HDAC4 - HDAC4

HDAC4
Dostępne konstrukcje
WPB	Wyszukiwanie ortologów : PDBe RCSB
Lista kodów identyfikacyjnych PDB
	2H8N , 2O94 , 2VQJ , 2VQM , 2VQO , 2VQQ , 2VQV , 2VQW , 3UXG , 3UZD , 3V31 , 4CBT , 4CBY , 5A2S
Identyfikatory
Skróty	HDAC4 , AHO3, BDMR, HA6116, HD4, HDAC-4, HDAC-A, HDACA, deacetylaza histonowa 4
Identyfikatory zewnętrzne	OMIM : 605314 MGI : 3036234 HomoloGene : 55946 Karty genowe : HDAC4
Lokalizacja genu ( człowiek )
Chr.	Chromosom 2 (ludzki)
Kończyć się	239 401 654 pz
Lokalizacja genu ( mysz )
Chr.	Chromosom 1 (mysz)
Kończyć się	92 195 699 pb
Wzór ekspresji RNA
	Więcej danych o wyrażeniach referencyjnych
Ontologia genów
Funkcja molekularna	• Aktywność deacetylazy histonowej zależnej od NAD (specyficzna dla H3-K14) ; • Wiązanie DNA specyficzne dla sekwencji ; • Wiązanie DNA ; • Aktywność korepresora transkrypcji GO:0001106 ; • Aktywność deacetylazy histonowej ; • Wiązanie jonów cynku ; • Wiązanie czynnika transkrypcyjnego ; • Wiązanie deacetylazy histonowej ; • Wiązanie jonów potasu ; • chromatyny wiązania ; • wiązanie jonu metalu ; • GO: 0001948 białko wiążące ; • białka kinazy wiązania ; • aktywności hydrolazy ; • aktywność deacetylazy białka ; • identyczne białko wiążące ; • wiązania promotor specyficzny chromatyny ; • GO: 0000980 RNA polimerazy II cis-regulacyjnego regionu specyficznego dla sekwencji DNA wiąże ; • Aktywność transferazy SUMO;
Komponent komórkowy	• cytoplazma ; • kompleks deacetylazy histonowej ; • połączenie nerwowo-mięśniowe ; • kompleks represora transkrypcji ; • sarkomer ; • dysk Z ; • prążek ; • aktomiozyna ; • jądro ; • cytozol ; • nukleoplazma ; • kompleks zawierający białko;
Proces biologiczny	• pozytywna regulacja procesu biosyntezy reaktywnych form tlenu ; • deacetylacja histonu H3 ; • rozwój układu kostnego ; • przebudowa chromatyny ; • deacetylacja peptydylo-lizyny ; • regulacja skurczu mięśnia sercowego przez sygnalizację jonów wapnia ; • ujemna regulacja procesu glikolitycznego ; • odpowiedź na interleukinę-1 ; • regulacja transkrypcja, matrycowana DNA ; • regulacja ekspresji genów, epigenetyczna ; • odpowiedź komórkowa na czynnik martwicy nowotworu ; • pozytywna regulacja aktywności czynnika transkrypcyjnego wiążącego DNA ; • negatywna regulacja transkrypcji przez polimerazę RNA II ; • pozytywna regulacja sumoilacji białek ; • negatywna regulacja DNA- aktywność wiążącego czynnika transkrypcyjnego ; • negatywna regulacja różnicowania osteoblastów ; • transkrypcja, na podstawie DNA ; • rozwój układu nerwowego ; • regulacja różnicowania komórek mięśni poprzecznie prążkowanych ; • pozytywna regulacja transkrypcji, na podstawie DNA ; • pozytywna regulacja migracji komórek mięśni gładkich ; • aktywacja komórek B ; • histon H4 deacetylacja ; • odpowiedź komórkowa na bodziec mechaniczny ; • pozytywna regulacja procesu apoptozy neuronów ; • przerost mięśnia sercowego w odpowiedzi na stres ; • pozytywna regulacja proliferacji populacji komórek ; • negatywna regulacja różnicowania miotubul ; • odpowiedź na odnerwienie zaangażowana w regulację adaptacji mięśni ; • regulacja mięśni szkieletowych rozwój włókien ; • rozwój osteoblastów ; • różnicowanie komórek B ; • odpowiedź komórkowa na bodziec parathormonu ; • odpowiedź zapalna ; • pozytywna regulacja zespołu lamellipodium ; • regulacja wiązania białek ; • negatywna regulacja transkrypcji, na podstawie DNA ; • deacetylacja histonów ; • odpowiedź na lek ; • pozytywna regulacja transkrypcja przez polimerazę RNA II ; • negatywna regulacja proliferacji populacji komórek ; • pozytywna regulacja proliferacji komórek mięśni gładkich ; • organizacja chromatyny ; • negatywna regulacja transkrypcji pri-miRNA przez polimerazę RNA II ; • deacetylacja białek ; • sumoilacja białek ; • pozytywna regulacja męskich zachowań godowych;
	Źródła: Amigo / QuickGO
Ortologi
	9759
	208727
	ENSG00000068024
	ENSMUSG00000026313
	P56524
	Q6NZM9
	NM_006037 ; NM_001378414 ; NM_001378415 ; NM_001378416 ; NM_001378417
	NM_207225
	NP_006028 ; NP_001365343 ; NP_001365344 ; NP_001365345 ; NP_001365346
	NP_997108
	Wikidane
Wyświetl/edytuj człowieka	Wyświetl/edytuj mysz

Deacetylaza histonowa 4 , znana również jako HDAC4 , jest białkiem , które u ludzi jest kodowane przez gen HDAC4 .

Funkcjonować

Histony odgrywają kluczową rolę w regulacji transkrypcji , progresji cyklu komórkowego i zdarzeniach rozwojowych. Histonów acetylowanie / deacetylacji zmienia chromosom struktura i wpływa czynnik transkrypcyjny dostęp do DNA. Białko kodowane przez ten gen należy do klasy II rodziny deacetylazy histonowej /acuc/apha. Wykazuje aktywność deacetylazy histonowej i hamuje transkrypcję po przywiązaniu do promotora. Białko to nie wiąże DNA bezpośrednio, ale poprzez czynniki transkrypcyjne MEF2C i MEF2D . Wydaje się, że wchodzi w interakcję w kompleksie wielobiałkowym z RbAp48 i HDAC3. Ponadto HDAC4 jest wymagany do różnicowania miofibroblastów indukowanego TGFbeta1.

Znaczenie kliniczne

Badania wykazały, że HDAC4 reguluje rozwój kości i mięśni. Naukowcy z Harvard University doszli również do wniosku, że promuje zdrowe widzenie: obniżony poziom białka doprowadził do śmierci fotoreceptorów pręcików i komórek dwubiegunowych w siatkówkach myszy.

Interakcje

Wykazano, że HDAC4 wchodzi w interakcje z:

BCL6 ,
BTG2 ,
CBX5 ,
GATA1 ,
HDAC3 ,
MAPK1 ,
MAPK3 ,
MEF2C ,
Specyficzny dla miocytów czynnik wzmacniający 2A ,
Korepresor receptora jądrowego 1 ,
Korepresor receptora jądrowego 2 ,
Receptor jądra 2 ,
YWHAB ,
YWHAE i
Białko 16 zawierające palec cynkowy i domenę BTB .

Zobacz też

Deacetylaza histonowa

Bibliografia

Dalsza lektura

Pazin MJ, Kadonaga JT (maj 1997). „Co się dzieje z deacetylacją i transkrypcją histonów?” . Komórka . 89 (3): 325-8. doi : 10.1016/S0092-8674(00)80211-1 . PMID 9150131 . S2CID 11488594 .
Verdin E, Dequiedt F, Kasler HG (maj 2003). „Deacetylazy histonowe klasy II: wszechstronne regulatory”. Trendy w genetyce . 19 (5): 286–93. doi : 10.1016/S0168-9525(03)00073-8 . PMID 12711221 .
Andersson B, Wentland MA, Ricafrente JY, Liu W, Gibbs RA (kwiecień 1996). „Metoda „podwójnego adaptera” dla ulepszonej konstrukcji biblioteki strzelb”. Biochemia analityczna . 236 (1): 107–13. doi : 10.1006/abio.1996.0138 . PMID 8619474 .
Yu W, Andersson B, Worley KC, Muzny DM, Ding Y, Liu W, Ricafrente JY, Wentland MA, Lennon G, Gibbs RA (kwiecień 1997). „Sekwencjonowanie cDNA konkatenacji na dużą skalę” . Badania genomu . 7 (4): 353–8. doi : 10.1101/gr.7.4.353 . PMC 139146 . PMID 9110174 .
Wolffe AP (maj 1997). „Kontrola transkrypcyjna. Grzeszne represje” . Natura . 387 (6628): 16-7. doi : 10.1038/387016a0 . PMID 9139815 . S2CID 29803420 .
Ohara O, Nagase T, Ishikawa K, Nakajima D, Ohira M, Seki N, Nomura N (luty 1997). „Budowa i charakterystyka bibliotek cDNA ludzkiego mózgu odpowiednich do analizy klonów cDNA kodujących stosunkowo duże białka” . Badania DNA . 4 (1): 53–9. doi : 10.1093/dnares/4.1.53 . PMID 9179496 .
Fischle W, Emiliani S, Hendzel MJ, Nagase T, Nomura N, Voelter W, Verdin E (kwiecień 1999). „Nowa rodzina ludzkich deacetylaz histonowych spokrewniona z Saccharomyces cerevisiae HDA1p” . Czasopismo Chemii Biologicznej . 274 (17): 11713-20. doi : 10.1074/jbc.274.17.11713 . PMID 10206986 .
Grozinger CM, Hassig CA, Schreiber SL (kwiecień 1999). „Trzy białka definiują klasę ludzkich deacetylaz histonowych spokrewnionych z drożdżowym Hda1p” . Materiały Narodowej Akademii Nauk Stanów Zjednoczonych Ameryki . 96 (9): 4868-73. Kod Bib : 1999PNAS...96.4868G . doi : 10.1073/pnas.96.9.46868 . PMC 21783 . PMID 10220385 .
Miska EA, Karlsson C, Langley E, Nielsen SJ, Pines J, Kouzarides T (wrzesień 1999). „Deacetylaza HDAC4 wiąże się z czynnikiem transkrypcyjnym MEF2 i tłumi ten czynnik” . Dziennik EMBO . 18 (18): 5099–107. doi : 10.1093/emboj/18.18.5099 . PMC 1171580 . PMID 10487761 .
Wang AH, Bertos NR, Vezmar M, Pelletier N, Crosato M, Heng HH, Th'ng J, Han J, Yang XJ (listopad 1999). „HDAC4, ludzka deacetylaza histonowa spokrewniona z drożdżowym HDA1 jest korepresorem transkrypcji” . Biologia molekularna i komórkowa . 19 (11): 7816–27. doi : 10.1128/mcb.19.11.7816 . PMC 84849 . PMID 10523670 .
Youn HD, Grozinger CM, Liu JO (lipiec 2000). „Wapń reguluje represję transkrypcji czynnika wzmacniającego miocyty 2 przez deacetylazę histonową 4” . Czasopismo Chemii Biologicznej . 275 (29): 22563-7. doi : 10.1074/jbc.C000304200 . PMID 10825153 .
Grozinger CM, Schreiber SL (lipiec 2000). „Regulacja deacetylazy histonowej 4 i 5 oraz aktywność transkrypcyjna przez 14-3-3-zależną lokalizację komórkową” . Materiały Narodowej Akademii Nauk Stanów Zjednoczonych Ameryki . 97 (14): 7835-40. Kod bib : 2000PNAS...97.7835G . doi : 10.1073/pnas.140199597 . PMC 16631 . PMID 10869435 .
Huynh KD, Fischle W, Verdin E, Bardwell VJ (lipiec 2000). „BCoR, nowatorski korepresor zaangażowany w represję BCL-6” . Geny i rozwój . 14 (14): 1810–23. doi : 10.1101/gad.14.14.810 (nieaktywny 31 maja 2021 r.). PMC 316791 . PMID 10898795 .CS1 maint: DOI nieaktywny od maja 2021 ( link )
Li J, Wang J, Wang J, Nawaz Z, Liu JM, Qin J, Wong J (sierpień 2000). „Oba białka korepresorowe SMRT i N-CoR występują w dużych kompleksach białkowych zawierających HDAC3” . Dziennik EMBO . 19 (16): 4342-50. doi : 10.1093/emboj/19.16.4342 . PMC 302030 . PMID 10944117 .
Wang AH, Kruhlak MJ, Wu J, Bertos NR, Vezmar M, Posner BI, Bazett-Jones DP, Yang XJ (wrzesień 2000). „Regulacja deacetylazy histonowej 4 przez wiązanie białek 14-3-3” . Biologia molekularna i komórkowa . 20 (18): 6904-12. doi : 10.1128/MCB.20.18.6904-6912.2000 . PMC 88766 . PMID 10958686 .
Zhang CL, McKinsey TA, Lu JR, Olson EN (styczeń 2001). „Stowarzyszenie białka wiążącego koniec COOH (CtBP) i represora transkrypcji oddziałującego z MEF2 (MITR) przyczynia się do tłumienia transkrypcji czynnika transkrypcyjnego MEF2” . Czasopismo Chemii Biologicznej . 276 (1): 35-9. doi : 10.1074/jbc.M007364200 . PMID 11022042 .
McKinsey TA, Zhang CL, Lu J, Olson EN (listopad 2000). „Zależny od sygnału eksport jądrowy deacetylazy histonowej reguluje różnicowanie mięśni” . Natura . 408 (6808): 106-11. Kod Bib : 2000Natur.408..106M . doi : 10.1038/35040593 . PMC 4459600 . PMID 11081517 .
Zhou X, Richon VM, Wang AH, Yang XJ, Rifkind RA, Marks PA (grudzień 2000). „Deacetylaza histonowa 4 wiąże się z kinazami 1 i 2 regulowanymi sygnałami pozakomórkowymi, a jej lokalizacja komórkowa jest regulowana przez onkogenne Ras” . Materiały Narodowej Akademii Nauk Stanów Zjednoczonych Ameryki . 97 (26): 14329-33. Kod Bib : 2000PNAS...9714329Z . doi : 10.1073/pnas.250494697 . PKW 18918 . PMID 11114188 .
McKinsey TA, Zhang CL, Olson EN (grudzień 2000). „Aktywacja czynnika transkrypcyjnego 2 czynnika wzmacniającego miocyty przez zależne od wapnia/kalmoduliny wiązanie 14-3-3 stymulowane kinazą białkową do deacetylazy histonowej 5” . Materiały Narodowej Akademii Nauk Stanów Zjednoczonych Ameryki . 97 (26): 14400-5. Kod Bib : 2000PNAS...9714400M . doi : 10.1073/pnas.260501497 . PKW 18930 . PMID 11114197 .

Zewnętrzne linki

HDAC4+białko,+człowiek w Narodowej Bibliotece Medycznej USA Medical Subject Headings (MeSH)

Ten artykuł zawiera tekst z Narodowej Biblioteki Medycznej Stanów Zjednoczonych , która jest własnością publiczną .

Languages

In other projects