Instytut Wellcome Sangera - Wellcome Sanger Institute

Instytut Wellcome Sanger

Przyjęty	1992
Dyrektor	Michael Stratton
Wydział	32
Personel	~900
Adres	Witamy w kampusie genomu
Lokalizacja	Hinxton , Cambridgeshire , Wielka Brytania
Stronie internetowej	Sanger .ac .uk

Wellcome Sanger Institute , znany wcześniej jako The Sanger Centre i Wellcome Trust Sanger Institute , jest non-profit Brytyjskie genomiki i genetyki Instytut Badawczy, finansowany głównie przez Wellcome Trust .

Znajduje się w Wellcome Genome Campus w wiosce Hinxton , poza Cambridge . Dzieli tę lokalizację z Europejskim Instytutem Bioinformatyki . Została założona w 1992 roku i nosi imię podwójnego laureata Nagrody Nobla Fredericka Sangera . Został pomyślany jako centrum sekwencjonowania DNA na dużą skalę , aby uczestniczyć w Projekcie Genomu Ludzkiego i wniósł największy pojedynczy wkład do złotego standardu sekwencji ludzkiego genomu . Od samego początku Instytut ustanowił i utrzymuje politykę udostępniania danych i prowadzi wiele badań we współpracy .

Od 2000 roku Instytut poszerzył swoją misję o zrozumienie „roli genetyki w zdrowiu i chorobie”. Instytut zatrudnia obecnie około 900 osób i zajmuje się pięcioma głównymi obszarami badań: rakiem, starzeniem się i mutacją somatyczną; Genetyka komórkowa; Genetyka człowieka; Pasożyt i Mikroby; i Drzewo Życia.

Obiekty i zasoby

Kampus

Kampus Wellcome Genom

Pamiątkowy witraż znajdujący się w budynku Sulston w Wellcome Sanger Institute, z okazji otwarcia kampusu genomu.

W 1993 roku 17 pracowników Sanger Center przeniosło się do tymczasowej przestrzeni laboratoryjnej w Hinxton Hall w Cambridgeshire . Ten 55-akrowy (220 000 m ² ) teren miał stać się Kampusem Wellcome Genome, który ma rosnącą populację około 1300 pracowników, z których około 900 pracuje w Instytucie Sangera. Kampus Genome obejmuje również Centrum Konferencyjne Wellcome Trust oraz Europejski Instytut Bioinformatyki . Duże rozszerzenie kampusu zostało oficjalnie otwarte w 2005 roku; w budynkach mieszczą się nowe laboratoria, centrum danych i zaplecze socjalne. Omawiając nazwę centrum, Sanger (wciąż żywy, gdy centrum zostało otwarte) powiedział Johnowi Sulstonowi , dyrektorowi założycielowi, że centrum „lepiej, żeby było dobre”. Sulston skomentował: „Raczej żałowałem, że nie pytałem”.

Sekwencjonowanie

Pracownicy Sanger Institute zajmujący się sekwencjonowaniem każdego tygodnia zajmują się milionami próbek DNA . Instytut "kapitalizuje na najnowocześniejszych technologiach, aby odpowiedzieć na pytania, na które jeszcze kilka lat temu nie było odpowiedzi". Postęp technologiczny pozwala Sanger Institute przeprowadzać sekwencjonowanie genomów poszczególnych ludzi, gatunków kręgowców i patogenów w coraz szybszym tempie i przy obniżonych kosztach. Instytut prowadzi ponad 100 bieżących projektów sekwencjonowania patogenów. Wyniki Instytutu Sangera to około 10 miliardów baz nieprzetworzonych danych sekwencyjnych dziennie.

Zasoby naukowe

Zasoby bioinformatycznych baz danych są jednym z efektów programów badawczych, w które zaangażowany jest Instytut Sangera. Wśród prowadzonych przez Instytut Sangera są m.in.:

Kilka baz danych zostało zainicjowanych w Instytucie Sangera, ale obecnie są one hostowane gdzie indziej:

Badania

Budynek Morgana (po prawej), część Instytutu Sanger

Badania naukowe w Instytucie Sangera są zorganizowane w ramach pięciu Programów Naukowych, z których każdy definiuje główny obszar badań o szczególnym ukierunkowaniu biologicznym, chorobowym lub analitycznym. Obecne programy w Instytucie Sangera obejmują Raka, Starzenie się i Mutacje Somatyczne, Genetykę Komórkową, Genetykę Człowieka, Pasożyty i Mikroby oraz Drzewo Życia. Badania w ramach wszystkich programów zapewniają wgląd w ewolucję człowieka, patogenu, komórki, fenotypowe, a co za tym idzie biologiczne konsekwencje zmienności genomu oraz procesy powodujące mutacje.

Program Nowotworów, Starzenia się i Mutacji Somatycznych

Zapewnia wiodącą pozycję w agregacji danych i innowacjach informatycznych, opracowuje wysokoprzepustowe modele komórkowe raka do badań funkcjonalnych całego genomu i testowania leków, a także bada rolę mutacji somatycznych w ewolucji, starzeniu się i rozwoju klonów. Program ten obejmuje Projekt Genomu Raka .

Program Genetyki Komórkowej

Bada funkcję ludzkich genów, badając wpływ zmienności genomu na biologię komórki. Systematyczne badania przesiewowe na dużą skalę są wykorzystywane do odkrywania wpływu naturalnie występujących i zmodyfikowanych mutacji genomu w indukowanych przez człowieka komórkach pluripotencjalnych (hIPSC), ich zróżnicowanych pochodnych i innych typach komórek. Jest to jeden z programów założycielskich, który przyczynił się do powstania i organizacji międzynarodowej inicjatywy Human Cell Atlas .

Program genetyki człowieka

Badania instytutu w dziedzinie genetyki człowieka koncentrują się na charakterystyce ludzkiej zmienności genetycznej w zdrowiu i chorobie. Oprócz wkładu instytutu w Projekt Genomu Ludzkiego , naukowcy z Instytutu Sangera wnieśli wkład w różne obszary badawcze związane z chorobami, genetyką porównawczą populacji i genetyką ewolucyjną . W styczniu 2008 r. rozpoczęcie projektu 1000 Genomów, realizowanego we współpracy z naukowcami z całego świata, zasygnalizowało podjęcie próby zsekwencjonowania genomów 1000 osobników w celu stworzenia „najbardziej szczegółowej mapy zmienności genetycznej człowieka w celu wsparcia badań nad chorobami”. Dane z projektów pilotażowych zostały swobodnie udostępnione w publicznych bazach danych w czerwcu 2010 r. W 2010 r. Sanger Institute ogłosił swój udział w projekcie UK10K, w ramach którego zsekwencjonowane zostaną genomy 10 000 osób w celu zidentyfikowania rzadkich wariantów genetycznych i ich wpływu na zdrowie człowieka . Instytut Sangera jest również częścią Międzynarodowego Konsorcjum Genomu Raka , międzynarodowego przedsięwzięcia mającego na celu opisanie różnych typów guzów nowotworowych . Jest to również część programów badawczych GENCODE i ENCODE, których celem jest stworzenie encyklopedii elementów DNA.

Program stosuje genomikę do badań na skalę populacyjną w celu identyfikacji wariantów przyczynowych i szlaków związanych z chorobami człowieka oraz ich wpływu na biologię komórki. Modeluje również zaburzenia rozwojowe w celu zbadania, które aspekty fizyczne mogą być odwracalne.

Program Patogeny i Mikroby

Bada wspólne mechanizmy leżące u podstaw ewolucji, infekcji i odporności na terapię w celu lepszego zrozumienia bakterii , wirusów i pasożytów , ze szczególnym uwzględnieniem malarii . Bada również wpływ zmienności genomu na biologię interakcji gospodarz - patogen , w szczególności odpowiedź gospodarza na infekcję oraz rolę mikrojocji w zdrowiu i chorobie. Wszystkie genomy po zsekwencjonowaniu są udostępniane w internetowej bazie danych GeneDB.

Program Drzewo Życia

Program Drzewo Życia powstał w 2019 r. w celu zbadania różnorodności złożonych organizmów występujących w Wielkiej Brytanii za pomocą sekwencjonowania i technologii komórkowych. Porównuje i kontrastuje również sekwencje genomu gatunków, aby uzyskać wgląd w ewolucję i ochronę. Program ten będzie odgrywał wiodącą rolę w projekcie Darwin Tree of Life, ogólnobrytyjskiej inicjatywie sekwencjonowania genomów wszystkich 66 000 złożonych gatunków ( eukariontów ) na Wyspach Brytyjskich.

Współpraca

Wiele badań Instytutu Sangera jest prowadzonych we współpracy z szerszą społecznością naukową ; ponad 90% artykułów naukowych instytutu dotyczy współpracy z innymi organizacjami. Znaczące współprace obejmują:

Zaangażowanie publiczne

Dzieci na publicznej imprezie plenerowej nawlekają bransoletki w czterech kolorach, aby określić sekwencję DNA.

Instytut Sangera posiada program działań na rzecz zaangażowania społecznego . Program ma na celu udostępnienie złożonych badań biomedycznych szerokiemu gronu odbiorców, w tym uczniom szkół i ich nauczycielom oraz członkom społeczności lokalnej.

Program Communication and Public Engagement ma na celu „zachęcanie do świadomej dyskusji na temat zagadnień istotnych dla badań Sanger Institute” oraz „sprzyjanie społeczności badaczy, którzy mogą skutecznie nawiązywać kontakt z różnymi odbiorcami”. Instytut gości rocznie ponad 1500 uczniów, nauczycieli i grup społecznych. Odwiedzający mogą spotykać się z pracownikami naukowymi, zwiedzać Instytut i jego obiekty oraz uczestniczyć w debatach i działaniach etycznych. Program oferuje również sesje rozwoju zawodowego dla nauczycieli GCSE i przedmiotów ścisłych po 16 roku życia za pośrednictwem krajowej sieci Science Learning Centers oraz poprzez organizację wizyt dla grup zainteresowanych aktualizacją swojej wiedzy we współczesnej genetyce. Wideokonferencje w Instytucie Sangera są również oferowane dla Centrów Nauki, Centrów Nauki i szkół.

Pracownicy naukowi i zaangażowani w działalność publiczną współpracują również i przyczyniają się do projektów krajowych, takich jak brytyjska wystawa objazdowa InsideDNA i Kim jestem? galeria w Muzeum Nauki . Uczestniczą również w wydarzeniach publicznych, takich jak Cambridge Science Festival.

Szkolenie dla absolwentów

Instytut prowadzi dwa programy kształcenia doktorantów: czteroletni kurs dla absolwentów nauk podstawowych i trzyletni kurs dla klinicystów. Czteroletni kurs wymaga od studentów rotacji wokół trzech różnych laboratoriów w celu poszerzenia swoich horyzontów naukowych przed wyborem projektu doktoranckiego. Każdy uczeń musi wybrać co najmniej jeden eksperymentalny i jeden projekt rotacyjny oparty na informatyce. W Instytucie mieszka około 50 doktorantów, z których wszyscy są zarejestrowani na Uniwersytecie Cambridge .

Oficerowie

Według Companies House pięciu członków zarządu spółki macierzystej Genome Research Limited to Henry Parkinson, Kay Elizabeth Davies, Rolf Dieter Heuer, James Cuthbert Smith, David Lindsay Willetts. Według strony internetowej Sanger, szefem działu prawnego jest Henry Parkinson.

Personel

Od 2015 roku Sanger zatrudnia około 900 osób i jest kierowany przez Michaela Strattona . Znani pracownicy naukowi, wykładowcy i absolwenci są wymienieni poniżej:

Wydział akademicki

Od 2019 roku wydział 32 naukowców prowadzi badania oparte na hipotezach , szukając odpowiedzi na pytania biomedyczne. Są to między innymi Dominic Kwiatkowski , Nicole Soranzo , Michael Stratton , Sarah Teichmann i Matthew Hurles . Instytut posiada również szereg członków Associate Faculty, International Fellows i Honorary Faculty. Należą do nich między innymi Adrian Bird , Ewan Birney , Chris Ponting , Fiona Powrie , Stephen O'Rahilly , Antonio Vidal-Puig i Wolf Reik .

Naukowy Komitet Doradczy

Zarządowi Sangera kieruje naukowa rada doradcza, w skład której wchodzą profesor David Altshuler , profesor Anton Berns , profesor David J. Lipman , profesor Kevin Marsh i profesor Sir Paul Nurse .

Absolwenci

Poprzedni członkowie wydziału w Sanger to:

Historia

Wellcome Trust Sanger Institute został założony w 1992 roku, finansowany przez Wellcome Trust i brytyjską Radę Badań Medycznych

Kierownictwo

John E. Sulston był dyrektorem-założycielem Instytutu Sangera. Sulston odegrał kluczową rolę w wyborze miejsca Hinxton dla Instytutu i pozostał tam jako dyrektor aż do ogłoszenia ukończenia szkicu ludzkiego genomu w 2000 roku. Sulston ukończył University of Cambridge w 1963 roku i obronił doktorat na temat syntezy chemicznej DNA w 1966 roku. W 2002 roku otrzymał Nagrodę Nobla w dziedzinie fizjologii lub medycyny z Robertem Horvitzem i Sydneyem Brennerem , dwa lata po objęciu stanowiska dyrektora instytutu.

W 2000 roku Allan Bradley opuścił stanowisko profesora w Baylor College of Medicine w USA, aby objąć stanowisko dyrektora Instytutu Sangera. Bradley chciał wykorzystać osiągnięcia Instytutu Sangera w ramach Projektu Genomu Człowieka, „koncentrując się na funkcji genów, genomice raka i genomach organizmów modelowych, takich jak mysz i danio pręgowany”. Bradley uzyskał tytuł licencjata, magistra i doktora genetyki na Uniwersytecie Cambridge.

W 2010 roku Bradley zrezygnował z kierowniczej roli, by założyć firmę startową , ale pozostaje na wydziale Instytutu jako emerytowany dyrektor. Mike Stratton , który jest liderem Projektu Genomu Raka i Międzynarodowego Konsorcjum Genomu Raka , został mianowany dyrektorem Instytutu Sangera w maju tego roku.

Projekt genomu człowieka

Instytut Sangera został otwarty w 1993 roku, trzy lata po rozpoczęciu projektu Human Genome Project , i wniósł największy pojedynczy wkład do złotego standardu sekwencji ludzkiego genomu , opublikowanego w 2004 roku. Instytut był zaangażowany we współpracę w celu sekwencjonowania 8 z 23 ludzkich par chromosomów ( 1 , 6 , 9 , 10 , 13 , 20 , 22 i X ). Od czasu opublikowania ludzkiego genomu badania prowadzone w instytucie wykroczyły poza sekwencjonowanie organizmów do różnych obszarów badań biomedycznych, w tym badań nad chorobami takimi jak rak, malaria i cukrzyca.

Spór

W sierpniu 2018 r. poinformowano, że toczy się śledztwo w sprawie zarzutów zastraszania personelu i dyskryminacji ze względu na płeć wobec wyższej kadry zarządzającej Wellcome Trust Sanger Institute , w tym dyrektora. Dochodzenie prowadzone przez adwokata Thomasa Kiblinga z Matrix Chambers zakończyło się w październiku 2018 r. i oczyściło Strattona z wszelkich wykroczeń, wskazując jednocześnie obszary wymagające poprawy w pracy Instytutu Sangera. Ustalenia i niezależność śledztwa zostały zakwestionowane.

W październiku 2019 r. poinformowano, że instytut wyprodukował narzędzie medyczne z zamiarem zarabiania na nim, mimo że nie miał na to etycznej ani prawnej zgody i został poinformowany przez Uniwersytet Stellenbosch i wewnętrznych informatorów.

Bibliografia

Linki zewnętrzne

• Sanger .ac .uk

Współrzędne : 52°05′N 0°11′E / 52,083°N 0,183°E / 52.083; 0,183