EGR1 - EGR1
EGR-1 (białko odpowiedzi wczesnego wzrostu 1) znane również jako ZNF268 (białko palca cynkowego 268) lub NGFI-A (białko A indukowane przez czynnik wzrostu nerwów) jest białkiem, które u ludzi jest kodowane przez gen EGR1 .
EGR-1 jest ssaczym czynnikiem transkrypcyjnym . Został również nazwany Krox-24, TIS8 i ZENK . Została pierwotnie odkryta u myszy .
Funkcjonować
Białko kodowane przez ten gen należy do rodziny EGR Cys 2 Jego 2 Type palca cynkowego białek. Jest białkiem jądrowym i działa jako regulator transkrypcji. Produkty genów docelowych, które aktywuje, są niezbędne do różnicowania i mitogenezy . Badania sugerują, że jest to gen supresorowy guza .
Ma odrębny wzór ekspresji w mózgu i wykazano, że jego indukcja jest związana z aktywnością neuronalną. Kilka badań sugeruje, że odgrywa on rolę w plastyczności neuronalnej .
EGR-1 jest ważnym czynnikiem transkrypcyjnym w tworzeniu pamięci . Odgrywa zasadniczą rolę w przeprogramowaniu epigenetycznym neuronów mózgu . EGR-1 rekrutuje białko TET1, które inicjuje szlak demetylacji DNA . Usunięcie znaczników metylacji DNA umożliwia aktywację dalszych genów. EGR-1 wraz z TET1 jest wykorzystywany do programowania dystrybucji miejsc metylacji w DNA mózgu podczas rozwoju mózgu, uczenia się i długoterminowej plastyczności neuronalnej . Stwierdzono również, że EGR-1 reguluje ekspresję VAMP2 (białka ważnego dla egzocytozy synaptycznej ).
Oprócz swojej funkcji w układzie nerwowym, istnieją znaczące dowody na to, że EGR-1 wraz z jego paralogiem EGR-2 jest indukowany w chorobach zwłóknieniowych, ma kluczowe funkcje w fibrynogenezie i jest niezbędny do eksperymentalnie wywołanego zwłóknienia u myszy.
Może również brać udział w czynności jajników
Struktura
Domenę wiążącą DNA z EGR-1 składa się z trzech palcowych cynk dziedzinach Cys 2 Jego 2 typu. Strukturę aminokwasową domeny palca cynkowego EGR-1 podano w tej tabeli przy użyciu jednoliterowego kodu aminokwasowego. Palce od 1 do 3 są oznaczone f1 - f3. Liczby odnoszą się do reszt (aminokwasów) alfa helisy (nie ma zera). Pozostałości oznaczone „x” nie są częścią palców cynkowych, lecz służą do połączenia ich wszystkich ze sobą.
-1 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | x | x | x | x | x | |||||||||||||||||||||||
f1 | m | A | mi | mi | r | P | Tak | A | C | P | V | mi | S | C | D | r | r | F | S | r | S | D | mi | L | T | r | h | i | r | i | h | T | g | Q | K | P | |
f2 | F | Q | C | A | i | - | - | C | m | r | n | F | S | r | S | D | h | L | T | T | h | i | A | T | h | T | g | mi | K | P | |||||||
f3 | F | A | C | D | i | - | - | C | g | r | K | F | A | r | S | D | mi | r | K | r | h | T | K | i | h | L | r | Q | K | D |
Klucz aminokwasowy: Alanina (Ala, A), Arginina (Arg, R), Asparagina (Asn, N), Kwas Asparaginowy (Asp, D), Cysteina (Cys, C), Kwas Glutaminowy ( Glu, E), Glutamina ( Gln, Q), Glicyna (Gly, G), Histydyna (His, H), Izoleucyna (Ile, I), Leucyna (Leu, L), Lizyna (Lys, K), Metionina (Met, M), Fenyloalanina (Phe , F), Prolina (Pro, P), Seryna (Ser, S), Treonina (Thr, T), Tryptofan (Trp, W), Tyrozyna (Tyr, Y), Walina (Val, V)
Strukturę kryształu z DNA związany domeny palca cynkowego z EGR-1, rozpuszczono w 1991, co znacznie ułatwione wczesnych badań w palec cynkowy domen wiążących DNA.
Ludzkie białko EGR-1 zawiera (w postaci nieprzetworzonej) 543 aminokwasy o masie cząsteczkowej 57,5 kDa , a gen znajduje się na chromosomie 5 .
Swoistość wiązania DNA
EGR-1 wiąże sekwencję DNA 5'-GCG TGG GCG-3' (i podobne, jak 5'-GCG GGG GCG-3'). Pozycja f1 6 wiąże się z 5' G (pierwsza liczba zasad od lewej); pozycję f1 3 do drugiej podstawy (C); pozycja f1 -1 wiąże się z trzecią pozycją (G); f2 pozycja 6 do czwartej podstawy (T); i tak dalej.
Interakcje
Wykazano, że EGR-1 wchodzi w interakcje z:
Zobacz też
Bibliografia
Dalsza lektura
- Heath RG (marzec 1975). „Funkcja i zachowanie mózgu. I. Zjawiska emocjonalne i sensoryczne u pacjentów psychotycznych i zwierząt doświadczalnych”. Dziennik chorób nerwowych i psychicznych . 160 (3): 159-75. doi : 10.1097/00005053-197503000-00002 . PMID 1090709 . S2CID 23024944 .
- Silverman ES, Collins T (marzec 1999). „Drogi transkrypcji genów za pośrednictwem Egr-1 w biologii naczyniowej” . American Journal of Pathology . 154 (3): 665–70. doi : 10.1016/S0002-9440(10)65312-6 . PMC 1866415 . PMID 10079243 .
- Adamson ED, Mercola D (2002). „Czynnik transkrypcyjny Egr1: wiele ról we wzroście i przeżyciu komórek guza prostaty”. Biologia guza . 23 (2): 93-102. doi : 10.1159/000059711 . PMID 12065847 . S2CID 46795197 .
- Blaschke F, Bruemmer D, Prawo RE (sierpień 2004). „Egr-1 jest głównym naczyniowym patogennym czynnikiem transkrypcyjnym w miażdżycy i restenozy”. Recenzje w zaburzeniach endokrynologicznych i metabolicznych . 5 (3): 249–54. doi : 10.1023/B:REMD.0000032413.88756.ee . PMID 15211096 . S2CID 11968305 .
- Abdulkadir SA (listopad 2005). „Mechanizmy powstawania nowotworu prostaty: role czynników transkrypcyjnych Nkx3.1 i Egr1”. Roczniki Nowojorskiej Akademii Nauk . 1059 : 33-40. doi : 10.1196/annals.1339.018 . PMID 16382041 . S2CID 6774788 .
- LM Chaczigian (luty 2006). „Reakcja wczesnego wzrostu-1 w patobiologii sercowo-naczyniowej” . Badania obiegowe . 98 (2): 186–91. doi : 10.1161/01.RES.0000200177.53882.c3 . PMID 16456111 .
Zewnętrzne linki
- Zif+268+białko,+człowiek w Narodowej Bibliotece Medycznej USA Medical Subject Headings (MeSH)
- FactorBook Egr -1
- Przegląd wszystkich informacji strukturalnych dostępnych w PDB dla UniProt : P18146 (Human Early growth response protein 1) w PDBe-KB .
- Przegląd wszystkich informacji strukturalnych dostępnych w PDB dla UniProt : P08046 (Białko odpowiedzi wczesnego wzrostu myszy 1) w PDBe-KB .