz interleukiny czynnik wiążący 2, 45 kDa (ILF2), mRNA
- IER2 dawniej ETR101 Natychmiastowe Wczesne Białko?
- JUND Homo sapiens jun D protoonkogen (JUND), mRNA
- TCEB2 Elongin Matheo jest rzadkością
Represorzy
- PUF60 Homo sapiens represor oddziałujący z białkami wiążącymi fuzję (SIAHBP1), transkrypt
Splicing RNA
Czynniki tłumaczenia
- EIF1 vel SUI1
- EIF1AD
- EIF1B
- EIF2A
- EIF2AK1
- EIF2AK3
- EIF2AK4
- EIF2AK1
- EIF2B2
- EIF2B3
- EIF2B4
- EIF2S2
- EIF3A
- EIF3B
- EIF3D dawniej EIF3S4
- EIF3G
- EIF3I
- EIF3H
- EIF3J
- EIF3K
- EIF3L
- EIF3M
- EIF3S5
- EIF3S8
- EIF4A1
- EIF4A2
- EIF4A3
- EIF4E2
- EIF4G1
- EIF4G2
- EIF4G3
- EIF4H
- EIF5
- EIF5
- EIF5A
- EIF5AL1
- EIF5B
- EIF6
- TUFM Tu translacyjny czynnik wydłużenia mitochondrialnego
synteza tRNA
- AARS NM_001605 alanylo-tRNA
- AARS2 NM_020745 syntetaza alanylo-tRNA 2, mitochondrialna
- AARSD1 NM_001261434 domena syntetazy alanylo-tRNA zawierająca 1
- CARS NM_001751 syntetaza cysteinyl-tRNA
- CARS2 NM_024537 syntetaza cysteinylowo-tRNA 2, mitochondrialna (domniemana)
- DARS NM_001349 syntetaza aspartylo-tRNA
- DARS2 NM_018122 syntetaza aspartylo-tRNA 2, mitochondrialna
- EARS2 NM_001083614 syntetaza glutamylo-tRNA 2, mitochondrialna
- FARS2 NM_006567 syntetaza fenyloalanylo-tRNA 2, mitochondrialna
- FARSA NM_004461 syntetaza fenyloalanylo-tRNA, podjednostka alfa
- FARSB NM_005687 syntetaza fenyloalanylo-tRNA, podjednostka beta
- GARS NM_002047 glicylo-tRNA
- HARS NM_002109 syntetaza histydylo-tRNA
- HARS2 NM_012208 syntetaza histydylo-tRNA 2, mitochondrialna
- IARS NM_002161 syntetaza izoleucyl-tRNA
- IARS2 NM_018060 syntetaza izoleucylo-tRNA 2, mitochondrialna
- Kars NM_005548 Homo sapiens lizylo-tRNA (KARS) mRNA
- LARS2 NM_015340 syntetaza izoleucylo-tRNA 2, mitochondrialna
- MARS NM_004990 syntetaza metionylo-tRNA
- MARS2 NM_138395 syntetaza metionylo-tRNA 2, mitochondrialna
- NARS NM_004539 syntetaza asparaginyl-tRNA
- NARS2 NM_024678 syntetaza asparaginyl-tRNA 2, mitochondrialna (domniemana)
- QARS NM_005051 syntetaza glutaminylo-tRNA
- RARS NM_002884 syntetaza arginylo-tRNA
- RARS2 NM_020320 syntetaza arginylo-tRNA 2, mitochondrialna
- SARS NM_006513 Syntetaza serylo-tRNA Homo sapiens (SARS), mRNA
- TARS NM_152295 treonylo--tRNA
- VARS2 NM_020442 syntetaza walilo-tRNA 2, mitochondrialna
- WARS2 NM_015836 syntetaza tryptofanylowego tRNA 2, mitochondrialna
- YARS NM_003680 Homo sapiens syntetaza tyrozylo-tRNA (YARS), mRNA
- YARS2 NM_001040436 Homo sapiens syntetaza tyrozylo-tRNA (YARS), mitochondrialne mRNA
Białko wiążące RNA
Białka rybosomalne
- RPL5
- RPL8
- RPL9
- RPL10A
- RPL11
- RPL14
- RPL25
- RPL26L1
- RPL27
- RPL30
- RPL32
- RPL34
- RPL35
- RPL35A
- RPL36AL
- RPS5
- RPS6
- RPS6KA3
- RPS6KB1
- RPS6KB2
- RPS13
RPS19BP1
Mitochondrialne białka rybosomalne
- MRPL9
- MRPL1
- MRPL10
- MRPL11
- MRPL12
- MRPL13
- MRPL14
- MRPL15
- MRPL16
- MRPL17
- MRPL18
- MRPL19
- MRPL2
- MRPL20
- MRPL21
- MRPL22
- MRPL23
- MRPL24
- MRPL27
- MRPL28
- MRPL3
- MRPL30
- MRPL32
- MRPL33
- MRPL35
- MRPL36
- MRPL37
- MRPL38
- MRPL4
- MRPL40
- MRPL41
- MRPL42
- MRPL43
- MRPL44
- MRPL45
- MRPL46
- MRPL47
- MRPL48
- MRPL49
- MRPL50
- MRPL51
- MRPL52
- MRPL53
- MRPL54
- MRPL55
- MRPL9
- MRPS10
- MRPS11
- MRPS12
- MRPS14
- MRPS15
- MRPS16
- MRPS17
- MRPS18A
- MRPS18B
- MRPS18C
- MRPS2
- MRPS21
- MRPS22
- MRPS23
- MRPS24
- MRPS25
- MRPS26
- MRPS27
- MRPS28
- MRPS30
- MRPS31
- MRPS33
- MRPS34
- MRPS35
- MRPS5
- MRPS6
- MRPS7
- MRPS9
polimeraza RNA
Przetwarzanie białka
- PPID Peptydylo-prolilowa izomeraza cis-trans D
- PPIE Peptydylo-prolilowa izomeraza cis-trans E
- PPIF Peptydylo-prolilowa izomeraza cis-trans F
- PPIG Peptydylo-prolilowa izomeraza cis-trans G
- PPIH Cyklofilina H
- CANX Kalneksyna . Fałdowanie glikoprotein w retikulum endoplazmatycznym
- Podjednostka CAPN1 Calpain
- CAPN7
- Podjednostka proteazy kalpainy CAPNS1
- Kompleks alfa polipeptydu związanego z NACA powstającego polipeptydu
- NACA2
- PFDN2 Prefoldyna 2
- Prefałdowanie PFDN4 4
- Prefałdowanie PFDN5 5
- Prefałdowanie PFDN6 6
- SNX2 Sortowanie nexin 2
- SNX3 Sortowanie nexin 3
- SNX4 Sortowanie nexin 4
- SNX5 Sortowanie nexin 5
- SNX6 Sortowanie nexin 6
- SNX9 Sortowanie nexin 9
- SNX12 Sortowanie nexin 12
- SNX13 Sortowanie nexin 13
- SNX17 Sortowanie nexin 17
- SNX18 Sortowanie nexin 18
- SNX19 Sortowanie nexin 19
- SNX25 Sortowanie nexin 25
- SsR1 translokon związane Kotewkowate białka. Translokacja białek w ER
- SsR2 translokon związane TRAPB białka. Translokacja białek w ER
- SSR3 translokon związane TRAPG białka. Translokacja białek w ER
- SUMO1 Kierowanie na białko
- SUMO3 Kierowanie na białko
Białka szoku cieplnego
Histon
Cykl komórkowy
W przypadku niektórych z tych białek występuje znaczne nakładanie się funkcji. W szczególności, geny pokrewne Rho są ważne w przemieszczaniu się w jądrze (tj.: mitoza), a także ogólnie w mobilności wzdłuż cytoszkieletu. Te geny są szczególnie interesujące w badaniach nad rakiem.
- ARHGAP35
- ARHGAP5
- ARHGDIA
- ARHGEF10L Rho guaninowy czynnik wymiany nukleotydów 10L
- ARHGEF11 Rho guaninowy czynnik wymiany nukleotydów 11
- ARHGEF40 Rho guaninowy czynnik wymiany nukleotydów 40
- ARHGEF7 Rho guaninowy czynnik wymiany nukleotydów 7
- RAB10 NM_016131 Małe GTPazy Rab są kluczowymi regulatorami ruchu wewnątrzkomórkowego przez błony, od tworzenia pęcherzyków transportowych do ich fuzji z błonami
- RAB11A NM_004663
- RAB11B NM_004218
- RAB14 NM_016322
- RAB18 NM_021252
- RAB1A NM_004161 Homo sapiens RAB1A, członek rodziny onkogenów RAS (RAB1A), mRNA
- RAB1B NM_030981
- RAB21 NM_014999
- RAB22A NM_020673
- RAB2A NM_002858
- RAB2B NM_001163380
- RAB3GAP1 NM_012233
- RAB3GAP2 NM_012414
- RAB40C NM_021168
- RAB4A NM_004578
- RAB5A NM_004162
- RAB5B NM_002865
- RAB5C NM_004583
- RAB6A NM_002868
- RAB7A NM_004637
- RAB9A NM_004251
- RABEP1 NM_004703
- RABEPK NM_005833
- RABGEF1 NM_014504
- RAGGTA NM_004581
- RABGGTB NM_004582
- CENPB Białko centromerowe B
- Białko centromerowe CTBP1 T
- CCNB1IP1 NM_021178 E3 ligaza białkowa ubikwityny. Moduluje poziomy cykliny B i uczestniczy w regulacji progresji cyklu komórkowego przez fazę G2
- CCNDBP1 NM_012142 Może negatywnie regulować progresję cyklu komórkowego
- CCNG1 NM_004060 Może odgrywać rolę w regulacji wzrostu
- CCNH NM_001239 Zaangażowany w kontrolę cyklu komórkowego i transkrypcję RNA przez polimerazę RNA II. Jego ekspresja i aktywność są stałe przez cały cykl komórkowy
- CCNK NM_001099402 Podjednostka regulacyjna kinaz cyklinozależnych, która pośredniczy w fosforylacji dużej podjednostki polimerazy RNA II
- CCNL1 NM_020307 Regulator transkrypcyjny uczestniczący w regulacji procesu splicingu pre-mRNA
- CCNL2 NM_030937 Regulator transkrypcyjny, który uczestniczy w regulacji procesu splicingu pre-mRNA. Moduluje również ekspresję krytycznego czynnika apoptotycznego, prowadząc do apoptozy komórek.
- CCNY NM_145012 Pozytywna podjednostka regulatorowa kinaz zależnych od cyklin CDK14/PFTK1 i CDK16. Działa jako regulator cyklu komórkowego szlaku sygnałowego Wnt podczas fazy G2/M
- PPP1CA NM_002708 Fosfataza białkowa, która łączy się z ponad 200 białkami regulatorowymi, tworząc wysoce specyficzne holoenzymy, które defosforylują setki celów biologicznych
- PPP1CC NM_002710
- PPP1R10 NM_002714
- PPP1R11 NM_021959 Homo sapiens fosfataza białkowa 1, podjednostka regulacyjna (inhibitor) 11 (PPP1R11),
- PPP1R15B NM_032833
- PPP1R37 NM_019121
- PPP1R7 NM_002712
- PPP1R8 NM_002713
- PPP2CA NM_002715
- PPP2CB NM_001009552
- PPP2R1A NM_014225 Ujemny regulator wzrostu i podziału komórkowego Fosfataza białkowa Homo sapiens 2 (dawniej 2A), podjednostka regulatorowa A (PR 65),
- PPP2R2A NM_002717
- PPP2R2D NM_018461
- PPP2R3C NM_017917
- PPP2R4 NM_021131
- PPP2R5A NM_006243
- PPP2R5B NM_006244
- PPP2R5C NM_002719
- PPP2R5D NM_006245
- PPP2R5E NM_006246
- PPP4C NM_002720
- PPP4R1 NM_005134
- PPP4R2 NM_174907
- PPP5C NM_006247
- PPP6C NM_002721
- PPP6R2 NM_014678
- PPP6R3 NM_018312
- RAD1Homo sapiens inhibitor rybonukleazy/angiogeniny (RNH), mRNA
- RAD17 NM_002869 Niezbędny do trwałego wzrostu komórek, utrzymania stabilności chromosomów i aktywacji punktów kontrolnych zależnych od ATR po uszkodzeniu DNA
- RAD23B NM_002873
- RAD50 NM_005732
- RAD51C NM_002874
- IST1 (lokalizuje do centralnej linii podziału dzielących się komórek)
Apoptoza
- DAD1 Obrońca przed śmiercią komórki
- DAP3 Zaangażowany w pośredniczenie w śmierci komórkowej indukowanej interferonem gamma.
- Białko DAXX Śmierci 6
Onkogeny
Naprawa/replikacja DNA
- MCM3AP prawdopodobnie prymas
- XRCC5 NM_021141 Ku80
- XRCC6 NM_001469 Autoantygen tarczycy Homo sapiens: jednoniciowa helikaza zależna od ATP zależna od DNA. Odgrywa rolę w translokacji chromosomów.
Metabolizm
- PRKAG1 Wyczuwa poziom energii i dezaktywuje reduktazę HMGCoA i karboksylazę acetylo-CoA
- PRKAA1 NM_006251 Katalityczna podjednostka kinazy białkowej aktywowanej przez AMP (AMPK), kinazy białkowej czujnika energii, która odgrywa kluczową rolę w regulacji metabolizmu energii komórkowej
- PRKAB1 NM_006253 Niekatalityczna podjednostka kinazy białkowej aktywowanej przez AMP (AMPK), kinazy białkowej czujnika energii, która odgrywa kluczową rolę w regulacji metabolizmu energii komórkowej
- PRKACA NM_002730 Fosforyluje dużą liczbę substratów w cytoplazmie i jądrze.
- PRKAG1 NM_002733 Kinaza białkowa Homo sapiens, aktywowana AMP, niekatalityczna podjednostka gamma 1 (PRKAG1), mRNA
- PRKAR1A NM_002734 Podjednostka regulatorowa kinaz białkowych zależnych od cAMP zaangażowana w sygnalizację cAMP w komórkach
- PRKRIP1 NM_024653 Wiąże dwuniciowy RNA. Hamuje aktywność kinazy EIF2AK2 (przez podobieństwo).
Metabolizm węglowodanów
- ALDOA
- B3GALT6 NM_080605
- B4GALT3 NM_003779 Homo sapiens UDP-Gal:betaGlcNAc beta 1,4-galaktozylotransferaza, polipeptyd 3
- B4GALT5 NM_004776
- B4GALT7 NM_007255
- GSK3A
- GSK3B
- TPI1
- Kinaza fosfoglicerynianowa PGK1
- PGM5
- ENOPH1 Fosfataza enolazy
- Dehydrogenaza mleczanowa LDHA
- TALDO1 Transaldolaza w przecieku pentozowym
- TSTA3 Metabolizm mannozy
Cykl kwasu cytrynowego
- SDHA NM_004168 Podjednostka A dehydrogenazy bursztynianowej
- SDHAF2 NM_017841
- SDHB NM_002973 Podjednostka białka żelazowo-siarkowego (IP) dehydrogenazy bursztynianowej (SDH), zaangażowana w kompleks II mitochondrialnego łańcucha transportu elektronów i odpowiedzialna za przenoszenie elektronów z bursztynianu do ubichinonu (koenzym Q)
- SDHC NM_003000 Podjednostka zakotwiczająca błonę dehydrogenazy bursztynianowej (SDH), zaangażowana w kompleks II mitochondrialnego łańcucha transportu elektronów i odpowiedzialna za przenoszenie elektronów z bursztynianu do ubichinonu (koenzym Q).
- SDHD NM_003001
Metabolizm lipidów
- HADHA Trójfunkcyjna podjednostka białkowa alfa
Metabolizm aminokwasów
- COMT Katecholo-O-metylotransferaza)
dehydrogenaza NADH
- NDUFA2 NM_002488
- NDUFA3 NM_004542
- NDUFA4 NM_002489
- NDUFA5 NM_005000
- NDUFA6 NM_002490
- NDUFA7 NM_005001 Homo sapiens Dehydrogenaza NADH (ubichinon) 1 alfa subkompleks, 7, 14,5 kDa
- NDUFA8 NM_014222
- NDUFA9 NM_005002
- NDUFA10 NM_004544
- NDUFA11 NM_175614
- NDUFA12 NM_018838
- NDUFA13 NM_015965
- NDUFAF2 NM_174889
- NDUFA3 NM_199069
- NDUFAF4 NM_014165
- NDUFB2 NM_004546
- NDUFB3 NM_002491
- NDUFB4 NM_004547
- NDUFB5 NM_002492
- NDUFB6 NM_002493
- NDUFB7 NM_004146 Homo sapiens dehydrogenaza NADH (ubichinon) 1 beta subkompleks, 7, 18 kDa
- NDUFB10 NM_004548
- NDUFB11 NM_019056
- NDUFB8 NM_005004
- NDUFB9 NM_005005
- NDUFC1 NM_002494Homo sapiens Dehydrogenaza NADH (ubichinon) 1, podkompleks nieznany, 1,6 kDa
- NDUFC2 NM_004549
- NDUFC2-KCTD14 NM_001203260
- NDUFS5
- NDUFV2
- NDUFS2 NM_004550
- NDUFS3 NM_004551
- NDUFS4 NM_002495
- NDUFS5 NM_004552 Homo sapiens dehydrogenaza NADH (ubichinon) białko Fe-S 5, 15 kDa
- NDUFS6 NM_004553
- NDUFS7 NM_024407
- NDUFS8 NM_002496
- NDUFV1 NM_007103 Homo sapiens NADH dehydrogenaza (ubichinon) flawoproteina 1,51 kDa (NDUFV1),
- NDUFV2 NM_021074 Homo sapiens NADH dehydrogenaza (ubichinon) flawoproteina 2, 24 kDa (NDUFV2),
Oksydaza cytochromu C
(Zauważ, że COX1, COX2 i COX3 są kodowane mitochondrialnie)
- COX4I1 001861
- COX5B NM_001862
- COX6B1 NM_001863
- COX6C NM_004374
- COX7A2 NM_001865 Homo sapiens polipeptyd 2 podjednostki VIIa oksydazy cytochromu c (wątroba) (COX7A2),
- COX7A2L NM_004718
- COX7C NM_001867
- COX8
- COX8A NM_004074 Homo sapiens oksydaza cytochromu c podjednostka VIII (COX8), kodujący gen jądrowy
- COX11 NM_004375
- COX14 NM_032901
- COX15 NM_004376
- COX16 NM_016468
- COX19 NM_001031617
- COX20 NM_198076
- CYC1 Homo sapiens cytochrom c-1 (CYC1)
- UQCC NM_018244 Wymagany do tworzenia kompleksu reduktazy ubichinol-cytochrom c (kompleks III łańcucha oddechowego mitochondrialnego lub kompleks cytochromu b-c1)
- UQCR10 NM_013387
- UQCR11 NM_006830 Homo sapiens podjednostka c reduktazy ubichinolowo-cytochromowej (6,4 kD) (UQCR), mRNA
- UQCRB NM_006294
- UQCRC1 NM_003365 Homo sapiens białko rdzeniowe I reduktazy c-reduktazy homo sapiens (UQCRC1), mRNA
- UQCRC2 NM_003366
- UQCRHL NM_001089591
- UQCRQ NM_014402 Homo sapiens niskocząsteczkowe białko wiążące ubichinon (9,5kD) (QP-C), mRNA
ATP-paza
- ATP2C1 NM_014382
- ATP5A1 NM_004046 Homo sapiens Syntaza ATP, transport H+, mitochondrialny kompleks F1, alfa
- ATP5B NM_001686
- ATP5C1 NM_005174
- ATP5D NM_001687 Homo sapiens Syntaza ATP, transport H+, mitochondrialny kompleks F1, delta
- ATP5F1 NM_001688
- ATP5G2 NM_005176
- ATP5G3 NM_001689 Homo sapiens Syntaza ATP, transport H+, mitochondrialny kompleks F0, podjednostka c
- ATP5H NM_006356 Homo sapiens Syntaza ATP, transport H+, mitochondrialny kompleks F0, podjednostka d
- ATP5J NM_001685
- ATP5J2 NM_004889 Homo sapiens Syntaza ATP, transport H+, kompleks mitochondrialny F0, podjednostka f,
- ATP5J2-PTCD1 NM_001198879
- ATP5L NM_006476
- ATP5O NM_001697 Homo sapiens Syntaza ATP, transport H+, mitochondrialny kompleks F1, podjednostka O
- ATP5S NM_015684
- ATP5SL NM_018035
- ATP6AP1 NM_001183 Homo sapiens ATPaza, transport H+, białko oddziałujące z lizosomami 1 (ATP6IP1),
- ATP6V0A2 NM_012463
- ATP6V0B NM_004047 Homo sapiens ATPaza, transport H+, lizosom 21kDa, podjednostka c V0 (ATP6V0B),
- ATP6V0C NM_001694 Homo sapiens ATPaza, transport H+, lizosom 16kDa, podjednostka c V0 (ATP6V0C),
- ATP6V0D1 NM_004691
- ATP6V0E1 NM_003945
- ATP6V1C1 NM_001695
- ATP6V1D NM_015994
- ATP6V1E1 NM_001696 Homo sapiens ATPaza, transport H+, lizosom 31kDa, podjednostka V1 E izoforma 1
- ATP6V1F NM_004231 Homo sapiens ATP-aza, transport H+, lizosom 14kDa, podjednostka F V1 (ATP6V1F),
- ATP6V1G1 NM_004888 Homo sapiens ATPaza, transport H+, lizosom 13kDa, podjednostka V1 G izoforma 1
- ATP6V1H NM_015941
- ATPAF2 NM_145691
- ATPIF1 NM_016311
Lizosom
Proteasom
- PSMA1 NM_002786
- PSMA2 NM_002787
- PSMA3 NM_002788
- PSMA4 NM_002789
- PSMA5 NM_002790
- PSMA6 NM_002791
- PSMA7 NM_002792 Homo sapiens podjednostka proteasomu (prosom, makropaina), typ alfa, 7 (PSMA7),
- PSMB1 NM_002793 Podjednostka proteasomu homo sapiens (prosom, makropaina), typ beta, 1 (PSMB1), mRNA
- PSMB2 NM_002794 Podjednostka proteasomu homo sapiens (prosom, makropaina), typ beta, 2 (PSMB2), mRNA
- PSMB3 NM_002795
- PSMB4 NM_002796 Podjednostka proteasomu homo sapiens (prosom, makropaina), typ beta, 4 (PSMB4), mRNA
- PSMB5 NM_002797
- PSMB6 NM_002798
- PSMB7 NM_002799 Podjednostka proteasomu homo sapiens (prosom, makropaina), typ beta, 7 (PSMB7), mRNA
- PSMC2 NM_002803
- PSMC3 NM_002804
- PSMC4 NM_006503
- PSMC5 NM_002805
- PSMC6 NM_002806
- PSMD1 NM_002807
- PSMD10 NM_002814
- PSMD11 NM_002815 Prosom homo sapiens (prosom, makropaina) podjednostka 26S, nie-ATPaza, 11
- PSMD12 NM_002816
- PSMD13 NM_002817
- PSMD14 NM_005805
- PSMD2 NM_002808
- PSMD3 NM_002809
- PSMD4 NM_002810
- PSMD5 NM_005047
- PSMD6 NM_014814
- PSMD7 NM_002811
- PSMD8 NM_002812 Prosom homo sapiens (prosom, makropain) podjednostka 26S, nie-ATPaza, 8 (PSMD8),
- PSMD9 NM_002813
- PSME2 NM_002818 Homo sapiens proteasom (prosom, makropain) podjednostka aktywatora 2 (PA28 beta)
- PSME3 NM_005789
- PSMF1 NM_006814
- PSMG2 NM_020232
- PSMG3 NM_032302
- PSMG4 NM_001128591
- UBA1 NM_003334 Homo sapiens Enzym aktywujący ubikwitynę E1 (A1S9T i BN75 temperatura
- UBA2 NM_005499
- UBA3 NM_003968
- UBA5 NM_024818
- UBA52 NM_003333
- UBAC2 NM_177967
- UBALD1 NM_145253
- UBAP1 NM_016525
- UBAP2L NM_014847
- UBB NM_018955 Homo sapiens ubikwityna B (UBB), mRNA
- UBC NM_021009 Homo sapiens ubikwityna C (UBC), mRNA
- UBE2A NM_003336
- UBE2B NM_003337
- UBE2D2 NM_003339 Homo sapiens enzym E2D 2 sprzężony z ubikwityną (homolog UBC4/5, drożdże)
- UBE2D3 NM_003340
- UBE2D4 NM_015983
- UBE2E1 NM_003341
- UBE2E2 NM_152653
- UBE2E3 NM_006357
- UBE2F NM_080678
- UBE2G2 NM_003343
- UBE2H NM_003344
- UBE2I NM_003345 Homo sapiens enzym E2I sprzężony z ubikwityną (homolog UBC9, drożdże) (UBE2I),
- UBE2J1 NM_016021
- UBE2J2 NM_058167
- UBE2K NM_005339
- UBE2L3 NM_003347
- UBE2M NM_003969 Homo sapiens enzym E2M sprzężony z ubikwityną (homolog UBC12, drożdże) (UBE2M),
- UBE2N NM_003348
- UBE2NL NM_001012989
- UBE2Q1 NM_017582
- UBE2R2 NM_017811
- UBE2V1 NM_021988
- UBE2V2 NM_003350
- UBE2W NM_018299
- UBE2Z NM_023079
- UBE3A NM_000462
- UBE3B NM_130466
- UBE3C NM_014671
- UBE4A NM_004788
- UBE4B NM_006048
- USP10 NM_005153
- USP14 NM_005151
- USP16 NM_006447
- USP19 NM_006677
- USP22 NM_015276
- USP25 NM_013396
- USP27X NM_001145073
- USP33 NM_015017
- USP38 NM_032557
- USP39 NM_006590
- USP4 NM_003363
- USP47 NM_017944
- USP5 NM_003481
- USP7 NM_003470
- USP8 NM_005154
- USP9X NM_001039590
Rybonukleaza
- Inhibitor rybonukleazy RNH
Tioreduktaza
Strukturalny
Cytoszkielet
Synteza organelli
Specjalistyczna forma sygnalizacji komórkowej
- BLOC1S1
- BLOC1S2 NM_173809
- BLOC1S3 NM_212550
- BLOC1S4 NM_018366
- BLOC1S6 NM_012388
- AP1G1 NM_001128
- AP1M1 NM_032493
- AP2A1 NM_014203
- AP2A2 NM_012305
- AP2M1
- AP2S1 NM_004069
- AP3B1 NM_003664
- AP3D1 NM_003938
- AP3M1 NM_012095
- AP3S1 NM_001284
- AP3S2 NM_005829
- AP4B1 NM_006594
- AP5M1 NM_018229
- ANXA6 Załącznik 6
- ANXA7 Aneks 7
- Pęcherzyki powlekane AP1B1
- CLTA Klatryna A (pęcherzyki)
- CLTB Klatryna B (pęcherzyki)
- CLTC
Mitochondrium
Powierzchnia
Adhezja komórkowa
Kanały i transportery
- ABCB10 NM_012089
- ABCB7 NM_004299
- ABCD3 NM_002857
- ABCE1 NM_002939
- ABCF1 NM_001090
- ABCF2 NM_005692
- ABCF3 NM_018358
- CALM1 Kalmodulina wychwytuje jony wapnia
- MFSD11 NM_024311 podobny do MSFD10 aka TETRAN lub białka podobnego do transportera tetracykliny
- MFSD12 NM_174983
- MFSD3 NM_138431
- MFSD5 NM_032889
- SLC15A4 NM_145648
- SLC20A1 NM_005415
- SLC25A11 mitochondrialny nośnik oksoglutaranu/jabłczanu
- SLC25A26 NM_173471
- SLC25A28 NM_031212
- SLC25A3 NM_002635
- SLC25A32 NM_030780
- SLC25A38 NM_017875
- SLC25A39 NM_016016
- SLC25A44 NM_014655
- SLC25A46 NM_138773
- SLC25A5 NM_001152
- SLC27A4 NM_005094
- SLC30A1 NM_021194
- SLC30A5 NM_022902
- SLC30A9 NM_006345
- SLC35A2 NM_005660
- SLC35A4 NM_080670
- SLC35B1 NM_005827
- SLC35B2 NM_178148
- SLC35C2 NM_015945
- SLC35E1 NM_024881
- SLC35E3 NM_018656
- SLC35F5 NM_025181
- SLC38A2 NM_018976
- SLC39A1 NM_014437
- SLC39A3 NM_144564
- SLC39A7 NM_006979
- SLC41A3 NM_017836
- SLC46A3 NM_181785
- SLC48A1 NM_017842
Receptory
- ACVR1 NM_001105 podobny do ACVRL1 TGF z rodziny receptorów beta Zespół Rendu-Oslera-Webera
- ACVR1B NM_004302
- CD23 FCER2 receptor IgE o niskim powinowactwie (lektyna)
Rozpoznawanie HLA/immunoglobuliny/komórek
- BAT1 aka DDX39B, który bierze udział w splicingu RNA
- BSG Basigin nadrodzina immunoglobulin, metaloproteinaza zewnątrzkomórkowa
- Czynnik hamujący migrację makrofagów MIF
- TAPBP
Kinazy/sygnalizacja
- ADRBK1 może osłabiać odpowiedź na epinefrynę
- AGPAT1 acylo 3 fosfoglicerol acylotransferaza
- ARF1
- ARF3
- ARF4
- ARF5
- Nadrodzina ARL2 RAS
- CSF1 Czynnik stymulujący tworzenie kolonii nie jest silnie wyrażany konstytutywnie przy 5-12
- Kinaza tyrozynowa CSK C-src
- Tautomeraza dopachromowa DCT
- EFNA3
- FKBP1A
- Inhibitor dysocjacji GDI1 GDP (rodzina Rab)
- GNAS1 wszechobecnie wyrażony, ale wdrukowany w różny sposób
- GNAI2
- HAX1 związany z kinazami tyrozynowymi
- Kinaza połączona z integryną ILK
- MAPKAPK2
- MAP2K2
- MAP3K11
- PITPNM Białko przenoszące fosfatydyloinozytol
- GTPaza RAC1 Ro zaangażowana w wiele szlaków sygnałowych
- GTPaza RAP1B zaangażowana w adhezję komórek
- Wiązanie GTP związane z RAGA Ras
- STK19
- STK24 seryna / treonina kinazy
- STK25
- YWHAB białko aktywujące 3-monooksygenazę tyrozyny/tryptofan 5-monooksygenazę, beta polipeptyd
- YWHAH białko aktywujące 3-monooksygenazę tyrozyny/tryptofan 5-monooksygenazę, polipeptyd h
- YWHAQ białko aktywujące 3-monooksygenazę tyrozyny/tryptofan 5-monooksygenazę, polipeptyd teta
- YWHAZ białko aktywujące 3-monooksygenazę tyrozyny/tryptofan 5-monooksygenazę, polipeptyd zeta
Czynniki wzrostowe
Czynnik martwicy tkanek
- CD40 dawniej TNFRSF5
Kinaza kazeinowa
Różnorodny
- Syntaza kwasu aminolewulinowego ALAS1 typu 1 (typ 2 to erytroid i związany z porfirią)
- ARHGEF2 Rho guaninowy czynnik wymiany nukleotydów
- ARMET Mesencephalic czynnik neurotroficzny pochodzenia astrocytowego
- Wzmacniacz podziału aminowego AES
- BECN1 zaangażowany w autofagię i partnerzy z PI3K
- BUD31 dawniej transkrypcja matczyna G10
- Kinaza kreatynowa CKB (zbiornik ATP)
- Wątpliwa deaminaza cytydynowa : w ogóle nie występuje na bardzo wysokim poziomie
- CPNE1
- ENSA (gen)
- FTH1 Ciężki łańcuch ferrytyny
- Handel pęcherzykami rab/ras GDI2
- Kinaza guanylanowa GUK1 przenosi fosforan z ATP do GMP
- HPRT Fosforybozylotransferaza hipoksantynowo-guaninowa
- IFITM1 indukowany przez interferon, białko transbłonowe
- JTB (gen) Punkt przerwania translokacji skokowej
- MMPL2
- NME2 (dawniej NM23B) Kinaza nukleozydowo-difosforanowa
- NIE? NIE
- P4HB
- peroksyredoksyna PRDX1 (redukuje nadtlenki)
- PTMA Protymozyna
- RPA2 Wiąże DNA podczas replikacji, aby go wyprostować
- SULT1A3 Koniugacja siarczanowa (uwaga: SULT1C jest cytowany we wcześniejszej literaturze jako wszechobecny, ale może to być przykład różnych znaczników używanych w odniesieniu do wspólnego obszaru 2 blisko spokrewnionych genów. Jeśli znacznik jest zbyt krótki, może nie być wystarczająco specyficzne, aby naprawdę określić jednego członka rodziny genów z innego)
- SYNGR2 Synaptogyrin (może uczestniczyć w translokacji pęcherzyków)
- Tetratricopeptyd , TTC1 mały tetratrykopeptyd bogaty w glutaminę
Otwarta ramka odczytu
Plemniki/Jądra
Chociaż ta strona jest poświęcona genom, które powinny być wszechobecnie wyrażane, ta sekcja dotyczy genów, których obecna nazwa odzwierciedla ich względną regulację w jądrach
- SPAG7
- Syntaza Spermidyny SRM
- Inhibitor TEGT Bax-1
- DAZAP2 Usunięto w azoospermii
- MEA1 Wzmocniony antygen męski
Zobacz też
- Gen indukowalny
- badacz genetyczny
- Czasoprzestrzenna ekspresja genów
- Niezbędne białka w kompleksach białkowych
- Gen
- Genom
- Minimalny genom
Bibliografia
Zewnętrzne linki
-
Hounkpe B. "Zaktualizowana lista ludzkich i mysich genów porządkowych i transkryptów. Baza danych HRT Atlas" . Uniwersytet w Campinas.
Od Hounkpe BW, Chenou F; de Lima F; Badania kwasów nukleinowych De Paula E, gkaa609, https://doi.org/10.1093/nar/gkaa609 (2020)
-
Eisenberg E. „Lista porządkowych ludzkich genów” . Uniwersytet w Tel Awiwie.
Od Eisenberg E, Levanon EY; Trendy w genetyce 19, 362-365 (2003)
-
Eisenberg E. „Lista ludzkich genów porządkowych” . Uniwersytet w Tel Awiwie.
Od Eisenberg E, Levanon EY; Trendy w genetyce, 29 (2013)